[翻译]Protégé 5.5 说明文档

文档网址： http://protegeproject.github.io/protege/
图片说明：有些采用了原文档的图片，有些是另外截图，还有部分是补充的截图。

入门指南

介绍

Protégé是一个OWL本体开发环境。本部分旨在让您快速了解安装Protégé、加载本体、导航、使用推理机进行分类，以及根据个人喜好配置界面。

下载、安装和启动

Windows

Protégé 5.5.0以ZIP文件的形式分发。计算机中需要安装好64位Java JRE。下载安装过程如下：

1. 转到下载页面并单击下载按钮。
2. 下载完成后，打开Protégé下载到的文件夹。通常默认存储在“下载”文件夹。例如，“C:/Users/[你的用户名]/Downloads”。
3. 右键单击“Protégé-5.5.0.zip”文件，从弹出菜单中选择“Extract All…”，启动“Extract compression Folders”对话框。（第3、4、5步就是普通的解压文件过程，解压好之后直接打开文件夹里的Protege.exe文件就可以直接运行软件）
4. 点击“Browse…”按钮，选择安装目录，例如“C:/Program Files”文件夹。
5. Protégé Desktop将被解压到您选择的目标文件夹中，名为“Protege-5.5.0”。
6. 启动Protégé有两种方式：
   • 双击Protégé.exe。
   • 双击run.bat——这将启动Protégé并显示控制台。
7. 可以把Protégé.exe文件发送快捷方式到桌面，方便访问。

Linux

Protégé5.5.0以tar.gz文件的形式从Protege网站分发，且包含了64位Java JRE。因此，不必在计算机上预安装Java即可运行Protege。安装过程如下：

1. 转到下载页面。
2. 点击“Download for Linux”按钮下载tar.gz到本地。
3. 解压。在文件资源管理器中双击文件解压缩到所需的位置，或者在终端窗口中输入：

   tar zxvf protege-5.5.0-linux.tar.gz
   

4. 启动Protégé。在文件资源管理器中双击Protege文件夹中run.sh，或在终端窗口输入run.sh。

Mac OS X

Protege 5.5.0以Mac OS X应用程序的形式分发。这包括64位Java运行时环境（JRE）。该应用程序包含在一个ZIP文件中。

1. 转到下载页面，然后单击下载按钮。
2. 下载完成后，打开Protégé下载到的文件夹。通常默认存储在“Downloads”文件夹。
3. 找到Protégé-5.5.0下载文件夹后，可以到Protégé应用程序。
4. 将Protege应用程序拖到“Applications”文件夹中。
5. 双击Protégé启动。

打开Pizza本体

从Web打开Pizza本体。从File菜单中选择Open from URL… 打开一个对话框，询问您是否要在当前窗口中打开本体，选择No。在下一个对话框中，在URI下输入http://protege.stanford.edu/ontologies/pizza/pizza.owl ，点击OK。


现在，可以看到Protégé主工作区，它默认显示Active Ontology标签。此标签显示“active（活动的）”本体的概述信息，包括对本体内容的数据指标（Ontology metrics）、对本体的注释（Annotation）和导入的本体（Imported ontologies）。工具栏中的下拉框显示当前活动本体，也就是说，所有编辑操作是对该本体进行的。如果程序处理的是单个本体，不需要考虑活动本体的概念。工具栏右上角是 Search… 按钮，点击该按钮打开搜索窗口。这个搜索窗口也可以按CTRL+F(Mac上为CMD+F)打开。

导航（Navigation）

现在切换到Entities标签。Entities标签是本体编辑器的主要工作区。在此可以查看本体中的所有类（class）、属性（property）和个体（individual）。每个标签（tab）由几个视图（views）组成，这些视图可以进行尺寸大小调整、删除、浮动、分割和分层等操作。
选择模式是全局联动的，即（如下图）当在左侧的树结构中选择了一个类、属性或个体时，右侧窗格即会更新以显示所选项相应的描述信息。大多数视图都实现了超文本导航（hypertext navigation），因此无论使用哪个视图，都可以轻松地跟踪链接。打开层次结构并选择一个类或属性将在右侧显示相应的描述信息。
使用工具栏中的左右箭头按钮可以实现向后和向前导航，它们的作用就像Web浏览器一样。
另一种导航本体内容的简单方法是执行搜索。工具栏中的Search…按钮可在载入的本体中执行全局搜索。此外，各类层次结构视图中都有自己的搜索对话框(要激活视图搜索对话框，单击视图中的任何位置以聚焦于此视图，然后按CTRL+F(Mac上为CMD+F)。

