rdkit&python | 通过反应获得断键位点与类型

本文介绍了如何利用rdkit库在Python中对化学反应进行mapping,通过比较反应物和产物的mapping number差异,确定化学键的断裂位置和类型。举例说明了从反应式中获取断键位点及键类型的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

对反应事先进行mapping

CH2:15[Mg+:19].[CH2:20]1[O:21][CH2:22][CH2:23][CH2:24]1.[Cl-:14].[OH:1][c:2]1[n:3][cH:4]c:5[cH:12][cH:13]1>>[OH:1][c:2]1[n:3][cH:4]c:5[cH:12][cH:13]1’

逻辑是根据生成物与产物之间的mapping number的不同,得到断键位置与
键的类型GetBondTypeAsDouble()

def get_changed_bonds(rxn_smi):
    reactants = Chem.
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