anaconda并通过anaconda安装离线包的方法

最新推荐文章于 2024-07-26 14:32:27 发布

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文章标签： python

原文链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/28979759

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利用Conda安装Phonopy声子谱的方法（操作简易，15分钟从0到1）

古威力

做真实的自己

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一、前言

Phonopy是一款由Python编译，基于第一性原理进行声子计算的开源软件。要安装phonopy，并不是直接安装这一个软件即可，而是需要做以下准备（如官网所示）：

1个集成开发环境：Python；
4个Python第三方开源扩展（库）：

numpy，一个开源的数值计算扩展；
Matplotlib，Matplotlib 是一个 Python 的 2D绘图扩展；
PyYAML，解析yaml文本的扩展。
h5py，一个存放数据的扩展。

常规的安装方法，需要手动依照一定顺序安装，如这篇文章所示。手动的常规安装门槛相对较高，加上集成intel性能加成“黑科技”Math Kernel Library (Intel® MKL) 也需要手动配置，每个系统环境又有差异，造成遵循以往教程不一定能成功，并且浪费较多时间。

这里介绍一种新方法，利用免费发布的分发版Python进行安装。推荐Anaconda和Intel® Distribution for Python。

Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版，支持 Linux、Mac、Windows系统，提供了包管理与环境管理的功能，可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理，并且已经包含了Python和相关的配套工具。
Intel® Distribution for Python是一个由Intel®发布，用于科学计算的Python发行版，其大致与Anaconda相同（预集成第三方扩展相对少一些），并且已经集成设置好了Intel® Performance Libraries加速，包括Intel® Math Kernel Library (Intel® MKL)、Intel® Threading Building Blocks (Intel®TBB)和Intel® Data Analytics Acceleration Library (Intel® DAAL)。

两者的安装都十分友好，并且已经集成绝大多数常用第三方扩展，即便目前没有的，也能通过包管理功能下载（更新）。

二、分发版 Python的安装

分发版Python的下载（Anaconda、Intel® Distribution for Python）和安装都很简易，每一步都有提示，也有官方说明（Anaconda、Intel® Distribution for Python）和很多第三方说明，在此不再赘述。

tips：在某些情况下，当tar包中包含了bin文件时，使用tftp上传后解压会出现“tar: Skipping to next header”的提示，解决方法有2种，解压后上传或者使用Bin命令传输。

需要注意的是，对于Linux系统，安装好后，实际上就是在主目录下多了个文件夹，需要设置PATH：

对于Anaconda，输入：

[yourname@localhost ~]$ echo 'export PATH="~/anaconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
[yourname@localhost ~]$ source ~/.bashrc

以上“~/anaconda3/bin:$PATH”根据用户具体目录路径设置。

对于Intel® Distribution for Python，输入：

[yourname@localhost ~]$ echo 'export PATH="~/intel/intelpython3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
[yourname@localhost ~]$ source ~/.bashrc

以上“~/intel/intelpython3/bin:$PATH”根据用户具体目录路径设置。

完成配置后，可以通过“which conda”和“conda –version”检查是否配置好，也可以输入python检验是否正确：

[yourname@localhost ~]$ which conda
~/anaconda3/bin/conda

[yourname@localhost ~]$ conda --version
conda 4.3.21

[yourname@localhost ~]$ python
Python 3.6.1 |Anaconda 4.4.0 (64-bit)| (default, May 11 2017, 13:09:58) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

按“Ctrl+D”退出。

三、扩展的更新和phonopy的安装

为了让插件都安装好以及保持为最新版本，输入以下代码进行扩展更新和下载：

[yourname@localhost ~]$ conda install numpy scipy h5py pyyaml matplotlib

注：如果服务器与外网未接通，此更新不可用，不过通常来说最新版本的conda附带扩展都适用于phonopy。

对于phonopy，首先我们需要在官网下载，本文所用版本是phonopy-1.11.12.92。

解压

[yourname@localhost ~]$ tar -xzvf phonopy-1.11.12.92.tar.gz

进入解压文件夹并安装phonopy

[yourname@localhost ~]$ cd phonopy-1.11.12.92
[yourname@localhost ~]$ python setup.py install

验证是否安装成功，成功时为如下所示：

[yourname@localhost ~]$ phonopy
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                                 1.11.12-r92

Crystal structure file of POSCAR (default file name) could not be found.
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