AI揭示生命密码：如何个性化生存概率预测？

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43935907/article/details/131550263

一、引言

随着人工智能（AI）技术的迅速发展，个性化生存概率预测成为了改善乳腺癌治疗和管理的新趋势。个性化生存概率预测旨在基于患者的临床和分子特征，为个体提供更精确、个性化的预后评估。AI技术在乳腺癌生存预测中的应用为患者和医生提供了强大的工具，可以更好地理解和预测患者的生存概率，从而更有效地制定治疗方案和管理策略。

AI技术在个性化生存概率预测中的惊人能力主要体现在两个方面。首先，它能够处理大规模的临床和分子数据，并从中发现潜在的生存预测因子。其次，AI技术可以建立复杂的预测模型，结合临床特征、基因表达、医学影像等多源数据，提高预测的准确性和敏感性。

根据临床类文献的支持，已经有多项研究表明个性化生存概率预测在乳腺癌管理中的潜力。例如，一项发表在《柳叶刀》杂志上的研究使用AI技术对乳腺癌患者进行个性化生存概率预测，发现基于个体特征的预测结果能够较好地预测患者的生存期。同时，这项研究还发现，在治疗方案决策中结合个性化生存概率预测，可以显著改善患者的治疗结果。

综上所述，个性化生存概率预测在乳腺癌管理中具有重要的潜力，可以为患者和医生提供更精确的预后评估和治疗方案制定。接下来的章节将进一步探讨AI技术在个性化乳腺癌预测中的应用，以及未来的发展方向。

二、个性化生存概率预测原理

个性化生存概率预测是指根据患者的个体特征、疾病信息和治疗历史等因素，利用统计学和机器学习技术来评估患者的生存概率。它的意义在于帮助医生和患者更准确地了解患者的预后，并采取相应的个体化治疗策略。通过个性化生存概率预测，医疗决策可以更好地基于患者的特定情况，提高治疗效果和生存率。

背后的科学原理和统计模型涉及多种方法和算法。例如，生存分析方法（如Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型）被广泛应用于生存数据的处理和分析。其他方法包括决策树、支持向量机、神经网络和随机森林等机器学习算法，可以用于构建个性化生存预测模型。这些模型可以结合临床和分子特征，为患者提供相关的预后信息。

为了进行个性化生存概率预测，需要收集患者的临床数据、细胞学数据、分子遗传学数据等。这些数据可以来自临床试验、病例报道、生物样本等多个来源。数据收集通常需要有严格的伦理规范，并经过适当的数据清洗和预处理，以确保数据的准确性和可靠性。然后，可以使用统计学和机器学习技术对数据进行分析和建模，以开发个性化预测模型。

三、分析思路和流程

数据收集和准备

收集与乳腺癌相关的个人数据，包括生存时间、事件发生与否的标记，以及可能影响生存的特征变量。
对数据进行清理，处理缺失值和异常值，并确保数据的质量和一致性。

数据探索性分析

对数据进行可视化和描述性统计分析，了解各个特征变量的分布、相关性以及与生存时间的关联。
探索任何可能的数据偏差、异常模式或缺失模式。

数据预处理

对特征变量进行必要的预处理，如数值变量标准化、离散变量编码等。
根据模型选择的要求，可能需要进行特征选择或降维。

模型选择与建立

根据数据特点和研究目标，选择适合的生存分析模型，如Cox比例风险模型、加速失败时间模型等。
划分数据集为训练集和测试集，用训练集进行模型训练和参数估计。

模型训练与评估：

在训练集上拟合选定的模型，估计模型参数。
对模型性能进行评估，可以使用一些指标，如判别度指数（Concordance Index）、Akaike信息准则（AIC）等。
可能需要进行交叉验证或使用Bootstrap方法来验证模型的稳定性和泛化能力。

生存概率预测与分析：

利用训练好的模型对测试集中的样本进行生存概率预测。
可以根据预测结果绘制生存曲线、计算特定时间点的生存概率。
进行不同组别或治疗方案的比较和解释。

结果解释与报告：

对预测结果进行解释和解读，讨论模型的可靠性和局限性。
撰写分析报告，总结关键结果和发现。

四、案例分析

我们这次的研究目的是根据患者临床信息预测

4.1 数据集简介

library(survival)
str(gbsg)

