【光声蒙卡】1_Windows下编译MMC/mmclab

0_Whine

好的这里是疯狂进行光声蒙卡模拟的氧化铝

因为最近有一个横向需要对amira导出的四面体网格进行蒙卡模拟，而且还需要自定义光源（要不是为了在四面体模拟还改光源我也不至于考虑编译方法，是MCmatlab不舒服还是MCxyz不够精简！）这里来记录一下有关mmc和mmclab的编译过程，源码来自fang qianqian的个人仓库

fangq/mmc: Mesh-based Monte Carlo (MMC) (github.com)

当然，也可以进入[MCX官网](http://mcx.space/ class=)，然后进入Nightly-build版本的src目录直接下载zip压缩包

注：本文不对MMC各种参数使用进行讲解，如果只是为了使用MMC的基本功能而不需要自行更改光源或探头以及其他功能，这里建议进入Nightly-build版本直接下载已经将MCX、MCXLAB、MMC、MMCLAB编译完毕并进行统一封装，且具有一站式例程和文档的MCX22/MCXStudio

1_Environment_configuration

那么废话不多说了，开始 # 正所谓一级标题下面也得水一段话，所以这里添加了一句没用的话

1.1_Cygwin64_env

那么首先是环境配置，这里还得感谢房老师的热心指导 Error in complex in windows · Issue #84 · fangq/mmc (github.com)，虽然理论上只需要构建minGW环境就够了，但是依旧有一部分依赖项，在房前辈的论坛里推荐Cygwin64或者MSYS2，毕竟身为多年生互联网废物，不了解pacman，，，在Cygwin64的可视化环境包管理面前，，，我选择Cygwin64做个废物（划掉）

那么这里建议直接右拐Cygwin64官网开始下载

下载完毕直接运行文件开始可视化页面无脑自动安装模式，前面自己配置的地方就怎么提示怎么来吧，反正网上也一大堆教程 # 补：个人建议使用阿里源，体验下来阿里源比网易源舒服(啊~两个空格加注释，老子真优雅！(划掉）

那么进入到伟大的库管理界面，别急，这里像您往常打开世界上最好语言的composer、keil的Pack installer、androidStudio的SDK manager…（break掉成吨您想继续说的）一样

安装软件包前都先切换到查看完整软件包，然后隐藏过时的软件包，同时个人建议选择匹配到可用的最佳版本，最后需要什么就直接搜索，哪个需要安装就在新增里寻找需要的版本（个人建议没有特殊需求就切最新的，因为cygwin实在是太人性化了，如果安装后补充其他软件包，它默认会帮我们更新，省着夜长梦多）

那我们都需要搜索什么呢？你先别急（好急好急，我比你急多了）先看一下目前已安装的环境

首先是下面五个万年不动的基础包，不用过多赘述，过

• binutils
• gcc-core
• gcc-g++
• gdb
• make

理论上您编译MMC的可执行文件（也就是mmc.exe）时，基础环境已经够了，但是在编译mmclab时，由于编译mex文件，需要让 笨比 MATLAB正常绑到这面的C环境进行编译，所以还得得得安装一下mingw64 # 屏蔽音！优雅的中国话！

• mingw64-i686-gcc-core

按照房老师的gayhub文档，理论上配置好目前这几个库就可以了，，，但是，，，如果您现在直接这么头铁上了，编译确实可以通过，但是一般来说，，，mmc_core_cl 会教您做人的

所以还需要安装房老师说的十六进制编译工具xxd，至于我当前环境里的vim，这倒是可有可无（我刚开始以为xxd需要依赖vim，后来发现这俩是独立的）有该类习惯的玩家可以考虑也一起安装了

• vim

• xxd

此外一个容易忽略的就是房老师在文档里没有提到的zlib依赖包，不然编译的时候cc会教您做人的

一个软件包一个开发包都安装了，注意别直接顺手zlib1g和zlib1g.dev从门框撞到隔壁了（linux玩家大概率也不需要看这个内容）

• zlib

• zlib-devel

好的，默认现在您已经把这些软件包一个，一个，一个的新增了，下一步开始安装，我这里默认是没有的，但是为了保留一部分更改内容，您才能感觉我也是在安装，所以，我故意不小心勾选了一部分重新安装增加沉浸感