推理（Reasoning）

本体推理是一种常用操作，Protégé有一个内置的推理器，名为HermiT。要对本体进行推理，请打开Reasoner菜单并选择HermiT，然后按Ctrl+R(Mac上为CMD+R），即可启动推理程序。推理程序完成后，可以检查本体以查看推断的信息。例如，在类层次结构中选择American(NamedPizza->Pizza->Food->DomainConcept)。注意，右侧的一些信息显示为黄色背景说明这是推断信息。换句话说，它是由推理计算得到的信息。
可以将类层次结构（class hierarchy）切换为推断的类层次结构，通过选择右上角的下拉框进行切换。需要注意推断（inferred）的层次结构(推理程序计算的层次结构)和声明（asserted）的层次结构(本体中记录的层次结构)之间的区别。

Protege还有其他可用的推理程序，包括Pellet和FaCT++等。这些推理程序可以从“File > Check for plugins…”下载。

其他标签（tab）

• OWLViz - 需要安装GraphViz才能使用。此标签展示类层次结构的图形化表示。关于OWLViz的完整描述可以在OWLViz手册中找到。

• DL Query - 要求在返回结果之前对本体进行分类。可以输入任意的类描述，并根据所选内容查询推理程序的子/超类、推断项等。

视图（View）

每个标签由多个视图（view）组成——每个视图都具有自己对本体的描述视角，或者仅仅是本体的一个方面(如最后选择的类)。

视图可以互相堆叠，在这种情况下，可以看到其他标签显示这些视图。例如，默认情况下，Entities、Classes、Properties和Individuals标签下都有usage视图。选择标签使视图可见。

标签上的视图是默认的，在Views菜单中列出了大部分未展示的视图选项。您可以添加和删除视图来创建自定义界面。

重新配置用户界面

重新配置用户界面很容易。可以通过Window菜单下的Tabs和Views菜单添加/删除标签和视图。在Entities标签中添加一个视图步骤:

1. 切换到Entities标签。
2. 选择一个类，确认选中的Entity视图正在显示class视图。
3. 选择Window > Views > Class Views > Superclass hierarchy。现在，当您将鼠标指针移动到Entities标签上时，一个蓝色的轮廓显示了新视图将被放置的位置——当前视图的顶部、上方、下方、左边或右边。
4. 当对位置满意时，单击鼠标左键来确定视图位置(如果您想取消此操作，只需单击工具栏上的某个位置)。
5. superclass tree视图现在是可见的(以当前类为根，树显示了子类树的“颠倒(upside-down)”版本，)。

正确关闭Protégé时，会保存所有的更改(或者可以在Window菜单中选择“save current layout”强制保存)。

可读的实体名称（用标签显示实体名称）

很多本体使用字母数字代码作为类、属性和个体的标识符，特别是生物医学本体。如果您的类层次结构看起来只是一堆数字或其他计算机生成的代码，但是您为每个实体都设置了标签（annotation），那么可以设置Protégé使用这些标签来显示实体。

1. 选择File > Preferences。

2. 选择preferences对话框的Renderer选项卡。

3. 选择Render entities using annotation values。

4. 在提供标签的地方，Protégé现在将在所有视图中显示标签。如果缺少标签，它将继续显示实体的Id。

5. 可以通过按**annotation…**按钮来选择用于呈现标签(以及语言)的注释。

当前选择的渲染器将在下次打开Protégé保存此步骤时被保存。

视图

Protégé用户界面由标签组成，标签包含视图。下面将更详细地描述标准Protégé 5.5.0视图。大多数视图外观和形式类似，由section列表组成，这些section中包含当前选中的类、属性或实例的相关的项。Protégé 5.5.0的通用视图如下。

通用视图示例

Protégé中的大部分视图具有相同的外观和形式(如下面所示为类描述视图)。典型的视图由section列表组成，每个section包含行（row）列表。

示例为类描述(Class Description)视图，其中包含“Equivalent To”、“SubClass Of”和“Disjoint With”等section。这些section与当前选中的类相关，给定的section包含与其相关的行。例如，“SubClass Of”中各 行表示当前选中的类是类表达式的子类。类似地，“Equivalent To”中各行是与当前选中类等价的类表达式。

下图视图的示例及说明。

Sections

如上所述，大多数视图分成几个section。每个section都有一个标题，用来说明这部分所包含的行的含义。例如，在类描述视图中，“SubClassOf”下的行表示选中的类是每行类的子类。

在标题标签的右侧有一个“+”按钮(添加按钮)，按下此按钮弹出一个编辑器，用于向该section添加新表达式行。

行（rows）

section中的每一行通常表示活动本体中的一个公理（axiom，或叫statement）。例如，在上面显示的类描述视图中，“SubClass Of”部分包含一行“hastopped some TomatoTopping”。这一行表示公理“hastopped some TomatoTopping”(因为视图显示的是“AmericanHot”类的信息)。我们说这是这一行的基本公理（axiom）。

