r语言remarkdown展示图_技术贴 | R语言：绘制基因组基因箭头图

点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路

本文由阿童木根据实践经验而整理，希望对大家有帮助。

原创微文，欢迎转发转载。

举例介绍如何用R语言gggenes函数包把基因预测得到的gff或gtf文件(含基因位置信息)中的基因类型、位置可视化到图中。

注意：

R version >= 3.6

gggenes依赖的ggfittext需要R 3.6以上，导致我用R 3.4.1安装gggenes失败。后来改用R 3.6.1成功安装。

Linux conda安装R 3.6

conda install -c r r=3.6

一, 输入数据

1. 基因组-基因-方向

library(ggplot2)
library(gggenes)
data(example_genes)
head(example_genes)

图1

2 基因组-基因-亚基因

head(example_subgenes)

 图2

一、画基因箭头图

1 基础绘图

ggplot(example_genes