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kaichu2
一只不断前行的小白~
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从序列化输入到蛋白质结构预测(RoseTTAFold&AlphaFold2)
蛋白质结构预测难???确实很难。。。。。快速批量化生成RoseTTAFold和alphafold2的输入序列和输出文件!原创 2022-04-25 11:35:47 · 5768 阅读 · 2 评论 -
用质谱法定义 HLA-II 配体处理和结合规则可增强癌症表位预测
文献:Defining HLA-II Ligand Processing and Binding Rules with Mass Spectrometry Enhances Cancer Epitope Prediction文献地址:Defining HLA-II Ligand Processing and Binding Rules with Mass Spectrometry Enhances Cancer Epitope Prediction尽管它们在指导 T 细胞反应中发挥作用,但 HLA-原创 2022-04-12 18:03:26 · 4570 阅读 · 4 评论 -
RoseTTAFold如何在线使用?
如何在线使用AplhaFold2、RoseTTAFold?原创 2022-03-03 16:13:58 · 4131 阅读 · 1 评论 -
氨基酸缩写
在生物学算法中,经常要对序列化的数据集进行处理,面对的就是各种氨基酸,工作中经常遇到但是只是了解个大概,其实更应从生物学角度去考虑问题,而不是一味的考虑算法原创 2022-02-23 09:28:38 · 490 阅读 · 2 评论 -
APE-Gen:锚定肽-MHC集合生成器
论文地址:APE-Gen: A Fast Method for Generating Ensembles of Bound Peptide-MHC Conformationshttps://www.mdpi.com/1420-3049/24/5/881/pdfgithub地址:APE-Genhttps://github.com/KavrakiLab/APE-Gen1、Abstract肽和MHC复合物(pMHCs)的结构分析具有可解释和一般结合预测的前景。本文介绍了APE-Gen(锚定...原创 2022-01-21 14:08:43 · 827 阅读 · 0 评论 -
基于大尺度结构的随机森林预测与I类HLA结合的稳定肽
如何采用结构信息预测MHC-I型亲和力预测?原创 2022-01-04 17:43:21 · 1426 阅读 · 0 评论 -
RosettaFold如何媲美AlphaFold?
1、摘要该方法在AlphaFold的基础上,通过对1D sequence、2D distance map和3D coordinate进行依次转换和整合而提出了一个“three-track neural network”。该网络还能够通过序列信息快速生成准确的蛋白质-蛋白质结构,缩短了传统方法的时间。2、highlights 对于1D sequence MSAs派生的逆协方差矩阵; 用注意力机制代替2D卷积,能够更好地表示序列上距离较远的残差之间的相互作用; 使用two-tr原创 2021-11-24 18:45:19 · 6077 阅读 · 0 评论 -
RBM-MHC: A Semi-Supervised Machine-LearningMethod for Sample-Specific Prediction of AntigenPresent
介绍:本文提出了一种灵活的机器学习方法,用于预测组织相容性白细胞抗原I类蛋白呈递给T细胞的病毒和癌症抗原。该方法旨在对新获得的样本进行预测,现在数据库中关于呈递HLA蛋白的信息很少。1、Highlights:为定制和新产生的数据集可以提供灵活的HLA抗原呈递预测; 预测较差的HLA等位基因得到改善; 在只有很少HLA注释的情况下,能够准确预测HLA类型; 拥有更加低维的数据表示;2、摘要 目前最先进的方法可以准确预测HLA等位基因的表达,在比较具有代表性的等位基因中表现比较好,...原创 2021-10-10 16:54:37 · 229 阅读 · 0 评论 -
In silico design of MHC class I highbinding affinity peptides through motifsactivation map
论文地址:点击下载代码:点击下载1、背景结合基序是决定MHC与多肽结合的成分之一,通常是指某些氨基酸在某些位点上的结合,这些位点对结合亲和力有很大的贡献。(结合基序的主要特征需要一些适当的间隔的基本锚定残基)2、摘要 本文针对MHC-I和多肽结合的Motif Acitivation Mapping(MAM)网络从多肽中提取Motif。然后根据Motif随机替换氨基酸,生成高亲和力的多肽。新生成的多肽保留了Motif,但是在序列上有所不同。此外,该网...原创 2021-08-19 18:16:48 · 264 阅读 · 0 评论 -
免疫检查点抑制剂生物标志物之HLA
初次接触HLA,推荐一下下面这个!免疫检查点抑制剂生物标志物之HLA转载 2021-08-12 11:12:37 · 188 阅读 · 0 评论