ncbi查找目的基因序列_技能篇 | NCBI的5种常见使用方法（二）

上期回顾：技能篇 | NCBI数据库使用教程(一)

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一、查找基因序列、mRNA序列

进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。

以基因P53为例，搜索结果如图：

点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：

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二、用Probe查找已经公布的引物序列

进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。

点击search，出现下面界面：

点击第一个链接，序列结果如下图所示：

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三、上传数据到NCBI

NCBI对可提交的数据类型有详细列表，不同类型的数据分别提交到不同的数据库。

具体可查看：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/

由于测序平台应用在不同类型的项目长会有不同分析结果，所以分析数据的提交要根据测序项目类型来定。

1. 建立一个属于自己的NCBI登录账户，用以提交数据。

打开下方链接：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/

点击图中标注的“Register for a NCBI account”，进入到注册页面，如实填写信息；

如何创建My NCBI账户，也可详细见：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3842/#MyNCBI.Registering_with_My_NCBI

2. 为提交的数据申请BioProject和BioSample号。

一个BioProject代表一项测序研究项目，它可包含多次实验(experiments):

Step1：打开

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/，点击“BioProject”进入新建页面；

Step2：点击“New submission”，进行提交；

Step3：根据研究项目实际情况，填写一系列信息，每填写完一个步骤，都要点击页面下方的continue，保存已填写的信息。点击“submit”即可；

3. 在NCBI网站上登录自己的账户，进入数据提交的Submit界面后，点击相应的数据库进行数据的提交。(

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/)

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四、如何用NCBI批量下载基因序列

1. 登入NCBI主界面，在下拉菜单里选择nucleotide，将基因的Accession number都排列在一起，用空格隔开，不要有回车符；

例如：NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295：

填好后Search，然后会出现这样一个界面：

2. 点击上面的summary下拉标记，在Format选项中选择FASTA；

点击Apply，就会出现下一个界面：

3. 点击右上角的Send下拉标记，选中CompleteRecord和File，然后在下面Format中选择FASTA，Sort by不变(默认)，最后点击Create File保存数据即可；

五、如何用NCBI下载物种的全基因组序列

1. 打开NCBI，在下拉栏里选择Genome，之后输入下载物种的拉丁名；

以拟南芥Arabidopsis thaliana为例：

搜索结果如下图所示：

2. 点击上图的“GenomeAssembly and Annotation report”进入下面的界面：

一般来说，选择level这一列中测序水平最高的一组就是黑色部分占据面积最多的。

3. 点击Assenbly这一列中的基因组编号，可进入全基因组下载界面；

4. 点击该界面的右侧，即可进行全基因组的下载；

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参考资料

https://wenku.baidu.com/view/f86d817165ce0508763213df.html

https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html

https://mp.weixin.qq.com/s/7EPj0lJGz2gesnLK_k_oGg