研究背景
定制基因的设计和制造正迅速成为合成生物学和蛋白质工程不可或缺的工具。当前的从头基因合成方法包括连接酶链反应(LCR)和聚合酶链反应(PCR)组装。两者都依赖于重叠寡核苷酸(oligos)来构建基因。在LCR组装中,连续寡核苷酸之间没有间隙的相邻寡核苷酸被连接,导致DNA延伸,而PCR组装利用DNA聚合酶延伸寡核苷酸。无论是使用LCR还是PCR组装,成功的合成都需要适当的寡核苷酸设计,以确保寡核苷酸对其目标具有高度特异性,并具有均匀的杂交温度以增强组装效率。
研究主旨
TmPrime是一个强大的生物信息学工具,用于设计从头合成基因所需的寡核苷酸。它通过控制熔解温度来优化寡核苷酸长度,从而提高组装效率。此外,它还支持序列池化和密码子优化,适用于大型基因或基因组的合成。TmPrime的这些特性使其在基因组合成和多重基因合成应用中特别有用。
研究特点
本章介绍了TmPrime,一个用于基于连接酶链反应(LCR)和聚合酶链反应(PCR)的从头基因合成设计寡核苷酸的计算机程序。该程序根据用户指定的熔解温度和组装条件将长输入DNA序列分割,并动态优化寡核苷酸的长度以实现同源熔解温度。输出报告熔解温度、寡核苷酸序列以及潜在二级结构形成在一个PDF文件中,通过电子邮件发送给用户。该程序还提供了序列池化功能,将长基因分成更小的部分进行多池组装,以及基于最高物种特异性密码子频率的密码子优化以表达。此软件已成功用于设计和合成总长度大于20 kbp的各种基因。此程序可免费获取。