DeepProfiler安装踩坑

一、下载github上的源码

 

git clone https://github.com/broadinstitute/DeepProfiler.git

二、安装DeepProfiler虚拟环境

conda create -n DeppProfiler python=3.9.12

注：官网上说python3.6及以上版本都可以，但是我首次配置过程中使用的3.6会报错，推荐使用更高版本

 三、提取其他依赖项

# 先激活建立好的虚拟环境
conda activate DeepProfiler
# (DeepProfiler)

# 找到clone到的目录位置
cd DeepProfiler/

#　pip 安装 (这里可以直接 -i 添加清华源，不然下载速度会很慢，国外服务器可以忽略)
pip install -e . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
# 官网为：pip install -e .

四、出现问题

（看起来是依赖包的问题，但是经过换了好几个版本的python，均出现下面问题，开始考虑本地文件在调用时的问题）

 解决方法：./software/DeepProfiler/DeepProfiler 这是我一开始clone的地址，上下级文件名都为DeepProfiler，不能重名，改为./software/1.DeepProfiler/DeepProfiler后解决

=============================== 快成功了 ===============================

最后！顺利完成！验证一下吧！

输入下面的命令：

python deepprofiler

输出：

 可以开始使用了！