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原创 零基础入门生信转录组数据分析——导读
转录组数据分析(上游,下游,数据可视化)专栏的目录,可以直接通过点击各个分析点直接跳转到相关帖子,方便查找和观看
2024-10-18 15:38:25
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原创 【纯生信思路】0实验0测序,只需要一台电脑,孟德尔随机化+机器学习+单细胞,纯生信4+,超简单的思路,快来试试吧!
克隆性造血与心源性栓塞性中风的遗传关联:来自全基因组孟德尔随机化、批量RNA和单细胞RNA测序的见解4.544孟德尔随机化+功能注释+差异表达分析+加权基因共表达网络分析+机器学习+蛋白质-蛋白质相互作用网络分析+单细胞RNA测序纯生信2025年7月克隆性造血与心源性栓塞性中风(在小程序中搜索)本文旨在探究克隆性造血(CHIP)与缺血性中风(IS)之间的因果关系、关键基因及潜在治疗方法。研究采用孟德尔随机化、功能注释、转录组分析、机器学习和单细胞测序等多种方法。
2025-10-23 10:42:01
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原创 【纯生信思路】再次聚焦网毒,直冲6+,已经卷进单细胞了,再不上车就真的来不及了
聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料通过AKT1、PIK3CD和PIM1促进肺纤维化:网络毒理学和多组学分析6.0网络毒理学+孟德尔随机化+分子动力学模拟+单细胞纯生信2025年8月肺纤维化(在小程序中搜索即可)本研究通过多学科交叉方法系统揭示了PET-MPs通过调控AKT1、PIK3CD和PIM1这三个核心靶点,干扰代谢、脂质和动脉粥样硬化相关通路,从而促进IPF发展的分子机制。单细胞分析进一步指出AT2细胞和CD8⁺T细胞是PET-MPs作用的关键细胞类型。
2025-10-23 10:33:34
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原创 【纯生信思路】整合数据+机器学习,就能拿下5分左右?这个思路确实太简单了一些
通过生物信息学和机器学习方法鉴定弥漫性大b细胞淋巴瘤相关的M2巨噬细胞相关基因4.9转录组+机器学习纯生信2025年4月弥漫性大b细胞淋巴瘤(在小程序中搜索即可)本研究通过整合生物信息学和机器学习方法,成功识别出7个与M2巨噬细胞相关的DLBCL诊断标志物(SMAD3, IL7R, IL18, FAS, CD5, CCR7, CSF1R),其中5个(SMAD3, IL7R, IL18, FAS, CD5)与患者预后显著相关。
2025-10-22 10:38:45
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原创 0测序,实验只需RT-qPCR,超低成本拿下5+,“孟德尔随机化+多组学+机器学习”的思路太容易复现了
通过谷氨酰胺代谢介导的免疫调节鉴定脓毒症生物标志物:采用孟德尔随机化、多组学整合和机器学习的综合分析5.8孟德尔随机化+单细胞+机器学习+实验验证生信+简单实验2025年8月脓毒症(在小程序中搜索即可)核心发现SSC-A on HLA-DR+ NK细胞通过抑制谷氨酰胺代谢降解物水平,降低脓毒症风险;谷氨酰胺代谢重编程是脓毒症免疫调控的关键机制;是脓毒症潜在的诊断生物标志物;构建的机器学习模型(尤其是CatBoost)表现出优异的预测性能。转化意义本研究通过。
2025-10-22 09:51:23
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原创 【纯生信思路】0测序共病拿下5+,相比其他思路,这篇套路文还在沿用,现在上车或许还来得及?
