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RSS订阅原创 【代码记录】取一个batch的数据计算概率
取到一个batch的数据，计算概率 def calculate_y_prob_by_iterator(self, dataStream): YArr,Y_preArr = [],[] while True: try: X,Y,candidate = next(dataStream) except: break Y_pre,Y = se
2022-03-02 13:18:22
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原创 【代码记录】pytorch矩阵取数据--避免for循环
import torchinput = [ [2, 3, 4, 5, 0, 0], [1, 4, 3, 0, 0, 0], [4, 2, 2, 5, 7, 0], [1, 0, 0, 0, 0, 0]]torch.gather(torch.tensor(input),1,torch.tensor([[3],[2],[4],[0]]))注意点 input 和index 需要转成tensorParametersinput (Tensor) – the sourc
2022-02-23 11:09:09
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原创 【代码记录】从数据集中取10条数据
pytorch从数据集中取10条数据进行调试dataClass.validIdList = dataClass.validIdList[:10]dataClass.validSampleNum = len(dataClass.validIdList)dataClass.trainIdList = dataClass.validIdListdataClass.trainSampleNum = len(dataClass.trainIdList)...
2022-02-21 23:08:01
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原创 【学习笔记】在线双序列比对工具
在线双序列比对工具在线使用的双序列比对工具。目前，使用率最高的是EMBL网站的双序列比对工具(http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa)。打开页面，上面有全局比对工具、局部比对工具、还有基因组比对工具。全局比对工具EMBL比对工具将gap分为两种，一种叫“gap开头(GAP OPEN)”，另一种叫“gap延长(GAP EXTEND)”。gap开头就是连续的一串 gap里面打头的那一个，可以当它是队长。gap延长就是剩下的那些gap，也就是队长后面跟着的小兵。这一串里，
2020-11-08 17:17:59
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原创 【学习笔记】生物数据库の初步了解
生物数据库生物数据库的分类核酸数据库和蛋白质数据库又分为一级和二级。一级数据库存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。比如测序获得的核酸序列，或者X射线衍射法等获得的蛋白质三维结构。蛋白质的一级数据库还可以再具体分为蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。二级数据库是通过对一级数据库的资源进行分析、整理、归纳、注释而构建的具有特殊生物学意义和专门用途的数据库。比如从三大核酸数据库和基因组数据库中提取并加工出的果蝇和蠕虫数据库，再比如根据蛋白质三维结构数据库中的结构信息，分析统计出的蛋白质结构分类
2020-11-08 17:14:19
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原创 【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）
Bioinformatics is an study field that develops computational methods and software tool for understanding biological and medical data.生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。它通过综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量
2020-11-08 12:41:58
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空空如也
空空如也
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