GTDB-TK 软件安装

1.linux服务器安装——选用docker镜像安装的方法

docker search gtdb-tk

在docker pub中查询发现，第一个镜像下载次数更多，先下载第一个试试

docker pull crusher083/gtdb-tk

2.数据库安装

Installing GTDB-Tk — GTDB-Tk 2.2.6 documentation 按照GTDB-TK官网上的提示

wget https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/latest/auxillary_files/gtdbtk_v2_data.tar.gz
tar xvzf gtdbtk_v2_data.tar.gz

官网上有两个下载地址，经过大致比较发现名字一样，应该之下在其中一个就可以

3.数据库解压过程中遇到问题

tar zxvf gtdbtk_v2_data.tar.gz

 加参数后解决：

tar zxvf gtdbtk_v2_data.tar.gz --no-same-owner

4.数据库路径设置

遇到的问题

1).找不到 gtdbtk.sh

于是设置环境变量

vi ~/.bashrc

export GTDBTK_DATA_PATH=/mnt/WXC02/database/GTDB-TK-database/release207_v2/:$GTDBTK_DATA_PATH

source ~/.bashrc

2).修改环境变量

export GTDBTK_DATA_PATH=/mnt/WXC02/database/GTDB-TK-database/release207_v2/

source ~/.bashrc

 5.软件测试