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原创 最新版(2023.10.10)CP2K在便携式笔记本电脑上编译安装(并解决在安装过程中出现的各种问题,例如,/usr/bin/ld: -lz 找不到文件和目录的典型问题)
官方的话来说,CP2K可以对固态、液体、分子、周期、材料、晶体和生物系统进行原子模拟。其最主要的理论框架就是(使用混合的高斯和平面波的方法,GPW,GAPW)。支持的理论水平包括(DFTB, LDA, GGA, MP2, RPA)这些差不多就是密度泛函里面的内容。最后,选择了清华大学镜像ubuntu22.04 LTS, 这个版本长期支持,比较稳定,还有一个最新的版本,用得不是很理想。2.需要安装一个数字处理库,叫做MKL,就是安装了这个之后,CP2K就比较牛逼了。然后也是在,网上搜到答案的!
2023-10-10 17:20:17 1200 1
原创 PSI4学习
我们对该过程使用an octree algorithm,该算法在每个块的空间紧凑性之间产生良好的平衡(由于基函数的指数衰减,这有助于实现线性缩放),以及在每个块中保留大量的点(这通过允许合理大量的BLAS3/BLAS2功来形成每个块中的密度和电势来帮助保持FLOP速率上升)。GKS的交换部分的最简单形式是全局混合模拟,其中将非相互作用准粒子的精确Hartree–Fock交换的一部分添加到泛函中,交换泛函的局部减少相应的量。因此,添加100%的精确交换在物理上是不合理的,并且往往会导致极其糟糕的结果。
2023-06-14 10:11:58 415
原创 CP2K学习记录-(如何选择合适的CUTOFF, REL_CUTOFF)
简单的了解一下概念就行。QUICKSTEP需要使用多网格系统将乘积高斯函数映射到real-space(RS)网格上,关键词“CUTOFF”定义平面波cutoff, 平面波cutoff值越高,对应的网格越精细。关键词“REL_CUTOFF”控制乘积高斯函数映射到不同级别的多网格。综上所述,“CUTOFF”, “REL_CUTOFF”影响积分网络和计算的准确性。如果“CUTOFF”太低,所有的多网格将会变得粗糙并且不准确。
2023-06-02 13:37:59 1216
原创 python之matplotlib库绘柱状图,加p值, 科研绘图模仿Sci绘图
总结, 不同的柱状图, p值处理这一块存在缺陷, 不能随机应变, 颜色这一块(可以引入其他API接口)六,#标注p值,plt_p函数是统计两组数据之间的p值。
2022-11-04 15:29:51 2311
原创 基于selenium控制浏览器预约实验(电镜-太多人抢了)
步骤二,登陆了账号,并成功到达电镜的页面tem_url。(分析:1,在这个页面,人工的过程是,勾选时间点。可以用selenium模拟操作, 但是页面中的元素定位不到,而且他的预约时间长短都有限制。3,执行javascript代码,模拟提交表单(预约起止时间,算是比较关键的点了)步骤一,第一次登陆网站(登陆并获得cookies,并跳转的电镜预约网页)1,用selenium登陆,并获取cookies(实现下次登陆)。步骤三,时间器,用于预约时间开放时,准时执行代码。4,时间器(用在预约开放时,马上执行代码)
2022-09-26 12:08:25 2186 5
空空如也
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