SCSA流程

# 导入必要的包
library(Seurat)

读取文件
loaded_seurat_obj <- readRDS(file = "/home/wy/xiangmu/mymodel_data/final_data/pancreas/Baron(GSE84133)/Baron_R.rds")

# 获取`FindAllMarkers`函数的结果
markers <- FindAllMarkers(seuratObj)

# 将结果保存为CSV文件
write.csv(markers, file = "annotated_markers.csv", row.names = FALSE)

python3 SCSA.py -d whole_v2.db -s seurat -i /media/public1/wy/SCSA/mouse_kidney/kidney_scsa2.csv -k All -E -g Human -p 0.01 -f 1.5

python环境

(SCSA) wy@devil4a4000:~$ conda list
# packages in environment at /home/wy/anaconda3/envs/SCSA:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
bzip2                     1.0.8                hd590300_5    conda-forge
ca-certificates           2023.11.17           hbcca054_0    conda-forge
ld_impl_linux-64          2.40                 h41732ed_0    conda-forge
libffi                    3.4.2                h7f98852_5    conda-forge
libgcc-ng                 13.2.0               h807b86a_3    conda-forge
libgomp                   13.2.0               h807b86a_3    conda-forge
libnsl                    2.0.1                hd590300_0    conda-forge
libsqlite                 3.44.2               h2797004_0    conda-forge
libuuid                   2.38.1               h0b41bf4_0    conda-forge
libzlib                   1.2.13               hd590300_5    conda-forge
ncurses                   6.4                  h59595ed_2    conda-forge
numpy                     1.24.4                   pypi_0    pypi
openssl                   3.2.0                hd590300_1    conda-forge
pandas                    1.5.3                    pypi_0    pypi
pip                       23.3.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python                    3.8.18          hd12c33a_0_cpython    conda-forge
python-dateutil           2.8.2                    pypi_0    pypi
pytz                      2023.3.post1             pypi_0    pypi
readline                  8.2                  h8228510_1    conda-forge
scipy                     1.10.1                   pypi_0    pypi
setuptools                68.2.2             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
six                       1.16.0                   pypi_0    pypi
tk                        8.6.13          noxft_h4845f30_101    conda-forge
wheel                     0.42.0             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xz                        5.2.6                h166bdaf_0    conda-forge