Task 3 Neo4j图数据库导入数据
引言：
在计算机科学中，图形作为一种特定的数据结构，用于表达数据之间的复杂关系，如社交关系、组织架构、交通信息、网络拓扑等等。在图计算中，基本的数据结构表达式是：G=(V,E)，V=vertex(节点)，E=edge(边)。图形结构的数据结构一般以节点和边来表现，也可以在节点上增加键值对属性。图数据库是 NoSQL（非关系型数据库）的一种，它应用图形数据结构的特点（节点、属性和边）存储数据实体和相互之间的关系信息。
Neo4j 是当前较为主流和先进的原生图数据库之一，提供原生的图数据存储、检索和处理。它由 Neo Technology支持，从 2003 年开始开发，1.0 版本发布于 2010 年，2.0版本发布于 2013 年。经过十多年的发展，Neo4j 获得越来越高的关注度，它已经从一个 Java 领域内的图数据库逐渐发展成为适应多语言多框架的图数据库。Neo4j 支持ACID、集群、备份和故障转移，具有较高的可用性和稳定性；它具备非常好的直观性，通过图形化的界面表示节点和关系；同时它具备较高的可扩展性，能够承载上亿的节点、关系和属性，通过 REST 接口或者面向对象的 JAVA API进行访问。
Neo4j简介
Neo4j使用图相关的概念来描述数据模型，把数据保存为图中的节点以及节点之间的关系。数据主要由三部分构成：
- 节点。节点表示对象实例，每个节点有唯一的ID区别其它节点，节点带有属性；
- 关系。就是图里面的边，连接两个节点，另外这里的关系是有向的并带有属性；
- 属性。key-value对，存在于节点和关系中，如图1所示。
Neo4j的优势
- 查询的高性能
- 设计的灵活性
- 开发的敏捷性
与其他数据库的比较
在图数据库领域，除Neo4j外，还有其他如OrientDB、Giraph、AllegroGraph等各种图数据库。与所有这些图数据库相比，Neo4j的优势表现在以下两个方面。
-
Neo4j是一个原生图计算引擎，它存储和使用的数据自始至终都是使用原生的图结构数据进行处理的，不像有些图数据库，只是在计算处理时使用了图数据库，而在存储时还将数据保存在关系型数据库中。
-
Neo4j是一个开源的数据库，其开源的社区版吸引了众多第三方的使用和推如开源项目Spring Data Neo4j就是一个做得很不错的例子，同时也得到了更多开发者的拥趸和支持，聚集了丰富的可供交流和学习的资源与案例。这些支持、推广和大量的使用，反过来会很好地推动Neo4j的发展。
综合表现
Neo4j 查询的高性能表现、易于使用的特性及其设计的灵活性和开发的敏捷性，以及坚如磐石般的事务管理特性，都充分说明了使用Neo4j是一个不错的选择。有关它的所有优点，总结起来，主要表现在以下几个方面。
- 闪电般的读/写速度，无与伦比的高性能表现；
- 非结构化数据存储方式，在数据库设计上具有很大的灵活性；
- 能很好地适应需求变化，并适合使用敏捷开发方法；
- 很容易使用，可以用嵌入式、服务器模式、分布式模式等方式来使用数据库；
- 使用简单框图就可以设计数据模型，方便建模；
图数据的结构特点可以提供更多更优秀的算法设计； - 完全支持ACID完整的事务管理特性；
- 提供分布式高可用模式，可以支持大规模的数据增长；
- 数据库安全可靠，可以实时备份数据，很方便恢复数据；
- 图的数据结构直观而形象地表现了现实世界的应用场景。
本次项目数据介绍：
数据集内容：
- 数据源：39健康网。包括15项信息，其中7类实体，约3.7万实体，21万实体关系。
实体：
实体关系：
疾病属性：
用户查询意图：
数据的导入和相关类的介绍：（重要）
导入数据：
要将 数据 导入 Neo4j 图数据库，首先需要 进入 build_graph.py 类中，在 类 MedicalGraph 中 的加入 本地 Neo4j 图数据库 的 账号和密码；
class MedicalGraph:
def __init__(self):
...
self.graph = Graph("http://localhost:7474", username="neo4j", password="自己的")
...
