shovill --R1 1_pair.fq.gz --R2 2_pair.fq.gz --outdir mydir --minlen 200
shovill:这是你要运行的软件。
–R1 1_pair.fq.gz:指定包含第一对端读取的输入文件,格式为压缩的FASTQ文件(1_pair.fq.gz)。
–R2 2_pair.fq.gz:指定包含第二对端读取的输入文件,格式为压缩的FASTQ文件(2_pair.fq.gz)。
–outdir mydir:指定结果存储的输出目录(mydir)。
–minlen 200:指定用于组装的最小长度阈值。在这种情况下,长度小于200个碱基的读取将被排除在组装之外。
总体而言,这个命令指示Shovill工具使用两个输入文件(1_pair.fq.gz和2_pair.fq.gz)执行基因组组装,设置读取的最小长度阈值为200个碱基,并将结果存储在"mydir"目录