声明（Asserted）和推断（Inferred）行

背景为白色的行表示声明(Asserted) 的行。即该行表示的公理是已断言为活动本体之一。在断言行示例中，前面提到的行包含“hasTopping some TomatoTopping”。将鼠标悬停在断言的行上，将显示一个工具提示，该工具提示显示断言公理所在的本体。在活动本体中断言其基本公理的行以粗体突出显示。

具有黄色背景的行表示推断(Inferred)的行。即由行表示的公理是被推断出来的，并且不包含在某个活动本体中。在上面显示的类描述视图中，包含“SpicyPizza”的行就是这样一个行。这一行表示推导出公理“AmericanHot SubClassOf SpicyPizza”。

行按钮

解释推断（Explain inference）?：解释为什么存在问题的行背后的公理遵循一组活动本体。此按钮可用于断言行和推断行。这是因为对于一个给定的公理可以有多种解释，而且对于为什么可以推断出公理，除了断言公理之外，可能还有其他原因。

注释（Annotations）@：显示有关行的底层公理上的注释。如果axiom上有注释，则此按钮将以黄色背景突出显示。按下此按钮可以查看、编辑、删除或添加axiom注释。

删除（Delete）x：删除行，从而从其包含的本体中删除基础公理。

编辑（Edit）o：显示一个弹出式编辑器，允许编辑行内容(因此也允许编辑底层axiom)。

Sections快捷键

回车（Enter/Return）-如果一个section标题被选中，按下Enter/Return相当于按下+按钮。例如，如果在类描述视图中选择了标题的“子类”，按enter键将会显示一个对话框来输入一个类表达式，这个类表达式将作为这个部分的一行添加进来。

Row快捷键

回车-如果某行被选中，按回车进行编辑。
**Ctrl+Delete (Cmd+Delete) **-如果某行被选中，按Ctrl+Delete (Mac上是Cmd+Delete)进行删除。

注释（Annotations）

annotation视图显示所选实体的注释断言（assertions）。视图列出了按注释属性排序的注释。某些众所周知的属性，例如rdfs:label在排序方面比其他注释属性具有更高的优先级，并且总是出现在视图的顶部。
对于视图中显示的每个注释，呈现包括注释属性(蓝色)、语言标记的注释值数据类型(淡灰色)和实际的注释值。
默认情况下，注释上的注释以内联方式显示。在下面的图像中，定义注释上还有另外两个注释。这些可以通过内联切换显示axiom注释来隐藏。

Annotation编辑器

要编辑注释或添加新注释，应该使用注释编辑器，当单击(+)按钮或edit按钮(o)或双击注释时，将显示注释编辑器。

注释编辑器分为左侧窗格和右侧窗格。
从左侧选择一个annotation属性(如果需要，也可以在顶部添加自己的注释属性)。
在右边，您为注释指定一个值。您可以指定:
Literal：一个文字，它是一个字符串或数字。文字可以有一个语言标签，也可以用数据类型来输入。可以使用类型下拉菜单指定类型，也可以在语言标记编辑器中指定语言标记。
Entity IRI：指向本体或导入闭包中的实体的实体IRI。
Entity IRI：任意的IRI可以指向任何东西。
Anonymous Individual：匿名个体和关联的属性值。

类描述（Class Description）

导航：Window > Views > Class views > Class Description
类描述视图是类编辑器的核心。它允许使用Manchester OWL语法编辑所选类的逻辑描述。视图遵循一般视图的外观和布局，包含若干部分（section），如下所述。section中的每一行都对应于一个已加载本体中的公理。

• EquivalentTo -每一行包含一个类表达式，它等价于当前选定的类。在本部分中，以黄色背景显示推断出的等价类。注意，只有在推理器首选项（Reasoner Preferences）中启用此选项时，才会显示推断出的等价类（如下图）。
  
  
  
• SubClassOf - 每一行指定一个类表达式，当前选定的类是该类的子类。换句话说，每一行都是当前选定类的超类。推断出的超类在本部分中以黄色背景显示。注意，只有在推理器首选项中启用此选项时，才会显示推断的超类。
  
• General Class Axioms - 每一行显示一个通用的类公理，它在其签名中包含当前选择的类(即提到当前选择的类)。本部分不显示推断的信息。
• Instances - 每一行指定一个个体，该个体在类断言公理中将当前选择的类作为其类型。本部分以黄色背景显示推断的实例。注意，只有在推理器首选项中启用此选项时，才会显示推断的实例。
• DisjointWith - 每一行指定此类与之不相交的类表达式列表。 DisjointClasses公理可以包含2个或更多个类（为清楚起见，从列表中删除当前选定的类）。推断的不相交类将在此部分中以黄色背景显示。 请注意，默认情况下不会显示推断的不相交类，只有在推理器首选项中启用此选项时才会显示。
  
