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原创 GWAS数据分析流程—SNP、Indel注释

SNP和Indel注释的两种方法:annovar、snpeff推荐使用annovar

2021-09-28 16:42:01 5285

原创 GWAS数据分析流程—SNP、Indel提取

1、测序质量评估## conda安装fastqcfastqc *.fq.gz2、合并评估报告## conda安装multiqc (可能会要求安装latex,为生成PDF文件所需)multiqc .3、数据过滤(重复、接头等)## conda安装fastp(fastp也会生成过滤前后的质量报告,如果需要的话,需要对报告文件重命名)fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz4、下载参.

2021-09-28 15:34:44 10707 1

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