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a

> bc

> END

a

bc

`>`是一个重定向符号，即把前面命令的输出写入到`>`后面的文件中。如下所示，新建了一个`Fasta`格式的文件。

`ls -l`列出文件的详细信息；`-l`表示命令行参数，是程序预留的一些选项，保证在不更改程序的情况下获得更灵活的操作。可使用`man ls`查看`ls`所有的命令行参数, 上下箭头翻页，按`q`退出查看。(man: manual, 手册)

```bash

ct@ehbio:~$ cat < data/test.fa

> >SOX2

> ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT

> ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG

> >OCT4

> ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA

> AGAGTAGAGAGA

> >NANOG

> ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT

> CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA

> ACGGTAGCGAGTC

> >mYC HAHA

> ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC

> CAGGACAGGAGCTA

> end

> END

## 注意命令和参数之间的空格

ct@ehbio:~/data$ ls-l

-bash: ls-l: 未找到命令

ct@ehbio:~$ ls -l

总用量 4

## d: dir; 表示data是个目录

## rwx：表示目录的权限，暂时忽略，或自己在线搜索

drwxrwxr-x 2 ct ct 4096 6月 8 14:52 data

ct@ehbio:~$ ls -l data

总用量 4

## 开头的`-`表示test.fa是个文件

-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 test.fa

查看写入的文件的内容，cat 文件名；需要注意的是文件所在的目录，默认是当前目录；如下面第一个命令，会提示cat: test.fa: 没有那个文件或目录，是因为当前目录下不存在文件test.fa。(注意文件末尾的end)

ct@ehbio:~$ cat test.fa

cat: test.fa: 没有那个文件或目录

ct@ehbio:~$ cat data/test.fa

>SOX2

ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT

ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG

>OCT4

ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA

AGAGTAGAGAGA

>NANOG

ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT

CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA

ACGGTAGCGAGTC

>mYC HAHA

ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC

CAGGACAGGAGCTA

end

test.fa在目录data下，可以先进入data目录，然后再查看文件。类比于Windows下先点开一个文件夹，再点开下面的文件。

cd (change dir)切换目录。

head查看文件最开始的几行，默认为10行，可使用-n 6指定查看前6行。

ct@ehbio:~$ cd data

ct@ehbio:~/data$ head -n 6 test.fa

>SOX2

ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT

ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG

>OCT4

ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA

AGAGTAGAGAGA

另外less和more也可以用来查看文件，尤其是文件内容特别多的时候。

ct@ehbio:~/data$ less test.fa

# q: 退出

# 上下箭头、空格翻页