该研究聚焦于利用深度学习方法进行肿瘤进化树的拓扑结构推断。主要任务包括判断肿瘤进化的线性或分支结构、评估single-cell sequencing数据的冲突性以及学习构建完整的肿瘤进化过程。该工作为理解肿瘤演化进程提供了新的工具和方法。
文献调研-phylogeny inference based on single-cell RNA-seq
Tumor Phylogeny Topology Inference via Deep Learning
参考论文
Sadeqi Azer E, Haghir Ebrahimabadi M, Malikić S, Khardon R, Sahinalp SC. Tumor Phylogeny Topology Inference via Deep Learning. iScience. 2020;23(11):101655. Published 2020 Oct 7. doi:10.1016/j.isci.2020.101655
方法
主要解决3个问题：
- 判断肿瘤进化是线性结构或至少包含一个分支
- 判断给定single-cell sequencing是否是无冲突的，从而可以构建完美的进化树
- 学习构建完整的肿瘤进化树过程
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