医学分析课题
文章平均质量分 83
LazyHaokj
这个作者很懒,什么都没留下…
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医学分析专业名词解释
医学分析专业名词解释原创 2022-06-22 10:03:58 · 1408 阅读 · 0 评论 -
TCGA数据集介绍及数据下载
TCGA(The cancer genome atlas,癌症基因组图谱)由 National Cancer Institute(NCI,美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute(NHGRI,美国国家人类基因组研究所)于 2006 年联合启动的项目, 收录了各种人类癌症(包括亚型在内的肿瘤)的临床数据,基因组变异,mRNA表达,miRNA表达,甲基化等数据,是癌症研究者很重要的数据来源。File目录下包含七类,分别是:略Cases目录下包含1转载 2022-06-07 17:01:19 · 7247 阅读 · 1 评论 -
DCA算法原理
DCA算法原理我们先来理解简单的几个概念,只有理解了这些专有词汇,才能够把大数据分析与临床的实际应用结合起来,毕竟发文章只是一种展示科学的一种方式,更高的目标是实施到临床中,挽救更多人的性命,这是一种使命,也是一种责任吧。看定义,如下:P:给真阳性患者施加干预的受益值(比如用某生化指标预测某患者有癌症,实际也有,予活检,达到了确诊的目的);L:给假阳性患者施加干预的损失值(比如预测有癌症,给做了活检,原来只是个增生,白白受了一刀);Pi:患者i有癌症的概率,当Pi > Pt时为阳性,给予干预。所以较为原创 2022-05-30 17:48:08 · 874 阅读 · 0 评论 -
OS/PFS/DFS/DSS生存指标
各种生存分析-傻傻分不清OS 总体生存期: Overall Survival定义: 结局指标是死亡时间,这个死亡是任何原因导致的死亡都算进去,只关心是否死亡,不关心因为何种原因死亡。优点 : 能比较方便的记录,因为患者死亡的日期确认没有困难。只要研究结果显示生存有提高,就可认为是是临床又获益。缺点: 随访的时间较长PFS 无进展生存期: Progression Free Survival定义:"the length of time during and after the treatme原创 2022-05-30 17:02:33 · 1285 阅读 · 0 评论 -
Kaplan-Meier生存曲线估计
0. 简介生存分析(survival analysis)是生物医学研究中常用的分析方法。在队列随访研究中,我们会事先定义一些观察终点,比如肿瘤复发、患者死亡、血压达标等,这些终点称为事件(event)。从研究开始到发生事件的时间间隔称为生存时间(survival time),某些场景下也称为失效时间(failure time)。由于生存时间数据具有以下两个特点,所以提出生存分析这一特殊的分析方法:(1)偏态分布:生存时间通常具有明显的偏态分布,有正态分布假设的统计方法不能适用。(2)删失(censoring转载 2022-05-29 22:18:58 · 2982 阅读 · 0 评论 -
列线图实现预测模型可视化
在既往的内容中,我们介绍了多因素回归分析时,为探讨影响因素对结局事件的影响大小,可以利用森林图更直观的将回归结果可视化。还没来得及阅读的小伙伴请点击查看:一文带你玩转森林图!;手把手教绘制回归分析结果的森林图『GraphPad Prism和Excel』;绘制回归分析结果的森林图,R和Stata软件学起来!同样是构建多因素回归模型,往往我们另一个主要目的是为了对结局事件的发生风险进行预测,那么是否也可以将预测模型的结果,像森林图那样可视化地展示出来呢?今天小咖就来带大家认识一下神奇的列线图。认识列线图列线图(转载 2022-05-29 10:34:47 · 3500 阅读 · 2 评论 -
ROC曲线理解
https://www.jianshu.com/p/2ca96fce7e81本文用于理解ROC曲线的定义,绘制过程及其应用实现,主要用于自我温习回顾基础基本目录如下:什么是ROC曲线?1.1 ROC曲线的历史1.2 ROC曲线的定义1.3 ROC曲线的应用场景如何绘制ROC曲线?2.1 ROC曲线的绘制原理2.2 ROC曲线绘制的Python实现------------------第一菇 - 什么是ROC曲线------------------1.1 ROC曲线的历史自从读了吴军转载 2022-05-29 10:12:12 · 5342 阅读 · 1 评论 -
基因本体论GO(Gene Ontology)
cr.gene Ontology (基因本体论) cr.Gene Ontology-基因产物功能数据库 cr.ontology-documentation cr.基于多层网络模块性的复杂疾病相关模式研究_姚顺宇 本体论:最原始的本体论概念是从哲学领域引申而来的,哲学理论中,本体是研究关于“什么是”“为什么”以及“是什么”的理论。将本体的概念应用到各个不同的领域,则引申为定义该领域内的所有专业词汇及词汇之...转载 2022-05-28 23:26:56 · 2154 阅读 · 0 评论 -
利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程
利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程现在最火的组学技术是什么,无疑便是单细胞测序了。通过单细胞测序,科研人员可以获得比原来更为精细的细胞图谱。但是单细胞测序诸多限制条件,也是不能让大家很好地利用这项技术解决自己的科学问题。除了较高的费用外,极其严格的前期样本制备也使得许多研究人员望而却步。那么有没有更好的办法来解决这一问题呢?答案是肯定的!从事免疫相关工作的研究人员,目前只需常规普通的转录组测序数据,就能拿到该样本中各类免疫细胞如DC细胞、NK细胞、CD4+ T细胞等所占比例..转载 2022-05-28 20:14:43 · 12716 阅读 · 1 评论 -
COX回归分析
生存分析: cox回归分析原创 2022-05-28 17:29:03 · 15733 阅读 · 0 评论 -
浅谈生存分析
为什么要用生存分析?相信大家对于生存分析这一概念已有相当多的了解,但在进行相关操作前,是否思考过为何要使用生存分析?小编将通过一个事例进行说明:考虑研究对象为某一患病群体,将该群体分为两组,在初始时间分别施加药物A和药物B治疗,在未来三年对每一位患者进行随访以观察其病发情况。情形1:只记录三年后两组患者的病发情况,检验不同药物对于病发情况是否存在显著差异。显然,卡方检验即可实现这一研究目标。但该实验本身存在一个巨大缺陷——没有考虑患者的病发时间这一变量。情形2:只记录两组患者在三年内的病发时间(此原创 2022-05-28 17:33:43 · 1110 阅读 · 0 评论