好的针对目前cygwin的环境已经配置完了（其他的配置项也不是在这配），以后如果需要更改环境再次运行这个安装程序就可以，它真的是一个很贴心的环境管理工具

1.2_Personal_quality_change

# 注：现在可以直接用Cygwin启动在上一步配置的环境，但是默认打开的目录为%cywin64%/home/user/为了更简单的操作可以考虑注册表改右键加入，直接考虑注册表改右键加入，win+R regedit启动！

直接进入 计算机\HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell

• 新建项Cygwin

  • 默认值 设置为 Cygwin Bash Here # 只是为了和git默认值保持队形，大家随意

  • 新建字符串值 Icon 设置为 %cywin64%\Cygwin.ico # %cygwin64%默认不会加系统变量，大家按照自己的安装目录来

• Cygwin项下 新建项command

  • 默认值 设置为 D:\ProgramData\cygwin64\bin\mintty.exe -e /bin/bash --login -i -c “cd ‘%V’;exec bash” # 参考自Mintty（Cygwin）快速定位目录的问题 - V2EX

注：现在右键空白处可以像git一样启动cygwin64了，但是由于MATLAB这个笨比实在是太笨了，编译MMCLAB必须使用mex，所以这里建议往环境变量里也扔一下，右键>属性>高级系统设置>环境变量

把 %cygwin64%/bin 目录添加到系统环境变量，就比如我这里是D:\ProgramData\cygwin64\bin

好的这时候您再打开其他您使用的命令行工具，理论上可以使用make命令，并且开始体验ls和dir同时存在的极致享受，这对于编译MMC无所谓，但是对于mmclab是必要的

# 鉴于power shell 对于笔者喜欢设置成的浅黑背景，"–"前缀提供的自动配色实在是太过delightful，这里建议shift打开后瞬间 start cmd 启动该爆金币的上古命令行，并像下图所示检查make、gcc -v命令是否可以正常执行

2_Complex_mmc

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那么这段开始说编译mmc的流程

现在，立刻，马上右键git bash，之前未安装请进入git官网或者gayhub项目页面>code >Download zip

git clone https://github.com/fangq/mmc.git

现在按照房老师在readme.md内的说明，进入mmc项目下的src目录，并使用make命令编译

2.1_Simple_modifie

但是！！！你先别急！！！我比你急！！！

就像之前炼丹调cycleGAN、comboGAN、starGAN、styleGAN…一样，开源项目不出点问题都不叫开源项目

关于ulong这个参数的问题，通过ctrl+shift+F查找（clion ！启动！），能够看出这玩意是一个unsigned long long的数据类型的别名，我身为一个代码废物，自然看不懂mmc_rand_xorshift128p.h里的条件编译宏里的各种关系

#if defined(_WIN32) || defined(__APPLE__)
    typedef unsigned long long ulong;
#endif

所以，个人建议直接将 mmc_rand_xorshift128p.c 内的所有ulong 都如下代码块所示替换成unsigned long long，反正就4处，功能一样就行，优不优雅已经无所谓了

static float xorshift128p_nextf (RandType t[RAND_BUF_LEN]) {
    union {
        unsigned long long  i;
        float f[2];
        uint  u[2];
    } s1;
    const unsigned long long s0 = t[1];
    s1.i = t[0];
    t[0] = s0;
    s1.i ^= s1.i << 23; // a
    t[1] = s1.i ^ s0 ^ (s1.i >> 18) ^ (s0 >> 5); // b, c
    s1.i = t[1] + s0;
    s1.u[0] = 0x3F800000U | (s1.u[0] >> 9);

    return s1.f[0] - 1.0f;
}

static void xorshift128p_seed (uint* seed, RandType t[RAND_BUF_LEN]) {
    t[0] = (unsigned long long)seed[0] << 32 | seed[1] ;
    t[1] = (unsigned long long)seed[2] << 32 | seed[3];
}

然后再次执行make命令，编译就能通过了，不过，，，此时的make也有一些小warning，按照提示改就完事了，反正改不改都行，最终是保证项目的src下生成bin（存放编译结果）和built（存放链接库文件，编译完可以直接扔了）两个目录，并且bin目录下生成mmc.exe可以正常执行，测试建议转身参考mmc项目目录下的\examples文件夹，

注：此时的编译文件并不是完全独立的，需要依赖cygwin1.dll才能正常运行，保证该文件在系统路径或者与该可执行文件在相同文件夹，可从%cygwin64%\bin\目录下获取

这里按照\examples例程里的shell脚本改了个python例程（本质上就是调用shell脚本）由于光声蒙卡本身属于模拟方法，生成的文件能保证接近就OK（至于说数量级特别小的参数，数量级接近就没问题）