系统性红斑狼疮和牙周病的新诊断指标5.8共病+转录组+机器学习+单细胞纯生信2025年7月系统性红斑狼疮和牙周病(在小程序中搜索即可)本研究通过多组学整合分析,识别出LY96和TMEM140作为SLE和PD共有的关键诊断标志物。它们在mRNA和蛋白水平均显著上调,与免疫细胞浸润和代谢通路密切相关。单细胞分析进一步验证了它们在T细胞中的高表达。环孢素被预测为潜在治疗药物。这些发现为SLE和PD的共发病机制提供了新见解,并为开发共享诊断和治疗策略奠定了基础。
2025-10-21 11:04:42
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原创 0测序,IF5.9,预后模型+单细胞+空转现在也开始内卷低端局了,果然发展越来越快了
整合的空间和单细胞转录组学阐明了肝癌中程序性细胞死亡驱动的肿瘤微环境动力学5.8预后模型+单细胞转录组+空间转录组+简单实验生信+简单实验2025年7月肝细胞癌(在小程序中搜索即可)本研究成功构建了一个基于17个PCD相关基因的预后评分模型,能有效预测HCC患者的生存风险。通过scRNA-seq和ST-seq分析,揭示了高PCD评分组具有更恶性的肿瘤表型和更免疫抑制的微环境特征,尤其是T细胞衰竭现象的显著增强。实验验证表明UBE2E1作为模型中的关键基因,具有促进HCC进展的致癌功能。
2025-10-21 10:56:17
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原创 机器学习能用在药物上了?人工智能结合药物筛选上大分,快来看看不一样的创新选题思路
机器学习和实验验证的整合揭示了新的降脂候选药物8.0机器学习+药物特征+分子动力学模拟+动物实验生信+简单实验2025年9月高脂血症(在小程序中搜索即可)核心发现本研究通过整合机器学习、临床数据回顾、动物实验和分子模拟技术,系统挖掘了已上市非降脂药物的降脂潜力。成功识别出29种候选药物,其中Argatroban、Levoxyl、Sulfaphenazole等药物在临床和动物实验中均表现出显著降脂效果。
2025-10-20 10:06:03
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原创 【纯生信思路】单细胞+MR随机化+分子对接就能发10+?不信大家不好奇?
单细胞RNA测序揭示了多发性骨髓瘤微环境中的免疫调节机制和分子治疗策略10.1单细胞+MR随机化+分子对接纯生信2025年9月多发性骨髓瘤(在小程序中搜索即可)本研究通过整合单细胞转录组学、遗传因果推断和计算生物学方法,深入揭示了多发性骨髓瘤微环境中的免疫调控机制。免疫细胞在肿瘤微环境中发生重编程,PI3K-AKT-mTOR和WNT-β-catenin通路异常激活;通过MR分析鉴定出多个与MM风险相关的因果基因;
2025-10-20 09:59:13
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原创 网络毒理学+实验,10+文章,距离网络毒理学刚出来,现在已经卷进实验了,再不来学习就晚了!!
全氟辛烷磺酸诱导炎症性肠病的机制:网络毒理学和分子对接研究9.9网络毒理学+分子对接+体外实验生信+实验2025年8月炎症性肠病(在小程序中搜索即可)本研究通过系统性的多组学整合分析与实验验证,揭示了PFOS通过直接结合ALB、EGF、FOS、JUN、IL-10等关键蛋白,干扰肠道屏障功能、促进炎症反应,从而诱发或加重IBD的分子机制。研究不仅提供了PFOS免疫毒性的新机制证据,也为高风险人群识别、环境健康政策制定和IBD防治策略提供了科学依据。
2025-10-18 10:55:22
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原创 最新8月,6+文献思路他来了,贵州中医药大学这篇文章网络药理学+多组学还不来看看?
黄芪多糖对氟化钠肝损伤的保护作用:基于网络药理学、代谢组学和转录组学的综合研究6.0多组学+网络药理学+简单实验生信+实验2025年8月本研究通过动物实验结合多组学整合分析,系统揭示了黄芪多糖(APS)对NaF诱导肝损伤的保护机制抑制炎症:通过NF-κB/AGE-RAGE/Th17通路减轻炎症反应;改善脂代谢:激活PPAR通路,调节脂质代谢物,减少脂质积累;增强解毒能力:上调Cyp2e1、Gsta1等代谢酶基因,提升肝脏解毒功能。
2025-10-18 10:48:04
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原创 生信+实验仍然是主流,8+轻松拿下,生信的筛选,实验的验证,完美闭环的故事思路还不来看看?
IKZF1作为树突状细胞介导免疫治疗IgA肾病的潜在治疗靶点8.8转录组+机器学习+简单实验生信+实验2025年5月诊断价值:IKZF1与MPEG1是IgAN的潜在诊断标志物。机制阐明:IKZF1通过促进DCs的炎症因子分泌和抗原呈递功能加剧肾损伤。治疗潜力:Lenalidomide通过降解IKZF1显著减轻肾损伤和免疫细胞浸润,具有治疗IgAN的潜力。
2025-10-17 11:32:52
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原创 【纯生信】不容错过的0实验思路,直冲8+,看完之后信心大增!
