如果你要在 MachineA 上安装 GROMACS,并希望通过脚本在 MachineB 上调用 GROMACS 运行任务,你可以按照以下步骤进行:
在 MachineA 上安装 GROMACS:
根据 GROMACS 官方网站或使用包管理器(如 apt)安装 GROMACS。以下是 Ubuntu 上的示例:
bash
Copy code
sudo apt update
sudo apt install gromacs
创建脚本:
在 MachineA 上创建一个脚本,比如 run_gromacs.sh,内容如下:
bash
Copy code
#!/bin/bash
这里是 GROMACS 命令,可以根据需要修改
gmx=“gmx”
运行 GROMACS 命令
$gmx your_gromacs_command_here
赋予脚本执行权限:
在 MachineA 上执行以下命令:
bash
Copy code
chmod +x run_gromacs.sh
创建远程执行脚本:
在 MachineA 上创建一个新的脚本,比如 run_gromacs_remote.sh,内容如下:
bash
Copy code
#!/bin/bash
这里是你的远程机器的地址
remote_machine=“user@MachineB”
使用 ssh 和 rsync 将本地脚本传输到远程机器
rsync -avz -e ssh run_gromacs.sh $remote_machine:/tmp/
在远程机器上执行脚本
ssh $remote_machine “bash /tmp/run_gromacs.sh”
赋予远程执行脚本权限:
在 MachineA 上执行以下命令:
bash
Copy code
chmod +x run_gromacs_remote.sh
执行远程执行脚本:
运行 run_gromacs_remote.sh 脚本,它会将 run_gromacs.sh 传输到 MachineB 并在 MachineB 上执行 GROMACS 命令。
确保你在 run_gromacs.sh 中设置正确的 GROMACS 命令和参数,以及在 run_gromacs_remote.sh 中设置正确的远程机器地址。这样,你就可以在 MachineA 上维护 GROMACS 软件,而在 MachineB 上执行计算任务。