• Instances - 每行指定一个具有当前所选类的实例作为类断言公理中的类型。本部分中，以黄色背景显示推断的实例。注意，只有在推理器首选项中启用此选项时，才会显示推断的实例。
  
• Target for Key - 指定对象和数据属性的混合列表，作为当前选定类的实例的键（key）。键（key）是OWL 2中的一个新特性，由一组属性组成。对于一个给定的个体，这些特性的特定值合在一起表明差异。例如，可以使用由hasSurname和hasDateOfBirth组成的键(在限定的环境中)来表示类Person中个体的差异。
• Disjoint Union Of - 指定此类是DisjointUnion类公理中的主类。
• SubClassOf (Anonymous Ancestor) - Protégé检查所选类的祖先，并累积它们的所有超类，这些超类在本部分中显示。

推理信息

推理信息的行以黄色背景显示。某些section中默认不显示推理信息，在“Reasoner Preferences”中可设置是否显示。

添加和编辑类表达式

添加或编辑等价类（Equivalent classes）或超类（Superclasses）将打开一个包含多个类表达式编辑器的对话框。编辑器的范围从可以从中选择类的简单树到完整的OWL类表达式编辑器。类表达式编辑器使用Manchester OWL语法。

显示类表达式编辑选项卡的类表达式编辑器。还有选项卡用于从树视图中选择类，或者通过从树视图中选择属性和类来创建对象和数据限制。
Disjoint类编辑器提供了一个类层次结构的选择，在这个类层次结构上可以执行多选，或者一个表达式编辑器，在这个表达式编辑器中可以通过逗号分隔多个值来输入。

右键菜单操作

Switch to defining ontology - 更改包含所选行的基础公理的活动本体。
Pull into active ontology - 将所选行的基础公理移动到活动本体中。如果公理已经在活动本体中，则此操作将显示为灰色。
Move axioms to ontology - 将所选行的基础公理移动到不同的本体。将显示一个对话框，用于选择目标本体。
Convert selected row to defined class - 仅适用于SubClassOf部分中的行。将选定的行从一组SubClassOf公理转换为EquivalentClasses公理。例如，给定选定的类A，以及表示A SubClassOf B和A SubClassOf C的所选行B和C，两个公理将被单个EquivalentClasses公理，A EquivalentTo B and C替换。
Create new defined class - 创建一个新类，使其等效于所选行中的类表达式。
Create closure axiom – 仅适用于包含表格p some A的类表达式的SubClassOf部分中的选定行。累加关联属性的some约束的所有填充，并添加一个新的SubClassOf公理，其中的类表达式是AllValuesFrom约束具有填充物的属性是所选SomeValuesFrom约束的填充物的分离。例如，如果所选类是A并且所选行包含p some B和p some C，那么A也将仅成为SubClassOf p only（B or C）。

类层次（Class Hierarchy）

导航：Window > Views > Class views > Class hierarchy
类层次结构视图显示断言（asserted）的和推断（inferred）的类层次结构。默认情况下显示断言的类层次结构。
断言的类层次结构视图是Protégé中的主要导航工具之一。它以树的形式表示，树中的节点表示类。树中的子-父关系表示类层次结构中的子/父类关系。(注意:从Protégé version 5.5开始，类层次结构还可以显示其他关系)。
断言的类层次结构中：会显示一个类作为另一个类的孩子在树上,如果断言是SubClassOf其他类,或如果它是断言EquivalentTo类表达式是包含一个十字路口,其他类作为操作数。例如，如果本体包含A SubClassOf B，结构树中A将出现在B的下方。类似地，如果本体包含E EquivalentTo B and D，其中D是任何其他类表达式，那么E也将在树中显示为B的子类。任何没有被断言为其他类子类的都直接显示在owl:Thing(根)下面。
注意，如果类层次结构中的名称包含空格，则使用单引号引用该名称。然而，引号并不是名称的一部分。

切换声明模式和推断模式

默认情况下显示断言的类层次结构。要切换到推断层次结构，要么从下拉菜单中选择“Inferred”，要么在层次结构具有焦点时按“i”。如果显示了推断的层次结构，则可以在层次结构具有焦点时从下拉菜单中选择“Asserted”或按“a”来显示断言的层次结构。

