RDT&python | 化学反应Atom–Atom Mapping

Reaction Decoder Tool

RDT是一个强大的挖掘反应特性的开源软件，如原子映射，键的变化，反应中心，在python程序中需要调用jar包使用

import os
import subprocess

"""


usage: java -jar ReactionDecoder.jar [-c] [-f <arg>] [-g] [-h] [-j <arg>] [-m]
       [-p <arg>] [-Q <arg>] [-q <arg>] [-u]
HELP
     -c,--complexMode     Use Rings etc. bit time comsuming
     -f,--formatO <arg>   Output format (TEXT/XML)
     -g,--image           create png of the mapping
     -h,--help            Help page for command usage
     -j,--job <arg>       Task (AAM)
     -m,--mappings        Report all mappings
     -p,--prefix <arg>    Job prefix
     -Q,--formatQ <arg>   Query Type (RXN/