医学图像分析工具09：Brainstorm || 脑电与脑磁分析必备：Brainstorm 的功能解析

Brainstorm 是一款开源、跨平台的神经影像学分析工具，专为脑电图（EEG）、磁脑图（MEG）及功能性磁共振成像（fMRI）数据的分析和可视化设计。作为功能强大且用户友好的软件，Brainstorm 为神经科学家和脑科学研究人员提供了一整套数据分析工具，支持从数据预处理、时频分析到脑源定位与功能连接的深入研究。

无论是分析脑电信号的时间-频率特征，还是研究大脑的空间功能网络，Brainstorm 都能高效地完成各类任务。接下来，我们将介绍 Brainstorm 的功能亮点、应用场景、安装步骤，并分享如何快速上手进行数据分析。

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Brainstorm是什么？为什么你需要它？

Brainstorm 是由 南加州大学神经影像学组开发的一款开源工具，旨在通过简洁的图形用户界面（GUI）帮助研究人员高效处理和分析脑电（EEG）和脑磁（MEG）数据。该工具不仅支持传统的时间域和频域分析，还能够结合解剖学数据生成脑源定位和功能连接分析结果，极大地提升了分析的精度和效率。

Brainstorm 的核心优势在于其全面性和灵活性。它支持多种设备和数据格式的导入，包括多个EEG和MEG设备的原始数据格式，可以适应各种实验室环境的需求。此外，Brainstorm 的开发团队不断更新与优化软件功能，保证了其在神经科学领域的先进性。

