Navicat执行9M以上的sql文件提示mysql server has gone away

在B库执行从A库转储出来的sql文件，一开始提示Got a packet bigger than ‘max_allowed_packet’ bytes 于是修改php.ini下的max_allowed_packet为16M，没错，在wamp5 1.7.4下，该设置项不在my.ini里，而在php.ini中。再试也只有1/5左右的数据成功了。考虑到可能还是因为.sql文件过大，后面把insert语句拆分成2个sql文件执行,还是提示：mysql server has gone away，大部分还是失败了。
今天又重新尝试了下，在Navicat里新建查询，直接执行所有insert的语句。结果500多条全数插入成功了。这是为什么呢？数量上来说查询里面贴的是所有的语句啊。为什么作为一个文件执行就只能成功部分？费解。。。