3_Complex_mmclab

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好的暂时我认为大家都可以正常编译mmc的可执行文件了（其实这一步已经无所谓了，因为您会看到在example目录下和mmclab/example对应，使用脚本在命令行执行的所有例程，虽然数据准备和可视化使用的是matlab，但是作为核心功能的蒙卡模拟独立了出来）

但众所周知MMCLAB是一款有房老师自主研发的一款生医工调参蒙卡模拟策略游戏，适用于MATLAB和Octave的所有单机玩家，您将在这里扮演一位调参侠，去寻找尘封在各种说明文档之中的真相…（不行我编不下去了）

那比起在官网这篇[How_to_compile_MMCLAB](https://mcx.space/wiki/index.cgi?MMC/Doc/MMCLAB class=)资源链接已经挂掉的文档，个人建议去mmc/mmclab at master · fangq/mmc (github.com)里去找

* your computer should have MATLAB C compiler (mex) and/or octave3.x-headers installed * to compile the SSE versions, your computer should support SSE4 instructions * the commands “mex” and “mkoctfile” should be in the search path ($PATH) * you should have both gcc and g++ with version 4.4 or newer * for windows, you should install Cygwin64 with mingw64-i686-gcc and make packages * for windows, you need to create a mexopts.bat file as \ C:\Users\\AppData\Roaming\MathWorks\MATLAB\RXXXX\mexopts.bat \ with content modified from mmc/src/mexopts_cygwin64_gcc.bat

如果把上面的内容翻译一遍的话

• 如果您在安装MATLAB时把乱七八糟的工具包都安了，那您大概率已经安装完了

• 能跑就行，管扩展指令集干什么？想搞的请左转英特尔®指令集扩展技术

• 如果您的环境变量里已经添加了类似下面的两个路径，就可以从命令行调用mex命令了

  • %MATLAB%\^R\d{4}[ab]$\runtime\win64

  • %MATLAB%\^R\d{4}[ab]$\bin

• 如果您没看第二段mmc编译需要的依赖包都有啥，我十分建议您回滚到上一段

• 如果您没看第二段mmc编译需要的依赖包都有啥，我十分建议您回滚到上一段

• 打开mmc/src/mexopts_cygwin64_gcc.bat，修改内部的路径，并copy到房老师所说的目录下，但我试了一下，不知道是配置的不对还是什么情况，改不改似乎都没有用

如果您执意想使用这种方法，请如下行所示，将PATH改成自己cygwin64的gcc文件安装目录再复制和改文件名，并且可能还需要更改很多地方，但是笔者作为互联网小丑，，，肯定是不会写代码的

set PATH=D:\\ProgramData\\cygwin64\\bin;%PATH%

3.1_Configure_Cygwin64-C-env_to_MATLAB

就像我之前所说，如下图所示，默认情况下MATLAB这个笨比不会自动搜索环境变量找到我们自定义安装的C编译器 # 该图也体现了我为什么反感powershell这绝世劲爆美妙功夫高还没法改opt配色的配色方案

那现在该做的就比较明晰了，现在的目标是手动配置matlab的C编译器，

参考 I already have MinGW on my computer. How do I configure it to work with MATLAB? - MATLAB Answers - MATLAB Central (mathworks.cn)

不然就是这个错误，就很有开源软件的特点

先在系统变量变量添加cygwin64安装目录，我这里是D:\ProgramData\cygwin64，如果您的安装目录不一致请自行调整

执行 mex -setup -v 命令让MATLAB查找可用的环境变量

mex -setup -v

至于为什么MATLAB这个笨比会查找这个，您可以考虑去

%MATLAB%\^R[0-9]{4}[ab]$\bin\^win[0-9]{2}$\mexopts\mingw64.xml

里寻找被上古神秘力量封存的真相，当然，

如果不出意外，mex -setup -v 命令中会显示类似下图所示的检索结果

如果您的计算机并没有安装MSVC编译器，那么matlab会默认给您配置为当前已查找到的唯一编译器；如果之前有其他的C编译器，那么就按照提示执行命令 # 每台计算机的安装目录都不尽相同，请按照您的计算机给出的提示执行

mex -setup:"C:\\Program Files\\MATLAB\\R2022a\\bin\\win64\\mexopts\\mingw64.xml" C

随后再执行make mex即可正常编译出和房老师文档中所述的mex文件 # 是不是官方推荐编译器已经无所谓了

将编译出的mmc.mexw64文件路径 %your_git_path%/mmc/mmclab/ 添加到matlab的环境变量里，执行您的脚本或者example内的脚本，正常进行模拟即表示成功

当然，您直接使用iso2mesh划分网格，使用json串给mmc传参，再调用iso2mesh的绘图函数也是可以的

enjoy.