近日,中国科学技术大学针对大尺度数万原子分子固体体系的第一性原理计算模拟,以低标度平面波高精度计算软件DGDFT为基础,在国产神威•太湖之光超级计算机上实现了千万核超大规模并行计算,研究成果以“
High performance computing of DGDFT for tens of thousands of atoms using millions of cores on Sunway TaihuLight
”为题在线发表于Science Bulletin。这项成果由合肥微尺度物质科学国家研究中心、化学与材料科学学院的杨金龙教授课题组,与计算机科学与技术学院安虹教授课题组联合攻关,在国家超级计算无锡中心和中国科学院软件研究所研究人员的紧密配合下完成。
Wei Hu, Xinming Qin, Qingcai Jiang, Junshi Chen, Hong An, Weile Jia, Fang Li, Xin Liu, Dexun Chen, Fangfang Liu, Yuwen Zhao, Jinlong Yang. High performance computing of DGDFT for tens of thousands of atoms using millions of cores on Sunway TaihuLight. Science Bulletin, 2020, doi: 10.1016/j.scib.2020.06.025
DGDFT(Discontinuous Galerkin Density Functional Theory)方法是利用自洽场(Self-Consistent Field, SCF)迭代过程中动态生成的自适应局域基函数(Adaptive Local Basis, ALB)来求解KS (Kohn-Sham)方程,具有可媲美平面波基组的高精度计算结果。算法实现采用了两级并行化策略,用于处理并行计算中各种类型的数据分布、任务调度和数据通信方案等;同时结合申威SW26010众核处理器特点实现了主从核多线程异构并行和高性能计算函数库,在神威•太湖之光上完成了超大规模高性能DFT计算模拟。计算结果表明,DGDFT方法可以在神威•太湖之光超级计算机上并行扩展到8,519,680个计算处理核(131,072个核组),用于研究含有数万碳原子(11520碳原子)的二维金属石墨烯体系的电子结构性质。
超级计算机和高性能计算技术的快速发展,使得基于KS方程密度泛函理论(KS-DFT)的第一性原理计算模拟在凝聚态物理、材料科学、化学和生物等研究领域变得越来越重要。自2010来以来,中国拥有了3台世界上计算速度最快的超级计算机,其中神威•太湖之光曾4次占据世界超级计算机TOP500排行榜第一。但是,国内第一性原理高性能计算软件却远远落后于超算硬件的发展。因此,随着国产超级计算机的快速发展,很有必要发展相应的理论算法和超大规模并行计算软件,从而充分发挥出这些超级计算机强大的计算能力,模拟研究更大尺度的物理化学问题。Wei Hu, Xinming Qin, Qingcai Jiang, Junshi Chen, Hong An, Weile Jia, Fang Li, Xin Liu, Dexun Chen, Fangfang Liu, Yuwen Zhao, Jinlong Yang. High performance computing of DGDFT for tens of thousands of atoms using millions of cores on Sunway TaihuLight. Science Bulletin, 2020, doi: 10.1016/j.scib.2020.06.025