作者在生物信息学领域拥有3年的经验，推荐Python，认为其易学易读，适合非一次性程序和pipeline开发。尽管Perl在文本处理上有优势，但Python的社区活跃度高，功能丰富，可用于文本处理、统计分析和作图。文章引用了多个讨论链接，并指出Python的使用越来越普遍。
回复内容：
泻药。首先我个人的主张是：python !
3年的生物信息应用开发和数据分析实践经历表明，我选择Python并在期间推荐周围的同事和朋友也尝试和选择python，是非常有益效率的，至少明显克服了以前perl的部分弊端。
空洞的语言之争在程序猿本是一个有违职业操守的行为，但放到某一个特殊场景也许有益新手也引发他人思考。 对生物信息而言，语言其实是一个次要问题，最重要的是建模和求解，而非工具选择；何况有些时候在使用别人的程序时是无法选择语言的。
谈点具体的：python代码本身比perl更易学易读易懂，这点基本没太大争议；而对于非一次性程序，尤其是pipeline类的，对“易改”有更高的要求，我们很不希望一个冗长的perl脚本在三个月后就看不懂。。。还有那些怪异符号对人的震慑感 >=< 另一个方面，因为历史原因，以前积累的生物信息学数据库和开源程序/公开程序(因为某些原因，大家只是共享自己的程序，没有任何开源许可)大部分是perl构建，而后人为了学习和重现也继续学习perl；但实际上这不是必要的，不需要为此而让自己也使用perl，可实践中人们精力有限，学一门语言总比学两门轻松。
对于 bioXXX方面，其实大同小异，只是社区活跃度有所不同。至少我所见过和使用过的很多程序以及分析流程中，perl主要用于小脚本，python经常用于pipeline串联和某些分析方法实现等，R主要是统计和结果可视化(有 bioconductor)，至于SVG的输出，则基本是语言无关的，看各自的喜好了。另一些web类的工具，或者workb
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