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RSS订阅原创 Tensormol安装
Tensormol是由Yao[1]等人开发的神经网络化学势，一部分基于ANI1，可以通过对模型化学进行学习来拟合势能面，并将其模型作为MD力场进行使用。此模型开发不完全，大量功能尚未实装，但由于其可以对电荷进行拟合，故具有一定的实用性。Linux下安装教程：Git链接：https://github.com/jparkhill/TensorMol此模型使用了Tensorflow框架，考虑到服务器环境，本篇文章在Anaconda存在的环境下进行安装。首先利用Anaconda新建环境（尽量选则清华源）：
2020-09-22 19:39:44
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原创 DeepMD安装及Unbuntu下Nvidia显卡升级（防跳坑）
最近由于需要重新使用DeepMD，实验室服务器又崩了，/opt /home阵列全完蛋了，只能在自己的机器上进行重新安装。DeepMD是由Wang等人开发的机器学习MD工具包，其github地址如下：https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit/我使用了DeepMD官方推荐的conda方法安装，不得不说conda真是神器，安装早期版本的时候跳了一万次坑。此处选用GPU版本，推荐conda虚拟环境，所有需要GPU的包都强烈建议使用虚拟环境运行，一面出现差错。此处我
2020-08-07 17:03:53
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原创 openMM中打印amoeba力场中的总偶极
# dipoleReporterclass DipoleReporter(object): def __init__(self, file, reportInterval): self._out = open(file, 'w') self._reportInterval = reportInterval def __del__(self): self._out.close() def describeNextReport(se
2020-06-29 13:49:36
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原创 使用gromacs进行二面角分析
使用gmx angle命令可以进行轨迹的二面角分析gmx angle -f *.xtc -n *.ndx -type dihedral -ov -oc利用-ov选项, 可以得到一组键角的平均值随时间的变化关系图.利用-oc选项, 可计算二面角的相关函数.GROMACS程序组件翻译...
2020-03-12 02:15:10
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原创 C/C++读取判断文件后缀名
通过判断dot的位置获取读入文件的后缀名，并使其与指定的后缀名进行对比，一致时返回真值，只使用简单的字符数组操作。bool decide_ext(char *gname,char *nsuff)// gname: name of the given file // nsuff: suffix you need{ char dot = '.'; char suff[10] ...
2018-12-28 14:38:30
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空空如也
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