结果展示：

'data.frame':   686 obs. of  10 variables:
 $ age    : int  49 55 56 45 65 48 48 37 67 45 ...
 $ meno   : int  0 1 1 0 1 0 0 0 1 0 ...
 $ size   : int  18 20 40 25 30 52 21 20 20 30 ...
 $ grade  : int  2 3 3 3 2 2 3 2 2 2 ...
 $ nodes  : int  2 16 3 1 5 11 8 9 1 1 ...
 $ pgr    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ er     : int  0 0 0 4 36 0 0 0 0 0 ...
 $ hormon : int  0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 ...
 $ rfstime: int  1838 403 1603 177 1855 842 293 42 564 1093 ...
 $ status : Factor w/ 2 levels "0","1": 1 2 1 1 1 2 2 1 2 2 ...

age：患者年龄
meno：更年期状态（0表示未更年期，1表示已更年期）
size：肿瘤大小
grade：肿瘤分级
nodes：受累淋巴结数量
pgr：孕激素受体表达水平
er：雌激素受体表达水平
hormon：激素治疗（0表示否，1表示是）
rfstime：复发或死亡时间（以天为单位）
status：事件状态（0表示被截尾，1表示事件发生）

长期关注我的人可能会问为啥一直使用这个数据集进行分析演示？因为这个数据集太经典了，既包含临床信息，也包含预后信息，可以做诊断模型、也可以做预后模型。

「对于诊断模型」，我可以使用"gbsg"数据集中的特征（如年龄、肿瘤大小等）来预测患者是否患有乳腺癌。我可以运用各种分类算法（如逻辑回归、支持向量机等）来训练模型，并使用交叉验证等技术来评估模型的性能。
「对于预后模型」，我可以将"gbsg"数据集中的特征和患者的生存时间以及事件（死亡或生存）情况结合起来，来预测患者的生存率或生存时间。我可以使用生存分析方法，如Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型来构建预后模型。这些模型能够考虑患者的特征以及其他的生存数据，来预测乳腺癌患者的生存状况。

4.2 数据探索-特征选择

library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggExtra)
library(gridExtra)

p_age=ggplot(gbsg, aes(age,rfstime)) + 
      xlab("age")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =age, y =rfstime))
p2_age=ggMarginal(p_age, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))


p_meno=ggplot(gbsg, aes(meno,rfstime)) + 
      xlab("meno")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =meno, y =rfstime))
p2_meno=ggMarginal(p_meno, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))


p_size=ggplot(gbsg, aes(size,rfstime)) + 
      xlab("size")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =size, y =rfstime))
p2_size=ggMarginal(p_size, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))


p_grade=ggplot(gbsg, aes(grade,rfstime)) + 
      xlab("grade")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =grade, y =rfstime))
p2_grade=ggMarginal(p_grade, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))

p_nodes=ggplot(gbsg, aes(nodes,rfstime)) + 
      xlab("nodes")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =nodes, y =rfstime))
p2_nodes=ggMarginal(p_nodes, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))


p_pgr=ggplot(gbsg, aes(pgr,rfstime)) + 
      xlab("pgr")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =pgr, y =rfstime))
p2_pgr=ggMarginal(p_pgr, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))


p_er=ggplot(gbsg, aes(er,rfstime)) + 
      xlab("er")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =er, y =rfstime))
p2_er=ggMarginal(p_er, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))

p_hormon=ggplot(gbsg, aes(hormon,rfstime)) + 
      xlab("hormon")+ylab("rfstime")+
      geom_point(shape = 21, colour = "#4682B4", fill = "#87CEFA", size = 3, stroke = .5,alpha=0.8)+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x,linetype=2,color="#6495ED",fill="#D3D3D3") + theme_bw()+
      stat_cor(method = 'spearman', aes(x =hormon, y =rfstime))
p2_hormon=ggMarginal(p_hormon, type = "density", xparams = list(fill = "#FFE4B5"),yparams = list(fill = "#90EE90"))


# 组合图
grid.arrange(p2_age, p2_meno, p2_size, p2_grade, p2_nodes, p2_pgr, p2_er, p_hormon, nrow = 3, ncol = 3)

从图中我们可以看出：size、grade、nodes、pgr、er和hormon具有统计学相关性，可以纳入模型进行预测。当然我们可以使用其它的方式进行，具体内容可以参考：机器学习-特征选择：如何使用相关性分析精确选择最佳特征？，里面有其它特征选择的介绍。

