复刻一篇论文中蛋白质结构预测过程1

本文详细介绍了如何复刻一篇关于蛋白质结构预测的论文,从获取氨基酸序列数据开始,进行二级结构分析,然后利用Swiss-Model和Modeller建立三维模型。在Swiss-Model中,得到了五个模型;在Modeller的模板搜索中,确认了与论文中一致的模板。

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根据“黑曲霉 α-L-鼠李糖苷酶 Rha1 的二级结构预测及三级结构模拟”一文,复刻由氨基酸序列预测蛋白质结构的过程


1. 获取氨基酸序列数据

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/511775221/?report=genbank

检查一下长度

为655,正确


2. 二级结构分析

蛋白质序列网络分析 Network Protein Sequence @nalysis ( http://www.bioinf. manchester.ac.uk/dbbrowser/bioactivity/NPS2.html)
选择九个二级结构在 线分析方法 DPM,DSC,GORI,GORIII,HNN, MLRC,PHD,SOPM,P

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