Brainstorm 的官网：访问 Brainstorm 官方网站，用户可以在官网免费下载软件及相关教程。

论坛：Brainstorm 论坛，用于交流技术问题和分享研究经验。

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如何安装Brainstorm？

有关 Brainstorm 的详细安装教程，请参阅以下链接：医学图像分析工具09.1：Brainstorm安装教程-CSDN博客。

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Brainstorm的功能和应用

Brainstorm功能概览

Brainstorm 提供了全面的 MEG/EEG 数据分析工具，适用于多种神经科学应用。以下是 Brainstorm 的主要功能及其优势：

1.MEG/EEG 数据录制

• 数字化EEG电极位置与被试头部形状
  轻松链接和处理头部形状及电极位置数据。

• 多模态支持
  支持 MEG、EEG、sEEG、ECoG、NIRS 等多种电生理学数据格式。

• 支持读取常见的数据格式
  支持多种流行数据格式的读取，方便跨设备的数据兼容性。

• 原始数据的交互式访问
  可直接访问和编辑原始数据文件。

• Matlab导入支持
  支持将数据导入Matlab进行进一步分析。

• 数据导入与组织
  支持将数据导入并在结构化数据库中有序排列，方便管理。

• 事件标记导入与编辑
  轻松在连续记录中审查、编辑和导入事件标记。

• 自动检测伪迹
  自动识别并去除眨眼、心跳等伪迹。

• 伪迹修正方法

  • 信号空间投影（SSP）
  • 独立成分分析（ICA）
  • 坏试次/坏通道检测
  • 基线修正

• 功率谱密度分析
  支持功率谱密度分析，探究信号的频率特性。

• 频率滤波与重采样
  提供频率滤波和重采样功能，满足实验需求。

• 数据分段与平均
  数据分段（Epoching）与平均（Averaging），简化分析流程。

2.强大的可视化功能

• 多种时间序列展示方式
  提供多种时序图形式，清晰展示数据变化。

• 2D和3D表面数据映射
  支持数据在2D或3D表面的映射，可视化脑区活动。

• 生成幻灯片与动画
  支持导出为接触图、快照、视频等格式。

• 灵活的电极阵列编辑器
  可以编辑和选择感兴趣的电极阵列。

• 通道选择与传感器聚类
  方便对多个通道进行选择与聚类。

3.MRI可视化与配准

• 导入MRI数据
  支持导入个体MRI体积和表面数据，包括FreeSurfer、BrainSuite、BrainVISA等工具的数据。

• 去除MRI面部图像
  支持去除MRI图像中的面部部分，避免干扰分析。

• MRI数据标准化
  支持将MRI数据标准化到MNI空间。

• 使用解剖学模板
  使用标准的解剖学模板，简化脑部分析。

• 模板与个体头部表面配准
  可以将模板配准到个体的头部表面。

• 自动或交互式配准
  与MEG/EEG坐标系统的自动或手动配准。

• 体积渲染与显示
  支持多种体积渲染模式，可对MRI数据进行深入分析。

• 解剖学图谱支持
  提供脑表面区域划分与皮层下区域的解剖学图谱。

4.数据管理与数据库

• 数据排序与组织
  根据协议、被试、实验条件/事件对数据进行排序，便于管理。

• 快速访问与批量处理
  快速访问整个研究中的所有数据，支持高效的批处理操作。

• 快速比较
  轻松进行不同被试或实验条件之间的比较。

• 图形化批处理工具
  通过图形化界面实现对多个文件的批量处理。

• 自动生成分析脚本
  自动生成完整的分析脚本，节省时间。

• 灵活的插件结构
  软件具有灵活的插件架构，支持自定义扩展功能。

5.头部建模

• MEG头部建模
  支持单球体模型与重叠球体模型。

• EEG头部建模
  支持Berg三层球体模型、边界元素模型（与OpenMEEG）以及有限元模型（与DUNEuro）。

• sEEG/ECoG建模
  支持边界元素模型与有限元模型。

• 交互式最佳拟合球定义
  通过交互界面定义最合适的拟合球模型。

6.源建模与估计

• 噪声统计估计
  提供噪声统计估计，以提高源建模精度。

• L2最小范数电流估计
  提供标准的L2最小范数估计。

• 标准化方法
  支持dSPM、sLORETA、Z-score等标准化方法。

• 皮层约束源估计
  支持有无皮层约束的源估计，可应用于皮层、MRI体积或皮层下图谱。

• 双极扫描与拟合
  支持基于FieldTrip的双极扫描与拟合。

• 模拟MEG/EEG信号
  可以模拟源活动生成MEG/EEG信号。

7.源显示与分析

• 表面与体积渲染选项
  提供多种表面和体积渲染方式，展示源图。

• 源的再投影
  将源投影到MRI体积中（从表面点到体素）。

• 定义感兴趣区域（ROI）
  可以定义并标记分析中的感兴趣区域。

• 不同分辨率的源显示
  支持高低分辨率的源显示，以提高分析精度。

• 组模板源投影
  支持将源投影到组模板上，进行群体分析。

8.时频分解与分析

• 时频分析
  支持对传感器数据和源时序进行时频分析，使用Morlet小波、快速傅里叶变换（FFT）和Hilbert变换。

• 时间与频率范围定义
  用户可自定义感兴趣的时间和频率范围。

• 多种显示模式
  提供多种时频数据展示方式。

9.功能连接分析

• 常见连接性分析方法
  支持相关性、相干性、Granger因果关系、相位锁定值（PLV）等分析。

• 相位-振幅耦合估计
  支持相位-振幅耦合分析，揭示脑区之间的复杂交互。

• 多尺度分析
  支持在传感器与源层面进行功能连接分析。

• 动态圆形图展示
  提供动态圆形图，直观展示复杂的高维连接图谱。

• 功能连接与解剖纤维展示
  可将功能连接与解剖纤维图重叠，进一步理解神经网络。

10.机器学习与多变量模式分析

• 解码与多变量模式分析
  使用SVM（支持向量机）或LDA（线性判别分析）进行解码与模式分析。

11.群体分析

• 个体大脑配准至模板
  支持将个体大脑图像配准到标准模板空间。

• 参数化与非参数化统计
  提供丰富的统计分析工具，支持群体数据分析。

• 标准群体分析流程
  提供标准的群体分析流程，包括单一被试、群体分析和路径图分析。

• 大数据集分析脚本指南
  提供脚本指南，帮助用户分析大数据集。

12.文档与支持

• 软件自动更新
  软件支持自动更新，确保用户获得最新功能与修复。

• 详细教程
  提供关于常用功能的详细逐步教程。

• 活跃的用户论坛
  社区支持的活跃用户论坛，便于交流与问题解决。

• 按需培训课程
  提供按需培训课程，帮助用户快速上手和深入掌握软件。

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Brainstorm的使用流程

使用 Brainstorm 进行 EEG/MEG 数据分析的典型流程包括以下几个步骤：

1. 数据导入

首先，通过 Brainstorm 的图形界面导入实验采集的 EEG/MEG 数据。支持直接拖拽文件，并自动识别常见设备的数据格式。