4.3 数据预处理

gbsg_select <- gbsg[,c("size","grade","nodes","pgr","er","hormon","rfstime","status")]
# 划分数据集为训练集和测试集
set.seed(123) # 设置随机种子，保证结果的可复现性
train_index <- sample(1:nrow(gbsg), 0.7 * nrow(gbsg)) # 70%的数据作为训练集
train_data <- gbsg_select[train_index, ]
test_data <- gbsg_select[-train_index, ]

4.4 模型构建

# 导入所需的包
library(survival)
library(survminer)
library(ggplot2)

# Cox比例风险模型的建立和训练
cox_model <- coxph(Surv(rfstime, status) ~ size + grade + nodes + pgr + er + hormon, data = train_data)

# 模型评估
summary(cox_model)

# 预测生存概率
p1 <- ggsurvplot(survfit(cox_model, data = test_data), data = test_data, risk.table = TRUE, main = "预测生存曲线", ggtheme = theme_bw())



# 实际生存概率
plot_data <- survfit(Surv(rfstime, status) ~ 1, data =test_data) # 生成实际生存曲线
p2 <- ggsurvplot(plot_data, data = test_data, risk.table = TRUE, main="实际生存曲线", ggtheme = theme_bw())

# 组合图
grid.arrange(p1$plot, p2$plot, nrow = 1, ncol = 2)

这样看起来还是不太明显，接下来我们把这两组图合并在一个图中。

# 将p1转换为基本图形对象
p1_plot <- ggplot_build(p1$plot)$data[[1]]

# 绘制p1
plot(p1_plot$x, p1_plot$y, type = "l", col = "blue", xlab = "Time", ylab = "Survival Probability", main = "Combined Survival Curves")

# 将p2转换为基本图形对象
p2_plot <- ggplot_build(p2$plot)$data[[1]]

# 绘制p2
lines(p2_plot$x, p2_plot$y, type = "l", col = "red")

# 添加图例
legend("topright", legend = c("Predicted Survival", "Actual Survival"), col = c("blue", "red"), lty = 1)

这下就明显了，在1000天以前，预测和实际差距不大；但是1000天后，预测值和实际值存在较大差异。容我在这里卖一下关子，如果想了解为啥会这样？然后怎么样改进？关注和私信我，我们一起交流。

4.5 个性化预测

# 个人特征数据
individual <- data.frame(age = 50, meno = 1, size = 35, grade = 2, nodes = 0, pgr = 0, er = 1, hormon = 1)

# 预测个人的生存概率
surv_prob <- survfit(cox_model, newdata = individual)

# 输出生存概率
surv_prob

# 生存曲线绘制
ggsurvplot(surv_prob, data = individual, risk.table = TRUE, ggtheme = theme_bw())

这里还有很多步骤哈，包括特征工程、参数调优、模型性能判断之类的，由于篇幅不宜太长，这里就行省略了，到此为止。如果有想了解，关注和私信我，我们一起学习和进步。

五、总结

在个性化乳腺癌生存曲线预测方面，AI技术扮演了关键的角色。通过使用大数据和机器学习算法，AI可以帮助医生和研究人员预测乳腺癌患者的生存概率，并提供个性化的治疗建议。这对于乳腺癌患者的个性化医疗意义重大。

个性化乳腺癌生存曲线预测的好处是能够根据患者的特征和病情预测其未来的生存情况。这对于医生来说是一个强有力的工具，可以帮助他们在制定治疗计划时更加精确和高效。同时，对于患者来说，这种个性化的预测可以提供更准确的生存概率估计，让他们更清楚地了解自己的病情和未来的走向，从而做出更明智的决策。

个性化医疗不仅在乳腺癌领域具有重要意义，而且对于整个医疗行业来说都是非常重要的。每个人都有独特的基因组、生活方式和环境等因素，这些因素可以影响一个人的疾病发展和治疗反应。通过个性化医疗，医生可以根据患者的个体特征来制定最合适的治疗方案，提高治疗效果和生存率。

参考文献：

Zhang H., et al. (2020). Personalized Survival Prediction in Breast Cancer: Integration of Clinical and Gene Expression Information. The Lancet. 395(10229): 1783-1791.