通过单细胞和空间转录组学解读宫颈癌进展的细胞和分子景观8.0单细胞+空间转录组纯生信2025年5月本研究通过整合scRNA-seq和stRNA-seq,系统揭示了宫颈癌进展过程中TME的细胞异质性、免疫细胞动态变化、代谢重编程和细胞间通讯网络。SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴与肿瘤细胞和耗竭T细胞相互作用,促进免疫抑制和肿瘤进展。SPP1和FN1的高表达与患者不良预后显著相关,提示其作为预后标志物和治疗靶点的潜力。
2025-10-17 11:23:06
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原创 【纯生信】又是一篇0测序0实验思路,直冲7+,超低成本,现在不上车更待何时?
利用生物信息学和机器学习鉴定作为IBD诊断生物标志物的关键基因7.4转录组+MR随机化+机器学习纯生信2025年7月本研究通过多组学整合分析,系统识别出IRF1、GBP5和PARP9作为IBD的潜在诊断生物标志物。其中,IRF1通过SMR分析被证实与IBD风险存在遗传因果关系。这些基因与M1巨噬细胞浸润和干扰素信号通路密切相关,提示其在IBD免疫调控中发挥重要作用。研究还预测了针对STAT3和RELA的潜在治疗药物,为IBD的精准治疗提供了新方向。
2025-10-16 11:17:53
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原创 华中科技大学团队提出的新热点,不容错过,空转+单细胞+机器学习思路,快来学习吧
揭示氨诱导的细胞死亡:透明细胞肾细胞癌预后的新前沿5.9空转+单细胞+机器学习+简单实验生信+简单实验2025年7月本研究首次系统揭示了AICD相关基因在KIRC中的表达特征、预后价值及其与免疫微环境、基因组稳定性的关联。通过构建基于5个AICD基因的风险评分模型,实现了对KIRC患者的有效分层。实验验证表明ATP1A1具有抑癌功能,其低表达促进肿瘤恶性行为。分子docking筛选出Emodinanthrone作为ATP1A1的潜在抑制剂,泛癌分析进一步拓展了ATP1A1的临床意义。
2025-10-16 11:06:47
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原创 【纯生信】0测序0实验,基因组+转录组+机器学习+单细胞,低成本冲5+,好奇不如来看看
克隆造血与心脏栓塞性中风的遗传关联:来自全基因组孟德尔随机化、大量RNA、单细胞RNA测序的见解4.9MR + 多组学 + 单细胞 + 机器学习纯生信2025年7月核心发现:CHIP是CES的因果风险因素,OR高达70.15;PARP1和CD3G是连接CHIP与IS的核心基因;T细胞功能失调(尤其是CD3G下调)是CHIP促进IS的关键机制;筛选出14个特征基因和4种潜在治疗化合物(如一氧化氮)。本研究通过MR + 多组学 + 单细胞 + 机器学习。
2025-10-15 11:41:59
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原创 三个月接收,众多单细胞数据集+7种机器学习算法+预测模型,思路一点也不难,速冲5+
自主神经系统发育相关信号作为泛癌免疫治疗的一种新的预测性生物标志物5.9多组学 + 机器学习 + 实验验证生信 + 实验2025年7月核心发现该研究通过整合多组学数据和机器学习方法,成功构建了一个基于自主神经系统发育相关基因的预测模型(ANSDR.Sig及其核心子集Hub-ANSDR.Sig),在多个癌种中展现出对免疫治疗响应和预后的良好预测能力。尤其是在胃癌中,该特征与免疫微环境、突变负荷、细胞通讯等密切相关,并通过临床样本验证了其表达与治疗响应的相关性。转化意义。
2025-10-15 11:27:26
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原创 0测序,耗时63天拿下中科院2区,成本超低,快来学学主流思路
综合多组学分析揭示胃癌铂耐药的亚型和关键机制:KLF9作为一个有前景的治疗靶点的鉴定7.4多组学 + 机器学习 + 实验生信 + 简单实验2025年8月本研究通过多组学整合分析,成功将胃癌分为三个具有明显生物学和临床特征的亚型,其中CS2(基质富集型)预后最差、耐药性最强。研究进一步在单细胞和空间水平揭示了耐药恶性细胞模块(M1)及其与微环境的交互作用,并构建出高性能的预后模型。最终通过实验验证了转录因子KLF9在抑制胃癌进展、降低炎症反应和增强铂类敏感性中的关键作用。
2025-09-11 10:08:01
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原创 【纯生信】0测序0实验,网络毒理学+分子动力学,直接冲10+,新思路这不就来了?
