weixin_46141646-CSDN博客

原创 ITK-Snap笔记1

该过程涉及将不同的空间定位的图像或标签重新采样到一个共同的空间中，以便它们可以在相同的坐标系中进行比较和分析。在SNAP ITK中，NIfTI格式的图像和标签可以被加载并同时显示，即使它们的spacing和orientation不匹配，这是因为SNAP ITK具有强大的图像配准和重采样功能。SNAP ITK可以自动检测到不匹配的spacing和orientation，并自动执行图像配准和重采样过程，以确保它们可以同时显示和比较。

2023-03-08 10:28:32 587 1

原创 nnUNet预处理

在其中，可以通过设置"mirror"和"mirror_axes"参数来指定镜像翻转的方向，而裁剪的CT值范围则可以通过设置"do_intensity_scale_shift"和"intensity_properties"参数来实现，例如。这里的"cropping_params"可以是一个包含所有CT图像的裁剪参数的字典，也可以是一个函数，根据不同的CT图像返回相应的裁剪参数。全局裁剪是指对整个数据集中的所有CT图像使用相同的CT值范围进行裁剪，这种方法适用于CT图像的CT值范围比较一致的数据集。

2023-02-21 16:07:14 1229 1

原创 os.environ[‘CUDA_VISIBLE_DEVICES‘] 和torch.cuda.set_device()

在使用 PyTorch 进行训练之前，需要确保已经正确设置了可见的 GPU 设备，并且已经初始化了 CUDA 环境。是一个环境变量，可以通过设置它来限制程序所能看到的可用 GPU 设备列表，从而确保程序只使用指定的 GPU 设备。设置该环境变量可以使用。则是一个 PyTorch 提供的函数，用于将程序的运行环境切换到指定的 GPU 设备上。当你发现你用方式一没有办法使用你指定的GPU，可以用方式二。表示程序只能看到编号为 0 和 1 的 GPU 设备。将程序的运行环境切换到编号为 0 的 GPU 设备上。

2023-02-15 22:51:50 3520

原创 WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connec

当在pycharm的Terminal 进行库安装时，出现如标题的警告，大概率是镜像源不行，可以尝试更换镜像源。pip install vtk -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com

2023-01-09 11:08:57 580

原创 Python中 No module named ‘xx‘

比如：在D:\py\cross_supervise\nnunet\run下的run_training.py里想要加载与自身同级文件或与父目录下文件的模块，加载方式如下所示，此时的项目文件夹是nnunet。而不是nnunet的上级目录cross_supervise。只要在Open File or Project按D:\py\cross_supervise\nnunet\路径打开nnunet就可以了。一个很大的可能是项目文件夹打开的不对。

2022-09-30 16:39:36 260

原创 nnUNet的标签问题

AssertionError: Labels must be in consecutive order (0, 1, 2, ...). The labels [10 2] do not satisfy this restriction.

2022-07-30 11:51:45 495

原创 IndexError: Caught IndexError in DataLoader worker process 3.

原因分析：报错的原因让人很意想不到，在定义Dataset的时候，是读取.txt文件中的文件名进行数据划分的，在.txt文件中不小心多打了两行空行，这里也会将空行读进去，变成None，导致DataLoader在取数据的时候出问题。解决方法：将空行删去即可。...

2022-07-11 16:23:26 1872

原创 InplaceABN

InplaceABN库只支持版本小于1.0.0的torch#code is from https://sourcegraph.com/github.com/HRNet/HRNet-Semantic-# Segmentation/-/blob/lib/models/bn_helper.pyif torch.__version__.startswith('0'): from .sync_bn.inplace_abn.bn import InPlaceABNSync

2022-03-26 10:23:55 2818

原创 TypeError: join() takes exactly one argument (2 given)

当你使用path作为os.path模块时，不能再使用“path“”当做变量去使用，不然它会变成一个字符串。删除：path = '.../some/path'改成：path1 = '.../some/path' #只要变量名不是path啥都可以from os import path # path是一个模块path = '.../your_test/your_path' # 如果你在代码中其他地方又定义了path，此时path不是一个module，而是一个字符串.filenam

2021-08-05 10:17:30 3582 1

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