rdkit&python | 超全化合物分子清理方法

分子结构处理 Molecular Sanitization

默认情况下，RDKit读入分子的时候会进行分子结构检查处理（Molecular Sanitization）。 结构处理的过程中会自动计算一些有用信息，如杂化、环信息等，保证分子的结构在化学上是合理的：价键合理。

Sanitization的检查过程，包含11步。

1. clearComputedProps: 清除已有的分子、原子、键的计算性质，如 This step is always performed.
2. cleanUp: 对非标准价键进行标准化处理，如： 5根键的N转换成两性离子的形式。
   Example: N(=O)=O 自动变成 [N+](=O)O-]。Example: C-N=N#N 变成 C-N=[N+]=[N-]。
   Example: C=P(=O)O -> C=[P+]([O-])O Example: O=Cl(=O)O -> [O-][Cl+2][O-]O
   注意： 非标准价键形式作为输入不会产生异常*
3. updatePropertyCache: 计算所有原子的显式和隐式价态。如果价态超过该原子的最高价态，则会产生异常报错。
4. symmetrizeSSSR: 执行SSSR 算法计算环的信息。
5. Kekulize: 把kekule形式转换成芳香环。如果单双键的kekulized形式不能转换成芳香环或者方向键在环外， 则会产生异常。
6. assignRadicals: 检测原子上的自由基电子的情况。