癌症患者肿瘤类器官中工程化T细胞的作用模式

最新推荐文章于 2024-07-22 00:17:47 发布

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文章标签：健康医疗

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43501324/article/details/129878577

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本研究描述了一个名为BEHAV3D的系统，该系统旨在通过3D成像分析平台和转录组学，研究免疫细胞和癌症患者肿瘤类器官的动态相互作用。应用BEHAV3D实时追踪了与癌症患者衍生的实体肿瘤类器官一起培养的工程化T细胞（大于150,000个），确定了一个具有'super engager'行为的集群，其中包含具有强效连续杀伤能力的T细胞。本研究还探索了癌症代谢组感应工程T细胞（cancer metabolome-sensing engineered T cells, TEGs），并测定行为特异性基因，其中包括由super engager杀手TEG表达的一组27个基因（以前未用于描述过T细胞功能的基因）。总之，BEHAV3D是一种很有前途的工具，可用于表征细胞免疫疗法的行为表型异质性，并可能支持个性化实体瘤靶向细胞疗法的优化。

1. 3D实时跟踪TEG靶向功效

基于多光谱、3D成像的平台，设计了BEHAV3D，用于实时跟踪细胞免疫疗法对人肿瘤类器官培养物的。使用3D显微镜对类器官和TEG的共培养进行成像，然后对类器官和T细胞进行分割和跟踪，再进行行为分类（图1a-c）。将14名乳腺癌(BC)患者的PDO与TEG共培养，检测到了TEG介导的杀伤效力的变化和随着时间的推移不同的靶向动力学（图1d-f）。在六种TEG敏感性最高的BC-PDO培养物中，观察到源自不同亚型的原发性BC的培养物和转移衍生的样本。此外，在小鼠异种移植模型中，TEG控制体内PDO衍生的乳腺肿瘤的生长（图1g）。这提供了有利于TEG对抗实体瘤的临床潜力的证据，特别是BC的靶向性。此外，细胞因子信号传导和细胞外基质组织都与对TEG治疗的高敏感性相关（图1h）。尤其是在TEG敏感性最高的两种PDO培养物14T和13T中，TEG杀伤与1型干扰素（IFN-I）信号基因之间的关联性最高。因此，PDO在培养中保持肿瘤特异性炎症特征，表明它们在以患者特异性方式模拟细胞免疫治疗反应方面的效用。

图1 通过多光谱3D实时成像和体内TEG靶向检测到的多种 BC亚型类器官的TEG功效

2. TEG在行为和杀伤潜力方面表现出高度的多样性

BEHAV3D能实现单免疫细胞跟踪（图2a），应用于BC PDO时，TEG可以分为九个具有独特行为模式的亚群（图2b-d）。模式从不活跃的行为（垂死的、静态的和懒惰的）到活跃的运动和类器官参与，从而表现出高度的行为异质性。使用行为分类器预测与具有不同TEG敏感性的BC PDO（34T、100T、27T、10T或13T；图1f）共培养时TEG行为，来源于正常乳腺组织与TEG一起培养时，死亡很少（图2e）。对于每种PDO培养物，TEG显示出独特的行为特征分布（图2e），肿瘤参与增加类器官杀伤，而静态、懒惰和中等的行为减少（图 2f）。单个类器官死亡动力学与TEG参与之间的相关性表明，与其他类器官参与集群相比，超级参与者接触的类器官被杀死的可能性最高（图 2g）。

图2 暴露于PDO的TEG的行为表现出高度的多样性，具有明显的杀伤潜力

3. TEG行为的转录组分析

       对与BC PDO共培养后包含不同行为特征的TEG群体进行了单细胞转录组学分析，包括一个含有超级参与者（>90%）的TEG群体（图 3a和3b）。与类器官共培养6 h后，观察到效应CD8+ (CD8+eff)、效应CD4+ (CD4+eff)和记忆CD4+ (CD4+mem)具有显著的转录变化（图 3c-e）。本研究开发了一种从已测序的TEG群体（图 3f）的轨迹分析推断行为概率映射方法，用于检测受环境刺激、短时间PDO参与和长时间PDO参与调节的TEG中的基因编号（图3f，g）。

     在CD8+eff、CD4+eff和CD4+mem TEG之间动态转录高度保守（图 3g），包括通过环境刺激或PDO参与导致的下调（CL1）或上调（CL3）的基因，以及沿着轨迹分析瞬时表达的基因（CL2）。这种差异动态表达与已知基因功能相匹配，证实了TEG的稳定性，如与CD3信号复合物相关的基因（LCK、SOS1、CD3E、CD3G、CL1）在T细胞激活后下调（图 3h）。在CL3中发现了对肿瘤调控至关重要的NF-kB信号以及效应分子FASLG、IFNG、GZMB和TNF，环境刺激诱导的NF-kB信号在长时间PDO参与后达到最大表达水平，而效应分子在PDO一参与就表达（图 3i）。此外，CL3含有与核糖体RNA加工相关的基因，这些基因仅在与类器官长时间接触后才会增加（图 3h）。CL2包含早期激活标志物CD69和EGR1，在与类器官短暂的接触后具有峰值表达，在轨迹分析末端上调（图 3i)。因此，本研究确定了TEG在肿瘤靶向过程中的动态基因编程。

       在那些以TEG子集特异性方式调节的基因组中（CL4-8，15%的基因），CL7包含主要在类器官长时间参与后诱导的基因，包括细胞毒性基因（例如，PRF1、CRTAM、XCL1；图 3h）。这组基因在CD8+eff中被特异性诱导，在CD4+eff TEG中被较小程度的诱导，但在CD4+mem TEG中几乎不存在（图 3j）。进一步鉴定了20个与T细胞活化和细胞毒性相关的基因和14个与其他T 细胞功能相关的基因（图 3k）。然而，我们发现其中27 先前未用于描述T 细胞功能的基因（图 3k）。因此，BEHAV3D的行为转录组学模块确定了在TEG中诱导的特定基因的特征。