VB虚拟机中ubuntu Linux系统安装使用MCNP5

简述（废话）

对linux基本上一无所知，近期任务需要在linux中运行MCNP5，老师给了个tar.gz包，linux解压之后发现没有configure，只在source里面有一个install和makefile，没法配置configure，也没法直接make，make的话会报错，所以逮着makefile一顿查改。但其实跟他没关系，所以知识学了不少（十几个小时的闷头直撞呢，毕竟我对linux也是一无所知），但问题一点没解决。

没有configure的tar.gz安装包一般都是可以直接用的，也就是常说的绿色包。一开始我也有怀疑过是绿色包，所以尝试着直接找到运行文件，但是当我找到bin/linux/mcnp5的时候，运行还是会报错，我还专门复制了一个原先在win运行过的inp，提示没有xsdir，那既然找不到xsdir，而我又恰巧见过他， 于是找到了xsdir复制到此处，但还是报错：提示datapath问题。
于是我在整个包里面grep -rn "DATAPATH“，改了所有的地方（但其实与这个无关哈），最后发现mcnp是二进制文件，里面的DAPAPATH没法改，就重新认为是安装的问题了。因为在此之前，我也试着把win的MCNPdata也给转移到linux了，只是苦于找不到地方修改datapath。而且我也把xsdir复制到了那个地方，所以是真的没有办法，最终在source里冲撞了十几个小时也是一无所获。

最后实在是没有办法，过了一夜之后，忽然就想起先前在SuperMC里看到的那个设置路径，于是在xsdir的第一行里面加了一个

DATAPATH="这是放DATAPATH在linux里的路径"

再一运行，反倒成了！！！真的是，无语至极。当场气哭，半天说不出话。
这要不是先前摸索的时候看到过这个，真的就是搞不清楚还有理说不清了。

续更-----------------------------------------2021·10·12----------------------------------------------
由于接下来还会安装一个新系统直接运行在本机上，所以接下来的详情会很负责。

详情（自己在虚拟机上摸索的曲线救国，不官方，请跳过）

首先要拿到带有linux运行环境的mcnp的tar.gz包，直接想办法弄到linux里面去。注意这种不带界面的tar包一般都是绿色的，基本上也没有configure，也就是说其实也不属于源码安装。linux安装一般就三种方式，一种是源码安装（tar包），第二种是rpm安装（rpm包）【redhat Linux系统提供的一种包封装方式，centos主要就是用这个和yum】，第三种是dpkg包，【Debain Linux系统提供】。当然ubuntu里面也有类似的apt安装，而且其实也可以用dpkg，说到底就是安装包的前端管理器，看个人爱好吧。不过多解释，具体可参照下面这篇文章：
linux安装三种方式-博客园
回归正题：
这里MCNP只是简简单单一个tar包，解压

tar zxvf mcnp5_dist-H.tgz -C 目标路径

之后不需要像其他源码那样configure，make&make install。因为他本身就是集成好的，也可能我不知道怎么弄。反正我是直接到bin里面再进入linux，看到mcnp5这些可执行文件就是直接可以用的，自己根据自己的系统选择，64位linux就是mcnp5_x86_64，后面加omp的就是多线程模式，自己选择，也可以给他们改名字。

这里如果直接用的话还是会报错的，说datapath找不到。

所以我把xsdir复制进来了。并且在第一行加入了我的MCNPDATA的路径，如下图，灵感来源于SuperMC，这是我的windows里面安装的MCNPDATA我直接给挪进来了。

毕竟我不知道怎么修改那个 searched directories，这个应该是安装的问题，我没法安装，所以我只能按照人家的来，我尝试过在整个mcnp包里面去搜索：grep -rn "DATAPATH" *，但其实，改了所有的都没用，因为mcnp5那个运行文件里面是有一个的，但是它是二进制文件，所以改不了，我猜想是make的时候编译的问题，但是我又没自己make和install，所以没法了。我用两种方法解决这个问题：
① 要么就如上述那样，随时随地带着xsdir走（在每个运行mcnp的地方都要有开头是DATAPATH=‘’的xsdir）。
② 要么就把MCNPDATA复制到人家说的那个文件夹下面去。比如我这里就把MCNPDATA复制到了他说的那个/usr/projects/data/nuclear/mc/type1地方。
还是推荐第二种方法的， 毕竟谁特么天天带着xsdir走啊，太愚笨了。
就好像我不能每次运行mcnp都把mcnp5的执行文件的路径都带上吧，所以我设置了一个环境变量hhh，环境变量的设置参照：linux环境变量设置的四种
这样就可以很简洁地每次在任何地方都可以直接mcnp5 i=0.i
到此就告一段落了，牛批！
不过我想我在windows里的代码到了linux应该还是要改一部分的，但好在万变不离其宗！