插入新类

为了在类层次结构中插入新类，必须选择断言（Asserted）的类层次结构。
通过使用类层次结构顶部的类创建按钮，或者使用类层次结构上右键单击(CMD+单击Mac)所显示的弹出菜单，或者使用键盘快捷键，可以将新类插入到类层次结构中。下面将更详细地描述这些机制。

• 添加子类按钮——确保选中了声明的类层次结构。选择一个类并按“添加子类”按钮。将显示一个对话框，用于指定新类的名称。新类将作为所选类的子类插入。
• 添加同级类按钮——确保选中了声明的类层次结构。选择一个新类的同级，然后按“添加同级”按钮。将显示一个对话框，用于指定新类的名称。新类将作为所选类的同级类插入。
  
  类层次结构工具栏:按钮从左到右依次为:“添加子类”、“添加同级类”、“删除选定类”
• 添加子类弹出菜单项-确保所断言的类层次结构被选中。右键单击(或CMD+单击Mac)类层次结构中的类。将显示弹出菜单。从菜单中选择“Add SubClasses…”项。将显示下面所示的向导，用于输入缩进的类名层次结构选项卡。您输入的制表符缩进层次结构将转换为一个子层次结构，该子层次结构将扎根于所选的类。
  
• 添加子类弹出菜单项——确保选中了断言的类层次结构。右键单击(或CMD+单击Mac)类层次结构中的类。将显示弹出菜单。从菜单中选择“Add subclass…”项。将显示一个对话框，用于指定新类的名称。新类将作为被单击类的子类插入。
• 添加同级类弹出菜单项——确保选中了断言的类层次结构。右键单击(或CMD+单击Mac)类层次结构中的类。将显示弹出菜单。从菜单中选择“Add sibling class…”项。将显示一个对话框，用于指定新类的名称。新类将作为所选类的同级类插入。
• 添加子类键盘快捷键——确保选中了断言的类层次结构。选择一个类，在Windows/Linux上按Ctrl+E，在Mac上按Cmd+E。将显示一个对话框，用于指定新类的名称。新类将作为所选类的子类插入。
• 添加同级键盘快捷键——确保选中了断言的类层次结构。选择一个新类的兄弟类，在Windows/Linux上按Ctrl+Shift+E，在Mac上按Cmd+Shift+E。将会显示一个对话框，用于指定新类的名称。新类将作为所选类的同级类插入。

删除类

类层次结构可用于删除类(提到类的公理将从本体中删除)。选择要删除的类(或多个类)，然后激活delete:

• 删除选定的类——确保选定了断言的类层次结构。选择要删除的某个类(或多个类)。点击类层次结构工具栏的“Delete selected class”按钮。
• 删除类菜单项——确保选中了断言的类层次结构。选择要删除的某个类(或多个类)。从“Edit”菜单中选择“Delete class…”项。
• 删除键盘快捷键——确保选中了断言的类层次结构。选择要删除的某个类(或多个类)。按下Delete按钮。
  在以上述方法之一激活delete之后，将显示“delete class”对话框。选择删除所选类的选项，或者删除所选类以及断言类层次结构中所选类的所有后代。Protégé将根据所选选项计算要删除的类，然后从活动本体集中删除所有提到这些类的公理。
  

图标（Icons）

类层次结构包含两种类型的图标:纯黄色图标和中间有三条白线的黄色图标，表示等价符号。
包含等价符号的图标(三条白线)表示被断言与其他类表达式等价的类。这些被称为已定义类（defined classes）。如

纯黄色图标表示没有定义类的类(即没有断言与其他类表达式等价)。这些类称为原始类（primitive classes）。如

高亮

类层次结构视图名称显示有粗体和常规字体两种形式。在活动本体中的使用了公理描述的类名称以粗体显示，也就是说这个类会出现在SubClassOf公理的左侧、在EquivalentClasses公理中、在DisjointUnion公理中或者在一个DisjointClasses中。常规字体显示名称的类仅在活动本体的导入闭包中引用。

在类层次结构中使用粗体的一个例子。类B以粗体显示，因为活动本体包含描述它的公理。类A没有以粗体显示，因为它仅由活动本体引用(在类B的描述中)。

拖拽

通过在断言的类层次结构中拖放树节点，可以编辑本体中的一些公理子类。拖放只适用于基本类——即具有纯黄色图标的类。将一个类放在另一个类之上将使它成为另一个类的子类。

循环

出现在一个公理子类循环中的类，例如A SubClassOf B, B SubClassOf C 和 C SubClassOf A会被折叠并一起显示，循环中的每个类都有一个树节点，这样就可以选择每个类。下面显示了一个示例。

这种表示法的原因是两个或多个类之间的类层次结构中的循环表明循环中的类是等价的。因为A EquivalentTo B是A SubClassOf B和B SubClassOf A这两个公理的缩写。

