概述
随着高通量组学技术快速发展,伴随着大生物数据的快速增加,对多维和大数据可视化的需求正不断增加。技术高速创新科研人员开发了各种生物信息学软件、软件包等工具来绘制可视化图,但是也要求使用者掌握各种编程语言的基础。越来越多的用户需要全面、快速、简便、直观地检索大数据中包含的信息。更加便捷的大组学数据可视化来解决生物学问题极为重要。
为此,我们设计了可视化软件DataColor。该工具提供了全面的调节参数,并集成了大量通用的基础与聚类热图,以及等高图、三维图、三维聚类图、三维散点图、树形图、日历热图、气泡图、网络图、地理图、词云图、解剖图等,并可以在同一平台上比较23种绘图工具下的结果。
下载
DataColor软件制作了三大系统版本,包含Windows、Mac、Linux。
Github下载链接
https://github.com/frankgenome/DataColor/releases
使用说明书和测试数据链接
GitHub - frankgenome/DataColor
界面介绍
- 工具区域
- 显示区域
- 输入文件区域
- 参数区域
- 运行和保存区域
- 文档区域
工具使用
使用示例
在左侧工具区域选择工具,以下示例选择的是Wide format工具。
操作说明
1.首先点击右侧的file按钮,选择需要可视化的Csv格式或Excel格式文件
2.已设置默认参数,如需调节参数请看下方介绍
- 设置X轴和Y轴的开启关闭、字体、字号、颜色、旋转角度以及步长
- Scale-min和Scale-max 可以自定义Color bar的数值范围,也可以选择None,由系统自动定义。
- show data可以在热图上显示每个方格的数据值,还可调节数据值的显示字号。
- Scale lable 分为out、into、in,调节X、Y坐标轴的标签齿的朝向。
- Cell square是将热图每一个产生的小方格转为正方形。
- Color bar设置了其方向、标签字号、标签名、大小、颜色。
- color map包含166种,主要分为以下四大类:Sequential colormaps:连续化色图、Diverging colormaps:两端发散的色图、Qualitative colormaps:离散化色图、Miscellaneous colormaps:其它色图。如'Accent', 'Accent_r', 'Blues', 'Blues_r', 'BrBG', 'BrBG_r'等,每种后缀 _r 颜色图是原本的色条水平翻转。
- Line widths是热图的分割线,如果需要可以调节颜色,将宽度选择大于0的数值即可。
3.完成所有配置后,单击“Run"按钮显示或更新热图,热图会在左侧的画布中出现。
4.用户可以通过右键单击“Save”导出选项来导出热图,DataColor提供300-1000dpi 4个档位的图片供用户使用。有png、.jpg、pdf、.svg四种图片格式,以满足不同的需求。
结语
完整工具操作说明在以下链接中 https://github.com/frankgenome/DataColor
欢迎大家多多支持和使用DataColor软件!