实验室之前一直使用windows版本的Gamess,但是局限于能够使用的内核少,相比较服务器和高配置Linux系统电脑来说计算速度慢,所以身为Linux菜鸟的我在小木虫、科学网、包括百度经验和Gamess官网带的安装说明总结起来,用了几天时间终于将Linux版的Gamess安装好,并成功提交任务。在此特怀感激之情,写下这篇博文,不仅为了引用曾经帮助过我的帖子,能够让以后的Linux新手能够更快速地安装和使用Gamess,而且为了纪念自己对Linux系统的软件安装有了一点点的进步,在此,我将把windows和Linux版的Gamess安装步骤都分享给大家。
一.Windows版Gamess安装
安装前准备:win7*64系统,Gamess程序,vcredist*64和mpi*64。
1.安装vcredist*64和mpi*64。这两个程序都是免费的,在百度上一搜就可以下载,双击,选择安装路径即可,没有先后顺序。
2.安装Gamess。我这里使用的是2013-GAMESS-PGI-LINUX-Blas,双击,下一步,下一步安装即可,默认安装在C盘。
注:a.安装过程中会提示电脑重启,一定要重启。
b. Win7的Gamess提交任务没有G09那样的图形界面,必须在开始—运行—输入cmd进入DOS窗口提交任务。
二.Linux版Gamess安装
安装前准备:Linux系统,Gamess压缩包,Intel编译器(简易的安装条件)。
1.安装Intel编译器:
可以参考http://www.bkjia.com/Linuxjc/913104.html本人没有尝试过)
2.解压Gamess:
tar -xzvfgamess-current.tar.gz
3.生成配置文件,
cd gamess
./config
机器名,一般输入linux64
回车(使用默认路径)
回车(使用默认路径)
回车(gamess默认的版本号00)
Ifort(选择编译器,我这里选择的是ifort)
13(选择编译器的版本号,使用ifort-V可查)
回车
none(选择使用数学库,我这里为了避免麻烦,选择了none)
回车
sockets(选择sockets或者mpi)
no(不使用LIBCCHEM)
生成install.info和Makefile文件
4.编译ddi
cd ddi
./compddi
mv ddikick.x /home/quant/games/ddikick.x
5.编译compall
gamess文件夹下,./compall(时间很长),完成后在gamess文件夹下产生gamess.00.x程序。
./lked gamess 00 2>&1 | tee lked.log
lked.log文件会显示过程,有The linking of GAMESS to binary gamess.00.x wassuccessful.字样说明已经连接成功。
6.建立临时文件夹
临时文件夹建在哪里都可以,要记住位置。mkdir scr (传说要建两个,但我只建了一个)
修改环境变量
vi rungms(不喜欢Ubuntu的编辑界面,所以我直接将文件拖出来编辑好拖回去的)
将下面的标红色的位置设置成自己建立临时文件夹scr的位置。运行路径GMSPATH就是gamess的安装路径。
set SCR=/home/gan/tmp/scr/
set USERSCR=/home/gan/tmp/scr/
set GMSPATH=/home/gan/games
7.测试安装是否正确。 ./runall 00 >& runall.log &(我直接 ./runall 00 了,这样出现问题立刻就能看到,但是输入文件将不保存。没办法,Linux的菜鸟只能这样看白话)这里是将test里的所有输入文件运行一遍,log文件全保存在gamess的安装目录中。完成后检查一下./tests/standard/checktst,显示normally就说明安装正确了。
好了,先写到这里,下次安装的时候再补充。
Linux版本安装的过程中参考了如下经验,分享下:
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