显示关系

如引言所述，默认情况下，类层次结构树是基于SubClassOf公理生成的。但是，从Protégé version 5.5开始，类树还可以显示子类之外的其他父/子关系。可以使用类层次菜单中的View -> Display relationship in class hierarchy激活和禁用此功能。当显示关系被激活时，类层次结构将在纯黄色类图标的前面显示一个额外的箭头图标。对于标准的子类-超类（subclass-superclass）关系，箭头是灰色的;对于任何基于包含对象属性的公理的关系，箭头是蓝色的。如下所示。

将鼠标悬停在一个前面显示蓝色箭头的类上，将生成一个工具提示，除了基础的信息(显示名称、IRI和OBO id，可用的前提下)之外，该工具提示还将显示对象属性的名称，该类通过该属性与其父类关联。为了便于解释，工具提示还将显示子和父之间完整关系的语言版本。参见下面的示例。

数据属性层次结构（Data Property Hierarchy）

导航：Window > Views > Data property views > Data property hierarchy
数据属性层次结构视图显示断言和推断的数据属性层次结构。默认显示断言的数据属性层次结构。
断言的数据属性层次结构视图是Protégé中的主要导航设备之一。它以树的形式表示，其中树节点对应于数据属性。子节点表示数据属性，该数据属性是由父节点表示的属性的子属性。
如果一个数据属性被断言为另一个属性的子属性，那么它将显示在另一个数据属性下。例如，如果本体包含P SubPropertyOf Q，那么P将出现在树Q下。任何没有被断言为其他数据属性子属性的数据属性都将直接显示在owl:topObjectProperty(根)下。
注意，如果名称包含空格，则数据属性层次结构中的名称将使用单引号引用。然而，引号并不是名称的一部分。

切换断言模式和推断模式
同类层次视图。
插入新属性/删除属性
方式与类层次视图类同。
高亮
与类层次视图类同，粗体表示设置了axiom，常规字体反之。
拖拽/循环
与类层次视图类同

导入本体（Imported Ontology）

导航：Window > Views > Ontology views > Imported Ontologies

Imported Ontology视图显示活动本体的直接导入和间接导入。每个条目对应于活动本体的owl：imports语句，显示内容如下：

• IRI是owl:imports声明的主题，使用三角括号。
• 本体的简称，源自导入的Ontology IRI或标注注释（如rdfs：label或dc：title）（如果存在）。
• 导入本体的本体IRI应该相同，但可能与作为owl：imports语句主题的IRI不同。
• Location：加载本体的位置，如果从Web或本地文件系统加载本体，则这是超链接。
  如果由于某种原因无法加载导入，则只能看到owl：imports IRI。

个体描述（Individual Description）

导航：Window > Views > Individual views > Description

• Type - 显示所选个体是其直接实例的类表达式列表。如果打开推理，则使用淡黄色背景显示直接推断的命名类型。每一行都对应一个ClassAssertion公理，其中的个体是当前选中的个体。
• Same Individual As - 显示所选个体被断言或推断为与之相同的个体的列表。只有在推理程序首选项中启用此选项时，才会显示相同的个体。每一行对应一个包含当前所选个体的相同的个体公理。
• Different Individuals -显示所选个体被断言或推断为与之不同的个体的列表。只有在推理程序首选项中启用此选项时，才会显示相同的个体。每一行对应一个包含当前所选个体的不同的个体公理。

实例（Instance）

导航：Window > Views > Individual views > Instances
显示所选类的实例的个体列表。

对象属性层次结构（Object Property Hierarchy）

导航：Window > Views > Object property views > Object property hierarchy
参考数据属性层次结构

对象属性特征（Object Property Characteristics）

导航：Window > Views > Object property views > Characteristics
对象属性特征视图显示所选对象属性声明的特征。以复选框列表列出属性类别。如果复选框中选中了某特征，说明导入完成的活动本体中的某本体声明了该特征。

可用的特征

• **Functional **- 声明一个属性是函数。对于任何给定的个体，该属性的值具有唯一性。换言之，个体的该属性最多只有一条向外的关系。注意，如果将多个个体指定为该属性的值，那么将推断这些值表示同一对象。
• Inverse Functional - 所选属性的逆属性(无论是否显式声明)具有Functional特征。换句话说，个体的属性最多可以有一个传入值。注意，如果将多个个体指定为属性的传入值，那么将推断这些值表示同一的对象。
• Transitive – 所选属性是可传递的。如果有个体x关联个体y, 个体y关联个体z,那么个体x将关联个体z。换句话说, 如果属性是可传递,在给定属性的两个链上隐含一个“跳跃”。
• Symmetric – 所选属性是对称的。如果个体x与个体y关联，那么个体y与个体x关于相同属性关联。
• Asymmetric – 所选属性是非对称的。如果个体x与个体y关联，那么个体y与个体x关于相同属性不关联。
• Reflexive – 所选属性是自反的。即每个个体通过该属性与自己关联。
• Irreflexive – 所选属性是非自反的。即一个个体不能通过该属性与自己相关联。

