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RSS订阅原创 单细胞学习小组-D9
二次分群可以对有意义的细胞进行深入探索（也可以单独针对某种细胞做monocle等下游呐。Seurat并不是武断的定义所有周期（非黑即白）而是计算出一个连续的评分，用于计算。思路是，先读取一个受到细胞周期影响严重的官方文档。然后和原数据比较，把这个影响regress掉。用这个文档计算出来细胞周期相关的评分。细胞周期主要完成步骤为这一步。今天学习二次分群和细胞周期。倒数第二天啦辛苦花花。
2024-06-22 23:13:09
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原创 学习小组D8
如果要说有区别，可能多样本可以做基于treat/ctrl的比较（之后探索。其实并没有太多的不同，因为都是针对seurat对象的，多样本也整合过。单样本和多样本拟时序～
2024-06-21 22:50:52
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原创 学习小组-D7
"GPR183", "PPBP", "GNG11", "HBA2", "HBB", "TSPAN13", "IL3RA", "PRSS57") #一组感兴趣的基因。#比如01_data/sample5/GSM7306058_sample5_barcodes.tsv.gz可以，只写GSM7306058_sample5_barcodes.tsv.gz就不行。scelist = list() #创建空的列表，下面的for循环每执行一次，scelist里面就会多一个元素。#从右边点pd可以看到pd的内容。
2024-06-21 09:28:34
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原创 学习小组D6
writeLines(paste0(0:11,",")) #把这些结果放到anno.txt里，开始手动注释。#RidgePlot(seu.obj, features = g[1:2]) #峰峦图，用得少。#手动注释要检查是否合理，比如T细胞和NK细胞应该是在一起的，B细胞应该是单独的。gt = split(a[,2],a[,1]) #拆分为列表的格式(split)#min.pct这个参数值的意思是基因至少要在25%的细胞中表达。#n=2就是每个簇取前2，n= 6就是每个簇取前6。
2024-06-20 00:37:44
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原创 学习小组D5
library(stringr) #字符串编辑的包 nn = str_remove(dir("input/"), "GSM7306054_sample1_") file.rename(paste0("input/", dir("input/")), paste0("input/", nn))是细胞的原始分类，如果是单样本数据，在前面CreateSeuratObject时，如果指定project参数，就会显示在这一列，整列都是同一个单词，因为我们前面没指定，所以显示默认值SeuratProject。
2024-06-18 23:07:05
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原创 学习小组D1-4
注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数。summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差。write.table(a,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）x
2024-06-17 22:31:19
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