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R统计计算与绘图
本专栏主要涉及R语言统计计算与绘图(ggplot2与交互图等)
晏九
这个作者很懒,什么都没留下…
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R语言--双坐标轴绘图
简介之前绘图是靠R语言,只是R语言绘图相关的资料太少了,想要解决问题只能靠自己,实在不行我准备投靠python绘图,不过我相信R语言在一些领域还是会有人常用,我在此记录我遇到的一些问题,希望可以帮助到一些人。数据data=data[order(data$Xpos),]CairoPNG(file = outF,width = 800,height = 500)twoord.plot(lx=data$Xpos,ly=data$Y1, rx=data$Xpos,.原创 2020-06-04 11:23:18 · 3466 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图----中文标注
在用R语言绘图的时候,如果给图上的标注有中文,有可能不显示,解决办法:安装showtextlibrary(showtext)showtext_auto()CairoPNG(file = outF,width = 800,height = 500)p=ggplot(data = cum,aes(x=Cov,y=Ratio)) +geom_line(size=1,colour='red')+xlab('xxx') +ylab('比例(%)') +scale_x_continuous(原创 2020-05-28 18:31:19 · 3978 阅读 · 0 评论 -
R包Cairo安装
简介在linux下用R画图会报X11错误,请参考我的这篇unable to open connection to X11 display不过那种解决办法,是通过调用脚本,如果用rstudio来仍会报错。如果在用rstudio画图来交互的话,可以考虑画图的时候,用Cairo包,不过这个包在安装的时候会遇到各种问题。在此记录Cairo包安装遇到的各种问题linux安装Rstudioyum install epel-releaseyum install R###install .原创 2020-05-27 12:55:56 · 5878 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图--高级图形之Chord
Chord图:R包:Circlize包实现了圆形布局用于可视化展示大量信息,此包可以使用户灵活使用基本图形便于实现自定义的高级图形,同时拥有专门绘制基因组学相关图形的功能。实现:library(circlize)library(Cairo)bed1 = generateRandomBed(nr = 100)bed1 = bed1[sample(nrow(bed1), ...原创 2018-08-09 18:16:25 · 6536 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图--高级图形之Circos
Circos图:R包:Rcircos支持Circos 2D数据轨道绘图,例如散点图、线、柱状图、连接器等实现:library(RCircos)library(Cairo)outF<-'/Output/Circos.pdf'data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)data(RCircos.Scatter.Data)data(RC...原创 2018-08-09 18:14:14 · 17171 阅读 · 1 评论 -
R统计计算--差异性检验
假设检验差异性检验: t检验、秩和检验(如wilcox检验)、Kolmogorov-Smirnov检验组间差异检验:方差分析、Fisher检验、卡方检验相关性分析:相关性检验(pearson、spearman和kendall等)、cos相关性检验基本概念:1.假设检验是统计推断的一个主要部分2. 对某一个事情提出疑问,解决疑问的过程往往是先做一个和疑问相关的假设,然后在这个...原创 2018-08-09 17:49:55 · 22261 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图--交互图
条形图:使用R包: rCharts饼图:R包:rChartsx <- data.frame(key = c("a", "b", "c"), value = c(1, 2, 3)) hPlot(x = "key", y = "value", data = x, type = "pie")热图:R包:d3heatmaplib原创 2018-08-09 17:27:05 · 4895 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图--基础图形
柱状图:##利用ggplot2包library(ggplot2) with(mpg,table(class,year))p <- ggplot(data=mpg,aes(x=class,fill=factor(year)))p + geom_bar(position='dodge')#dodge将不同年份数据并列放置p + geom_bar(p...原创 2018-08-09 17:19:12 · 4755 阅读 · 0 评论 -
R语言基础
目录R包数据结构数据输入图形R包R包相当于针对R的插件,可以满足不同的需求安装:1. install.packages(“ggplot2”)2. 本地安装(需要解决包依赖问题) Linux:下载对应tar.gz文件 R CMD INSTALL *.tar.gz3. GitHub安装 library(devtools) ...原创 2018-08-09 17:06:30 · 452 阅读 · 0 评论 -
R绘图-----unable to open connection to X11 display
概述:在没有安装X11的Linux服务器上,调用R脚本生成png时,会报错In png(img.file, width = width, height = height, res = res) : unable to open connection to X11 display ''此时需要安装:xvfb xauth xfonts-baseyum install xo...原创 2018-08-09 16:22:46 · 6391 阅读 · 0 评论