2. 数据预处理

在数据预处理模块中，用户可以执行以下操作：

• 滤波：去除低频漂移或高频伪迹。
• 伪迹检测：去除心跳、眨眼等伪迹。
• 数据分段：根据实验需求，将数据切分为特定的时间段（如刺激后0-500ms）。

3. 脑源定位

结合MRI数据进行脑源定位，得到大脑皮层的激活分布：

• 导入被试的MRI数据（或使用模板MRI）。
• 建立脑表面和头皮模型。
• 使用低分辨率脑电断层扫描（LORETA）等方法计算脑源定位。

4. 时频分析

进行特定脑区或全脑的时频分析，生成时频图，研究脑电信号在不同频段和时间窗口的变化。

5. 功能连接分析

使用功能连接分析方法（如PLV）研究不同脑区间的信息流动与相互作用。

6. 数据可视化与导出

通过三维脑图展示脑区的激活结果，并支持将分析结果导出为标准化文件格式（如NIfTI、Excel），便于进一步分析或报告。

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Brainstorm的实际应用案例

Brainstorm 的广泛功能使其在多种神经科学研究中得到应用，以下是一些典型的应用案例：

1. 癫痫发作源定位：通过脑源定位功能，准确定位癫痫发作的源头，为临床诊断提供支持。
2. 认知任务研究：利用时频分析和功能连接分析，探索认知任务中不同脑区的相互作用及其时间-频率特征。
3. 运动功能分析：研究运动皮层在运动任务中的激活模式，探索运动控制的神经机制。
4. 神经疾病研究：分析抑郁症、帕金森病等患者的脑功能网络，揭示疾病相关的脑功能变化。

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Brainstorm的支持格式

EEG / 电生理

文件格式	扩展名	中文解释
ADInstruments LabChart	.adicht	用于记录和分析生理数据，特别是在实验室环境中的生物电信号（如EEG）
ANT ASA	.msm, .msr	用于ANT EEG系统的数据文件格式
ANT EEProbe	.cnt, .avr	ANT EEProbe设备使用的EEG数据文件格式
Axion AxIS	.raw	用于Axion系统的原始EEG数据
BCI2000	.dat	用于BCI2000脑机接口系统的数据文件
BDF / BDF+	24bit二进制	Biosemi EEG设备使用的24位二进制格式
BESA exports	.avr, .mul	用于BESA脑电分析软件的导出格式
BIDS-formatted datasets	-	Brain Imaging Data Structure（BIDS）格式的数据集，常用于EEG、MEG等数据存储
BIOPAC AcqKnowledge	.acq	BIOPAC生理信号采集软件使用的文件格式
Blackrock NeuroPort	.nev, .nsX	用于Blackrock NeuroPort系统的数据格式
BrainVision BrainAmp	.eeg	BrainVision EEG设备采集的数据文件格式
BrainVision Analyzer	.txt	用于BrainVision Analyzer软件的文本格式数据
Cartool binary files	.ep, .eph	用于Cartool脑电数据分析软件的二进制格式
CED Spike2	.smr, .smrx, .son	用于CED Spike2系统的脑电数据文件格式
Compumedics ProFusion Sleep	.rda	用于Compumedics ProFusion睡眠分析系统的数据格式
Curry 6-7	.dat, .dap, .rs3	用于Curry脑电图分析软件的数据格式
Curry 8	.cdt, .dpa	Curry 8版本使用的数据文件格式
Deltamed Coherence-Neurofile export	.txt, .bin	用于Deltamed Coherence的脑电数据导出格式
EDF / EDF+	-	欧洲数据格式（EDF），用于EEG和多种生理信号的存储
EEGLab sets	.set	用于EEGLab软件的EEG数据集格式
ERPLab results	.erp	用于ERPLab实验设计和分析结果的文件格式
EGI NetStation epoch-marked file	.raw, .epoc	用于EGI NetStation系统的时段标记文件
EGI-Philips	.mff	用于EGI和Philips系统的EEG数据文件格式
EmotivPRO	.edf	EmotivPRO系统生成的EEG数据文件
FieldTrip structures	.mat	FieldTrip分析软件使用的MATLAB结构体格式
g.tec / g.Recorder	.mat, .hdf5	用于g.tec系统的MATLAB和HDF5格式数据
Intan	.rhd, .rhs	Intan公司脑电采集系统的数据文件格式
MANSCAN Microamp	.mbi, .mb2	MANSCAN系统用于生理信号采集的数据文件格式
Matlab matrix	.mat	MATLAB程序生成的矩阵格式文件
MEGA NeurOne	.bin	MEGA NeurOne设备采集的EEG数据
Micromed	.trc	Micromed设备使用的EEG数据格式
Muse	.csv	Muse脑电设备使用的CSV格式数据文件
Neuralynx	.ncs	Neuralynx设备采集的EEG数据文件
Neurodata Without Borders	.nwb	用于跨平台神经科学数据存储的标准化格式
Neuroelectrics	.easy, .nedf	Neuroelectrics脑电设备生成的数据文件格式
NeurOne	.bin	NeurOne设备生成的EEG数据
Neuroscan	.cnt, .eeg, .avg, .dat	Neuroscan系统的数据文件格式
NeuroScope	.eeg, .dat	NeuroScope系统的数据文件格式
Nicolet	.e	Nicolet系统生成的EEG数据格式
Nihon Kohden	.EEG	Nihon Kohden EEG设备的数据格式
Open Ephys flat binary	*.dat	Open Ephys系统的平面二进制数据格式
Plexon	.plx, .pl2	Plexon公司EEG采集系统的数据文件格式
Ripple Trellis	.nev, .nsX	Ripple公司Trellis系统的EEG数据格式
The Virtual Brain	.h5	用于虚拟脑模型和仿真数据存储的HDF5格式
Tucker Davis Technologies	.tdt	Tucker Davis Technologies（TDT）数据格式
Wearable Sensing	.csv	Wearable Sensing设备生成的CSV格式EEG数据
Any type of ASCII (text) files	-	支持任何类型的ASCII文本文件格式
Data structures of similar applications	-	其他类似应用程序的数据结构