主体类的介绍
class MedicalGraph:
def __init__(self):
pass
# 读取文件，获得实体，实体关系
def read_file(self):
psss
# 创建节点
def create_node(self, label, nodes):
pass
# 创建疾病节点的属性
def create_diseases_nodes(self, disease_info):
pass
# 创建知识图谱实体
def create_graphNodes(self):
pass
# 创建实体关系边
def create_graphRels(self):
pass
# 创建实体关系边
def create_relationship(self, start_node, end_node, edges, rel_type, rel_name):
pass
主体类 MedicalGraph 中关键代码讲解
- 获取数据路径：
cur_dir = '/'.join(os.path.abspath(__file__).split('/')[:-1])
self.data_path = os.path.join(cur_dir, 'DATA/disease.csv')
- 链接 Neo4j 图数据库
self.graph = Graph("http://localhost:7474", username="neo4j", password="自己设定的密码")
- 读取文件，获得实体，实体关系
def read_file(self):
"""
读取文件，获得实体，实体关系
:return:
"""
# cols = ["name", "alias", "part", "age", "infection", "insurance", "department", "checklist", "symptom",
# "complication", "treatment", "drug", "period", "rate", "money"]
# 实体
diseases = [] # 疾病
aliases = [] # 别名
symptoms = [] # 症状
parts = [] # 部位
departments = [] # 科室
complications = [] # 并发症
drugs = [] # 药品
# 疾病的属性：age, infection, insurance, checklist, treatment, period, rate, money
diseases_infos = []
# 关系
disease_to_symptom = [] # 疾病与症状关系
disease_to_alias = [] # 疾病与别名关系
diseases_to_part = [] # 疾病与部位关系
disease_to_department = [] # 疾病与科室关系
disease_to_complication = [] # 疾病与并发症关系
disease_to_drug = [] # 疾病与药品关系
all_data = pd.read_csv(self.data_path, encoding='gb18030').loc[:, :].values
for data in all_data:
disease_dict = {} # 疾病信息
# 疾病
disease = str(data[0]).replace("...", " ").strip()
disease_dict["name"] = disease
# 别名
line = re.sub("[，、；,.;]", " ", str(data[1])) if str(data[1]) else "未知"
for alias in line.strip().split():
aliases.append(alias)
disease_to_alias.append([disease, alias])
# 部位
part_list = str(data[2]).strip().split() if str(data[2]) else "未知"
for part in part_list:
parts.append(part)
diseases_to_part.append([disease, part])
# 年龄
age = str(data[3]).strip()
disease_dict["age"] = age
# 传染性
infect = str(data[4]).strip()
disease_dict["infection"] = infect
# 医保
insurance = str(data[5]).strip()
disease_dict["insurance"] = insurance
# 科室
department_list = str(data[6]).strip().split()
for department in department_list:
departments.append(department)
disease_to_department.append([disease, department])
# 检查项
check = str(data[7]).strip()
disease_dict["checklist"] = check
# 症状
symptom_list = str(data[8]).replace("...", " ").strip().split()[:-1]
for symptom in symptom_list:
symptoms.append(symptom)
disease_to_symptom.append([disease, symptom])
# 并发症
complication_list = str(data[9]).strip().split()[:-1] if str(data[9]) else "未知"
for complication in complication_list:
complications.append(complication)
disease_to_complication.append([disease, complication])
# 治疗方法
treat = str(data[10]).strip()[:-4]
disease_dict["treatment"] = treat
# 药品
drug_string = str(data[11]).replace("...", " ").strip()
for drug in drug_string.split()[:-1]:
drugs.append(drug)
disease_to_drug.append([disease, drug])
# 治愈周期
period = str(data[12]).strip()
disease_dict["period"] = period
# 治愈率
rate = str(data[13]).strip()
disease_dict["rate"] = rate
# 费用
money = str(data[14]).strip() if str(data[14]) else "未知"
disease_dict["money"] = money
diseases_infos.append(disease_dict)