每日一加油，只要我不放弃，困难就干不掉我，如果我放弃了，那就睡一觉再战hhh。毕竟有时候困难太过分对不，是可忍孰不可忍，忍无可忍，从头再忍。

=2021·10·21续更=
转到超算的云服务器的时候就没法手动设置环境变量，找老师寻求帮助，但老师当时也没有解决问题，说让我别管了，他帮我给云算装上，好家伙，我愣是没有偷学到，后来也不好意思问老师要，根据记忆自己摸索一手。

官方详情（问老师要的教程，用在云算上了）

=2021·11·17续更=
事实证明：不要自己摸索，有些东西不是自己能想到的。
经某同学询问，遂鼓起勇气找老师要教程，结果发现还挺简单hh

1 事前准备：

1、创建mcnp和mcnpdata文件夹并放入

首先找个地方（自己创建文件夹）放你的mcnp和mcnpdata，这里老师放置的位置如图：

后面需要这些路径。
你需要一些准备：首先你要有linux版本的mcnp安装包对不对（没有问我要），还要有mcnpdata的数据库对不对（没有问我要）。
分别解压到mcnp和mcnpdata。

2、执行./install安装

解压了mcnp就到Source里面去找install，部分文件不一样不要担心，因为我这个是安装过的，所以多了answer等，在此路径下./install如上图。
（install进去之后就会产生一个answer.linux，有了这个文件之后你就没法再./install了，如果你install但是没配置完，想第二次进去，就把answer.linux删了就行）。
删除之后进入是这样的：

2 配置安装文件，生成makefile

然后根据教程分别修改几项。（每个命令后面enter，这个总知道吧）

1、关闭绘图

如果你用不到绘图，就把第一项给关了。步骤是：
命令1进入之后再来个1就给绘图关掉了，on会变成off。然后x退出。

2、修改截面库路径

要修改你的数据库（截面库）路径，你刚才给mcnpdata放哪里了，现在就给修改成啥样，步骤：
命令2进入之后再来个1就可以修改路径，输入你mcnpdata的绝对路径。
不知道的话就再开一个终端到mcnpdata目录下，pwd得到绝对路径：

复制之后粘贴到刚才的那个终端，粘贴你刚才复制的路径回车即可修改：

然后x退出去。

3、修改多线程选项为mpi

步骤：
命令3进入，命令1修改。最终是这样的：
路径是你自己的路径。
命令x退出

4、修改编译器选项

步骤：
命令4进入，命令1修改，输入4次就改成gfortran了，输入的时候就能看到了，最终是这样的：

路径是你自己系统的路径。
然后x退出。

5、生成makefile文件

输入M生成makefile

3 编译、添加环境变量、测试

1.编译

answer.linux文件备份与否应该无所谓，可以按照教程备份一下。
编译：make build config='mpi编译
我的已经好了，避免搞的不能用，我就不试了，反正到最后会产生一个mcnp5.mpi执行文件，届时，mcnp5.mpi就可以直接使用了，但是还必须在刚才产生mpi的src目录下才能使用，为了方便，要添加环境变量。

2.添加环境变量

cd ~
vi .bashrc

不会用vim的自己百度用法（i插入，修改完之后esc，:wq保存退出）

source .bashrc

路径都要换成你自己刚才放置mcnp和mcnpdata的路径。

3.测试

which mcnp5.mpi

OK了，自己找个顺眼的地方创建自己的工作区，在里面放上你的inp卡（假如是0.i），然后

mcnp5.mpi i=0.i

可以看到mcnp已经在执行了。