计算机辅助三维设计大纲,《计算机辅助分子设计》课程教学大纲.doc

《计算机辅助分子设计》课程教学大纲.doc

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内容要点：

54 有关理论计算、技术和设备 4 45 计算机辅助药物设计的意义 1 16 计算机辅助药物设计的方法学 5 57 计算机辅助药物设计应用实例 2 4 6总 计 20 4 24七、教学建议本课程除了课堂教学之外，主要加强利用计算机网络获取药物设计的相关资源，了解与熟悉各种软件的使用及其应范围。本课程可以让学生从网络上获取免费或试用的药物设计软件并进行简单药物设计实践以加深对所学内容的理解。八、教材及主要参考书 1. 计算机辅助药物设计导论； 叶德泳； 化学工业出版社； 20042. 计算机辅助药物分子设计； 徐筱杰, 侯廷军, 乔学斌 , 章威； 化学工业出版社； 2004.742. 掌握三维结构搜寻的搜寻算法；3. 掌握模型定位法、原子生长法、分子碎片法、SAR by NMR 法等全新药物设计方法；4. 理解活性类似物法、假想位点点阵、距离几何法、分子形状分析、CASE方法以、比较分子力场分析法、药效基团模型法等间接药物设计方法；5. 了解组合化学与合理药物设计相结合的策略及计算机辅助药物设计中的代表软件。教学重点：1. 三维结构搜寻；2. 模板定位法、原子生长法、分子碎片法；3. 分子形状分析、CASE 方法、比较分子力场分析法、药效基团模型法。教学难点： 1. 分子形状分析与比较分子力场分析模型的构建。第七章 计算机辅助药物设计应用实例教学内容：1. HIV 蛋白酶抑制剂的设计——基于靶点结构的三维结构搜寻法直接药物设计；2. ALS 抑制剂的研究——QSAR 研究和药效基团法间接药物设计。教学要求：1. 加深理解直接药物设计与间接药物设计方法；2. 如何选择有效的药物设计方法应用于实际研究。五、实验内容及要求实验内容：1. 5-HT3 受体拮抗剂的 3D-QSAR 研究——CoMFA 方法；2. HIV-PR 抑制剂的 3D-QSAR 研究——CoMSIA 方法。实验要求：1. 掌握 Tripos 软件的基本使用方法；2. 理解药物设计方法的现实意义；3. 通过学习可以自选药物体系进行研究。六、学时分配 编 号 主要内容 课程 实验 总计1 计算机在药学相关学科中的应用简介 1 12 药物设计的基本概念和理论基础 6 63 药物的化学信息计算机系统 1 133. 药物的生物和化学网络资源。教学要求：1. 了解常用的二维、三维化学信息管理软件与数据库的特点；2. 了解智能计算系统、生物信息数据库和软件的特点；3. 了解常用的药物信息计算机系统的网络资源。第四章 有关理论计算、技术和设备教学内容：1. 从头计算与半经验计算等量子化学计算及其在药物设计中的作用；2. 分子能量的表达方式与分子力学计算及常用的分子力场；3. 分子动力学模拟方法及其计算中的数理方法、构象空间搜寻及自由能计算；4. 计算机分子模型、X 射线晶体学等重要技术。教学要求：1. 掌握从头计算及半经验计算法等量子化学方法；2. 掌握分子力学的计算以及常用力场的应用范围；3. 掌握分子动力学模拟方法、构象空间搜寻及相关的数理方法及自由能计算；4. 了解相关的一些重要技术。教学重点：1. 分子力学的计算；2. 分子动力学模拟方法及构象空间搜寻；教学难点：1. 构象空间搜寻及相关的数理方法选择。第五章 计算机辅助药物设计的意义教学内容：1. 计算机辅助药物设计的产生和作用；2. 计算机辅助药物设计的特征。教学要求：1. 了解计算机辅助药物设计的提出并理解其在创新药物设计的重要作用；2. 正确理解计算机辅助药物设计的多学科交叉特征。第六章 计算机辅助药物设计的方法学教学内容：1. 三维结构搜寻及全新药物设计等直接药物设计方法；2. 间接设计方法；3. 组合化学与合理药物设计相结合的策略；4. 计算机辅助药物设计的代表性软件。教学要求：1. 了解三维化学结构数据库扩搜寻标准；2化

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