return set(diseases), set(symptoms), set(aliases), set(parts), set(departments), set(complications), \
set(drugs), disease_to_alias, disease_to_symptom, diseases_to_part, disease_to_department, \
disease_to_complication, disease_to_drug, diseases_infos
- 创建节点：
def create_node(self, label, nodes):
"""
创建节点
:param label: 标签
:param nodes: 节点
:return:
"""
count = 0
for node_name in nodes:
node = Node(label, name=node_name)
self.graph.create(node)
count += 1
print(count, len(nodes))
return
有属性的节点：
def create_diseases_nodes(self, disease_info):
"""
创建疾病节点的属性
:param disease_info: list(Dict)
:return:
"""
count = 0
for disease_dict in disease_info:
node = Node("Disease", name=disease_dict['name'], age=disease_dict['age'],
infection=disease_dict['infection'], insurance=disease_dict['insurance'],
treatment=disease_dict['treatment'], checklist=disease_dict['checklist'],
period=disease_dict['period'], rate=disease_dict['rate'],
money=disease_dict['money'])
self.graph.create(node)
count += 1
print(count)
return
- 创建知识图谱实体：
def create_graphNodes(self):
"""
创建知识图谱实体
:return:
"""
disease, symptom, alias, part, department, complication, drug, rel_alias, rel_symptom, rel_part, \
rel_department, rel_complication, rel_drug, rel_infos = self.read_file()
self.create_diseases_nodes(rel_infos)
self.create_node("Symptom", symptom)
self.create_node("Alias", alias)
self.create_node("Part", part)
self.create_node("Department", department)
self.create_node("Complication", complication)
self.create_node("Drug", drug)
return
- 创建知识图谱关系
def create_graphRels(self):
disease, symptom, alias, part, department, complication, drug, rel_alias, rel_symptom, rel_part, \
rel_department, rel_complication, rel_drug, rel_infos = self.read_file()
self.create_relationship("Disease", "Alias", rel_alias, "ALIAS_IS", "别名")
self.create_relationship("Disease", "Symptom", rel_symptom, "HAS_SYMPTOM", "症状")
self.create_relationship("Disease", "Part", rel_part, "PART_IS", "发病部位")
self.create_relationship("Disease", "Department", rel_department, "DEPARTMENT_IS", "所属科室")
self.create_relationship("Disease", "Complication", rel_complication, "HAS_COMPLICATION", "并发症")
self.create_relationship("Disease", "Drug", rel_drug, "HAS_DRUG", "药品")
- 创建实体关系边
def create_relationship(self, start_node, end_node, edges, rel_type, rel_name):
"""
创建实体关系边
:param start_node:
:param end_node:
:param edges:
:param rel_type:
:param rel_name:
:return:
"""
count = 0
# 去重处理
set_edges = []
for edge in edges:
set_edges.append('###'.join(edge))
all = len(set(set_edges))
for edge in set(set_edges):
edge = edge.split('###')
p = edge[0]
q = edge[1]
query = "match(p:%s),(q:%s) where p.name='%s'and q.name='%s' create (p)-[rel:%s{name:'%s'}]->(q)" % (
start_node, end_node, p, q, rel_type, rel_name)
try:
self.graph.run(query)
count += 1
print(rel_type, count, all)
except Exception as e:
print(e)
return
总结
Neo4j是一个高性能的,NOSQL图形数据库，它将结构化数据存储在网络上而不是表中。Neo4j也可以被看作是一个高性能的图引擎，该引擎具有成熟数据库的所有特性。Neo4j是一个高度可扩展的本机图形数据库，旨在专门利用数据和数据关系。使用Neo4j，开发人员可以构建智能应用程序，以实时遍历当今大型的，相互关联的数据集。大家工作在一个面向对象的、灵活的网络结构下而不是严格、静态的表中，但是可以享受到具备完全的事务特性、企业级的数据库的所有好处。
Neo4j因其嵌入式、高性能、轻量级等优势，越来越受到关注。
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