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RSS订阅原创 生信数据分析——GO+KEGG富集分析
转录组数据分析之一，先介绍相关基础知识，其次用实际案例为基础，由浅入深介绍GO+KEGG富集分析全过程
2024-03-29 15:10:38
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原创 零基础入门转录组数据分析——DESeq2差异分析
转录组数据分析之一，先介绍相关基础知识，其次用实际案例为基础，由浅入深介绍DESeq2差异分析全过程
2024-03-28 16:22:21
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原创 零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据）
GEO数据库中高通量数据处理（结合了官方和自己理解），包括：基因symbol转化，获取count，fpkm处理，设置分组信息表。
2024-02-11 17:12:19
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原创 零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——芯片数据）
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。并且这个网站作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。
2024-01-07 12:36:32
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原创 零基础入门转录组分析——数据处理（TCGA数据库）
TCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一，但是从TCGA上下载数据集相对来说比较麻烦，因此出现了很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生网站，就是很直观强大的一个在线网站，里面收录了众多数据库的数据集，其中就包括了TCGA数据集，并且是整合好的，可以直接用于分析。并且这个网站不仅能下载数据，还能进行在线分析，例如：KM分析，表达量分析等，详细情况可以参考，但是在这篇教程中仅介绍如何从UCSC上下载所需要的TCGA数据集，并且下载后在R中对数据集进一步处理成后续分析所要的形式。
2024-01-07 12:36:04
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原创 零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）
零基础入门转录组分析第五章——表达定量，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有5个部分（1.序列比对结果查看 2. 表达定量 3. 提取有效信息 4. 合并多个样本定量结果 5.进一步修改表达矩阵）
2023-03-20 21:11:18
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原创 零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）
零基础入门转录组分析第四章——序列比对，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有5个部分（1.数据准备 2. 构建参考基因组索引 3. 序列比对 4. 压缩与排序 5. 批量运行 ）
2023-03-07 20:03:43
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原创 零基础入门转录组分析——第三章（质控及数据过滤）
零基础入门转录组分析第三章——质控及质量过滤，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有6个部分（1. 查看原始数据 2. 质控 3. 质控进阶 4. 质控结果合并 5. 合并结果解读 6. 数据过滤）
2023-02-23 09:12:03
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原创 零基础入门转录组分析——第二章（数据的准备）
零基础入门转录组分析第二章——数据准备，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有三个部分（1. 准备原始数据 2. 准备参考基因组文件 3. 准备参考基因组注释文件）
2023-02-21 09:41:26
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原创 零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）
零基础入门转录组分析，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部章节，全部内容包括：软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化
2023-02-14 17:45:54
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零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-高通量测序数据）配套资源
2024-04-24
零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-芯片数据）配套资源
2024-04-24
零基础入门转录组分析-数据处理（TCGA数据库）教程配套的代码，原始数据以及最终处理好的数据
2024-03-29
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