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原创 全基因组水平分泌蛋白鉴定

下载signalp和TMHMM软件地址:SignalP - 5.0 - Services - DTU Health Techhttps://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0输入邮箱等注册信息(高校或科研机构邮箱),在邮箱里获取下载链接。#下载软件wget https://services.healthtech.dtu.dk/download/1d1d8c14-5304-4800-aafe-8e637b01a7c3/signalp

2021-10-27 15:21:17 3044 2

原创 批量提取子文件夹下的特定文件

#找到文件夹下子文件夹内的特定文件find . -name '*.faa' > tiqu.txt#新建要放置的文件夹mkdir allfaa#生成批量提取sh脚本awk '{print "cp "$1" allfaa"}' tiqu.txt > tiqu.sh#设置sh脚本权限chmod 755 tiqu.sh#运行sh tiqu.sh...

2021-10-23 11:04:02 620

原创 Chip-seq数据分析流程

转录因子的ChIP-seq是研究转录因子的结合位置,使用二代测序技术对转录因子结合的DNA片段进行测序,将DNA片段比对到物种基因组上从而找出转录因子影响的基因,下面分享一下一般流程。

2021-10-04 19:22:23 3363

原创 GWAS数据分析流程—SNP、Indel注释

SNP和Indel注释的两种方法:annovar、snpeff推荐使用annovar

2021-09-28 16:42:01 5060

原创 GWAS数据分析流程—SNP、Indel提取

1、测序质量评估## conda安装fastqcfastqc *.fq.gz2、合并评估报告## conda安装multiqc (可能会要求安装latex,为生成PDF文件所需)multiqc .3、数据过滤(重复、接头等)## conda安装fastp(fastp也会生成过滤前后的质量报告,如果需要的话,需要对报告文件重命名)fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz4、下载参.

2021-09-28 15:34:44 10117 1

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