突破数据分析瓶颈,寻因生物单细胞测序数据分析迈入云时代

本文探讨了单细胞测序数据分析面临的挑战,包括数据量大、分析时间长,以及内存和CPU资源的限制。寻因生物采用英特尔® 傲腾™ 持久内存的阿里云i4p实例和Memory Machine软件,显著提高了分析效率,减少了数据读取时间,实现了性能的飞跃,同时降低了IT成本。

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世上没有两片完全相同的树叶,人体内的每两个细胞也是截然不同的。长久以来,基因检测技术主要是在组织层面对样本进行解析,获得的是成千上万个细胞的平均值,但这会让很多信息是被隐匿,对疾病的认知和理解存在很大的障碍。

 

单细胞检测技术将基因检测的水平提升到了单细胞的精度,可以揭示每一个细胞的细微变化,对疾病的认知、诊疗方式的改变、药物研发的方式提供了更好的方法。而其中,高通量测序(NGS)技术因其高度准确性和特异性成为了单细胞测序的理想工具。

寻因生物,是一家自主研发单细胞技术的精准医疗生物医药企业,致力于通过国产高通量单细胞全链条产品及服务,将单细胞技术普适化,应用于临床及药物研发,推动相关疾病研究。

通常,单细胞测序工作流程包含单细胞样本制备、单细胞分离和文库制备、测序和初级分析、数据可视化和解读四个步骤。作为国内独家拥有微孔芯片与油包水双技术平台的寻因生物来说,单细胞样本制备、单细胞分离和文库制备是其强项。同时,寻因生物具有完备的数据分析和解读能力,底层分析计算效率的提升十分必要。

据悉,在单细胞测序数据分析环节,业界普遍存在数据量大、分析时间长的挑战。仅一个单细胞测序文件的大小可达100GB以上,而随着一个单细胞项目包含的样本量越来越多,可能产生数百GB甚至TB级的细胞数据;同时,单细胞数据的分析复杂,需要反复做数据读取和参数调整࿰

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