LIGGGHTS笔记2——LIGGGHTS(R)-PUBLIC的运行

简单运行

默认情况下，LIGGGHTS通过标准输入命令行来运行：lmp_auto<in.file。因此需要首先创建一个input文件来包含LIGGGHTS运行所需要的命令。
输入文件命名为in.*
输出文件命名为log.*.name.P。其中P为运行的核数，name为机器名。
以下为官方手册中给出的运行并行作业的命令：

cd src
make auto
cp lmp_auto ../examples/LIGGGHTS/Tutorials_public/chute_wear
//将lmp文件复制到案例文件夹中这一步不是必须的，但是如果不复制的话，可能会导致工作目录被重置为lmp文件所在的文件夹，而非你的案例文件夹。
cd ../examples/LIGGGHTS/Tutorials_public/chute_wear
mpirun -np 4 lmp_auto < in.chute_wear

LIGGGHTS理论上在不同的核数之间得到的结果应该是一致的，但由于数值舍入会导致一定的差异。In practice, numerical round-off can cause slight differences and eventual divergence of molecular dynamics phase space trajectories.

command命令

在运行lmp_auto文件时可用的命令：

-e or -echo // 设置命令回显方式，无或屏幕显示或日志或后两者同时。默认为日志log。也可以在input文件中设定。
-i or -in // 指定输入文件
-h or -help // 打印每个LIGGGHTS(R)-PUBLIC style（atom_style、fix、compute、pair_style、bond_style等）编译到此可执行文件中的选项列表。
-l or -log // 为LIGGGHTS(R)-PUBLIC指定一个日志文件来写入状态信息。在单分区模式下，如果没有使用这个开关，LIGGGHTS(R)-PUBLIC会写到文件log.lammps。如果使用了这个开关，LIGGGHTS(R)-PUBLIC会写到指定的文件。在多分区模式下，如果没有使用这个开关，就会创建一个包含高级状态信息的log.lammps文件。每个分区也写到一个log.lammps.N文件，其中N是分区ID。如果在多分区模式下指定了开关ÿ