对象属性描述（Object Property Description）

导航：Window > Views > Object property views > Description
对象属性描述视图是对象属性编辑器的核心。可以查看和编辑所选对象属性的逻辑描述。

• Equivalent To – 选中属性等价于列出的属性。
• SubProperty Of – 选中属性是列出属性的子属性。
• Inverse Of – 选中属性是该部分列出属性的逆属性。可以指定多个逆属性，虽然这种情况不常见。属性本身也可以作为一个逆属性。例如hasSpouse（有配偶）, 所以如果Mary hasSpouse John，那么John hasSpouse Mary。
• Domains (Intersection) –本部分列出选中属性的定义域（domain）的类表达式。如果在一个属性的定义域中给定一个类，这意味着，任何具有该属性值的个体(即该属性关系的主体)都将被推断为定义域类的一个实例。例如，如果有John hasParent Mary且Person列在hasParent的定义域中，那么John将被推断为Person的实例。请注意，定义域并不意味着“类Person拥有hasParent属性”。
• Ranges (Intersection) –本部分列出选中属性的值域（range）的类表达式。如果在一个属性的值域内给定一个类，这意味着，任何作为该属性值的个体(即属性关系的对象)都将被推断为该值域类的一个实例。例如，如果有John hasParent Mary且Person列在hasParent的值域中，那么Mary将被推断为Person的实例。注意，值域并不意味着“类Person是hasParent属性的值”。
• Disjoint With –所选属性与列出的属性不相交。如果属性hasParent与属性hasChild不相交，那么这意味着如果John hasParent Mary，那么不能有John hasChild Mary。
• SuperProperty Of Chain -所选属性是列出的每个属性链的超级属性（即隐含）。注意,给定链中的每个属性由“o”(小写字母o)隔开。点击add按钮添加一个链,在弹出的对话框中输入链。属性名可自动补全。

本体标题（Ontology Header）

导航：Window > Views > Ontology views > Ontology Header
本体IRI和本体版本IRI

视图顶部的两个字段允许查看和编辑Ontology IRI和Ontology Version IRI。 在匿名本体的情况下，这两个字段都将为空。 对于命名本体（最常见的情况），本体IRI应该是绝对IRI（国际化资源标识符）。 建议Ontology IRI实际上是一个URL（http：// …），它指向可以下载本体的Web位置。
如果本体具有Ontology IRI，那么它也可能具有Ontology Version IRI。 IRI版本应该描述本体的版本，并且还建议版本IRI是指向发布此版本的本体的Web位置的URL。 最新版本的本体应该在其Ontology IRI上发布。

本体注释

本体可以被注释(以类似于实体被注释的方式)。我们建议本体作者为本体的标题(例如使用dc:title)和许可信息(例如使用dc:rights)提供一个人类可读标签。

Usage

Usage视图显示引用(或提及)当前选定实体的公理。更具体地说，它显示包含签名中当前选定实体的公理。
用法是根据主题实体(在可能的情况下)排序的，所有表达式都是超链接的，便于导航。
Usage视图可以用于查明在本体中使用了多少特定的实体，或者当您想知道类在哪里被用作限制的填充时，它非常有用。
在视图的顶部还有一些额外的过滤器，它们作为一系列复选框可用，减少了显示的使用数量:
this - 描述当前选定实体的公理，并且很可能在其他视图中很容易看到。例如，如果选择了一个类，这些公理将显示在类描述视图中。
Disjoints - 在某些情况下，引用给定类的不相交类公理的数量可能会很大(特别是如果它们是成对的)，并且会使视图混乱，因此除非选中此框，否则不相交类公理将被隐藏。
named sub/superclasses - (仅适用于类)这个信息很容易从类层次结构中读取，大量子类混淆了usage视图，因此除非选中此框，否则它们将被隐藏。

类表达式语法（Class Expression Syntax）

类表达式用于描述具有共同特征的个体，包含类名（class names）（或命名类（named classes））和复杂类表达式（complex class expressions）。 下表显示了用于构建复杂类表达式的关键字以及一些示例。类表达式可以嵌套到任意深度，以便构建所建模域的丰富描述。
Manchester OWL语法用于在Protégé中呈现和编写各种复杂表达。

