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RSS订阅原创 cassiopeia HybridSolver 在 bottom ILP 阶段失败 原因和解决办法
当Cassiopeia的ILP求解器报错时，主要原因是突变位点太少或缺乏多样性（多数位点无信息）。默认过滤阈值为0.9，当某位点最常见的等位基因占比超过90%时会被丢弃，导致无法构建谱系树。此时调整maximum_potential_graph_layer_size参数无效。解决方案是改用贪婪算法（GreedySolver），它能容忍数据噪音和突变冲突，但准确性可能不如ILP。关键区别在于贪婪算法不要求完美系统发育关系，而ILP严格限制突变模式，在数据质量差时容易失败。
2025-11-14 16:55:59
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原创 Rosetta HDF5编译-H5Cpp.h: No such file or directory-无site.settings文件问题
报错：H5FragmentStoreBackend.cc:22:10: fatal error: H5Cpp.h: No such file or directory。但是发现并没有site.settings文件，只有site.settings.release文件中有这段代码。如果只在site.settings.release中修改依旧会报错。使用extras=hdf5安装。修改Rosetta配置文件。编辑~/.bashrc。
2024-11-14 17:13:35
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空空如也
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