表面图谱

文件格式	扩展名	中文解释
BrainSuite	.dfs	用于脑成像分析的BrainSuite软件的数据格式
FreeSurfer	.annot, .label	FreeSurfer软件使用的标注和标签格式，用于脑皮层数据分析
Gifti texture	.gii	用于存储脑表面网格数据的文件格式
SUMA atlas	.dset	用于SUMA软件分析脑数据的图谱格式

MEG

文件格式	扩展名	中文解释
CTF	.ds 文件夹	CTF MEG系统的数据文件夹格式
Elekta Neuromag FIFF	.fif	Elekta Neuromag MEG系统的数据格式
BTi / 4D Neuroimaging	-	BTi / 4D Neuroimaging MEG系统的数据格式
KRISS MEG	.kdf	KRISS MEG设备的数据格式
BabyMEG system	.fif	BabyMEG系统的MEG数据格式
Ricoh MEG	.sqd, .con, .raw, .ave	Ricoh MEG设备的数据格式
Yokogawa / KIT	.sqd, .con, .raw, .ave	Yokogawa/KIT MEG设备的数据格式
York Instruments MEGSCAN	.meghdf5	York Instruments MEGSCAN的HDF5格式数据
MEG-BIDS formatted databases	-	BIDS格式的MEG数据存储规范

fNIRS

文件格式	扩展名	中文解释
Brainsight NIRS	.nirs	Brainsight设备生成的fNIRS数据文件
SNIRF	.snirf	用于fNIRS数据的标准化格式

其他记录

文件格式	扩展名	中文解释
EyeLink eye tracker	.edf	EyeLink眼动仪生成的数据文件
Tobii Pro Glasses	.tsv	Tobii Pro眼镜生成的数据文件

传感器位置

文件格式	扩展名	中文解释
ANT Xensor	.elc	ANT Xensor系统的电极位置文件
BESA	.sfp, .elp, .eps/.ela	BESA系统的电极配置文件
BrainVision CapTrak	.bvct	BrainVision CapTrak系统的电极配置文件