Keyword	Example	Intuitive Meaning
some	hasPet some Dog	Things that have a pet that is a Dog（有一个宠物是一只狗） 这是最常见的类表达式。也称为“SomeValueFrom restriction”或“Existential Restriction”。 该类表达式由属性（本例中为hasPet）和一个类表达式（称为填充符filler，本例中为Dog）组成。 作为此类表达式实例的个体，hasPet属性与作为Dog类实例的个体具有关系。
value	hasPet value Tibbs	T hings that have a pet that is Tibbs（有一个宠物是Tibbs） 在这里，Tibbs是一个特定的个体。 直观地说，这将描述Tibb的所有者。 请注意，这是一个捷径，在逻辑上等同于（hasPet some {Tibbs}），其中大括号描述了一类特定的个体 - 在这种情况下，是一个属于Tibbs的类。 也称为“HasValue restriction”。
only	hasPet only Cat	Things that have pets that are only Cats（只有猫一种宠物） 请注意，这并不意味着things必须有猫，但如果他们有宠物，那么它将是一只猫。也称为“AllValuesFrom restriction”或“Universal restriction”。
min	hasPet min 3 Cat	Things that have at least three pets that are Cats（至少有3只宠物是猫） 至少有3只宠物猫，也称为"Min cardinality restriction"
max	hasPet max 5 Dog	Things that have at most five pets that are Dogs（最多有5只宠物是狗） 请注意，宠物总数可能超过5只，例如3只猫和5只狗，但狗的数目不会超过5只。这个类表达式还意味着可能根本没有宠物。也称为"Max cardinality restriction"
exactly	hasPet exactly 2 GoldFish	Things that have exactly 2 GoldFish as pets（恰好有两只宠物是金鱼） 注意，可能有两个以上的宠物，但其中两个宠物是金鱼-不多也不少。也称为"Exact cardinality restriction"
and	Person and (hasPet some Cat)	People that have a pet that’s a Cat（人有一个宠物是猫） 这里我们有一个类名和一个与and关键字组合的复杂类表达式。在这个特殊的例子中，括号是可选的，但是为了清晰起见，使用了括号。其也称为“交集（Intersection）”或“连词（Conjunction）”。通常也称连接词中的每个类表达式都是一个“conjunct”。
or	(hasPet some Cat) or (hasPet some Dog)	Things that have a pet that’s a Cat or have a pet that’s a Dog（有一只宠物是猫或是狗） or是指不唯一的。也就是说，这个类包括那些有一只猫作为宠物的东西，或者有一只狗作为宠物的东西，或者有一个宠物点和一只宠物猫。注意，我们也可以将这个例子写成(hasPet some (Cat or Dog))，也称为“Union”或“Disjunction”。我们还说，disjunction的每个类表达式都是一个“disjunct”。
not	Not (hasPet some Dog)	Things that do not have a pet that’s a dog（没有够这种宠物） 没有宠物，或者如果他们有宠物，那就不是狗。注意，这在逻辑上等同于(hasPet only (not Dog))，也称为“negation”。

推理选项设置

选定的推理器根据Protégé配置显示的推断类型执行许多推理任务。任务的计算时间取决于任务本身，所选择的推理器，本体的复杂性（类本表达式和本体中使用的公理类型的种类）以及在某种程度上本体的大小。例如，所选推理器可能能够比执行计算所选个体的属性断言的任务更快地执行计算所选个体的类型的任务。重要的是要意识到不同的reasoners可能在相同的本体上执行完全不同，因为不同的reasoners针对不同风格的本体进行了优化。
如果打开推理（在Reasoner菜单中）并且Protégé似乎缓慢，则可能是某些推理任务被触发以检索有关所选实体的信息，可能需要一段时间才能运行。如果需要更快地与Protégé交互（以减少信息显示量为代价），则可以使用“Displayed Inferences”面板禁用较慢的推理任务，如下图所示。

“Displayed Inferences”面板由一系列复选框组成，这些复选框选择Protégé用户界面中显示的各种推理。如果选中了一个框，那么当浏览本体时，Protégé将向推理器查询与复选框相关的信息。例如，如果选中“Equivalent Classes”复选框，则Protégé将在Class Description视图的EquivalentTo部分中显示推断的类。同样，如果在“Object Property Inferences”部分中选中“Domains”复选框，则Protégé将查询推断的对象属性域，并在对象属性选择更改时将其显示在“Object Property Description”视图中。
对于“Displayed Inferences”面板中的每个复选框，将显示相关推理的名称，如果之前已经运行过推理器（在当前的Protégé会话中），则时间信息将沿着它显示为灰色。定时信息显示推理器计算给定推断所花费的总时间，并且还显示每次推断的平均时间。此信息可用于确定缓慢运行的推理器任务。