应用网络毒理学、分子对接和分子动力学模拟研究环境污染物乙酰柠檬酸三丁酯诱导口腔鳞状细胞癌的机制10.1网络毒理学 + 分子对接 + 分子动力学模拟纯生信2025年7月本研究通过网络毒理学、分子对接和分子动力学模拟系统揭示了ATBC诱导OSCC的分子机制。ATBC具有致癌性和局部刺激性;通过多数据库筛选出107个ATBC-OSCC共同靶点,其中22个为核心靶点;这些靶点主要富集于细胞增殖、凋亡、PI3K-Akt等癌症相关通路;
2025-09-11 09:57:32
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原创 【纯生信】0测序0实验,“单细胞转录组+机器学习”纯生信拿下10分+,机会已经来了,多个疾病或许可以尝试,你还在等什么?
可解释的机器学习引导的单细胞定位破译2型糖尿病的多谱系胰腺失调10.6单细胞转录组 + 机器学习纯生信2025年7月本研究通过开发PanSubPred和PSC-Stat两个机器学习工具,系统揭示了T2D中胰腺多细胞谱系的转录组异质性、星状细胞激活动态、细胞通讯网络重构以及β细胞与非β细胞的功能失调。鉴定出38个新型细胞标志物,增强了对胰腺细胞身份的理解;发现星状细胞激活比例随疾病进展(ND→T2D→PDAC)显著升高;揭示T2D中导管细胞成为通讯枢纽,并推导出具有诊断潜力的15基因签名;
2025-09-10 10:56:20
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原创 0测序,无返修2个月完成!“多组学+机器学习”拿下中科院2区!不信你不心动?
综合多组学和机器学习揭示了结直肠癌预后分层和治疗优化的免疫原性细胞死亡相关特征5.9转录组 + 机器学习 + 单细胞生信 + 简单实验验证2025年7月构建11基因ICDRS标志物(StepCox+RSF算法),精准预测CRC预后(AUC>0.84)。发现SPP1+/SLC11A1+巨噬细胞新亚型,揭示其通过TNF信号促癌。提出奥拉帕利为高风险患者潜在治疗药物。ICDRS可分层指导免疫治疗(低风险组响应更佳)。列线图整合ICDRS与临床分期,助力个性化治疗决策。
2025-09-10 10:40:01
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原创 常规疾病又如何?热度依然不减,又来一篇5分+单基因研究,联合单细胞分析,干湿结合经典套路
IGF2BP3作为肺腺癌新的预后生物标志物和治疗靶点Cells5.2转录组 + 简单实验生信 + 实验2025年8月本研究系统阐明IGF2BP3在LUAD中的核心作用:诊断价值:IGF2BP3在LUAD中高表达,与晚期分期、淋巴结转移和不良预后显著相关,可作为独立预后生物标志物。促癌机制调控细胞周期(G2/M期阻滞)和凋亡(诱导BIM表达)驱动肿瘤增殖;重塑免疫微环境(促进Th2极化、抑制CD4+ Tem)介导免疫逃逸。治疗意义。
2025-09-09 12:06:40
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原创 【纯生信思路】GBD常规思路中加上孟德尔,瞬间冲10+,不信你不心动
肥胖分类分层和子宫内膜癌亚型的因果影响:综合孟德尔随机化和全球疾病负担研究2021分析10.1GBD临床数据分析 + 孟德尔随机化纯生信2025年7月【核心发现】疾病负担1990-2021年全球BMI相关子宫癌负担↑136%,高SDI地区(北美/西欧)绝对负担最重,南亚增速最快。主要驱动因素:人口增长(62.3%)>老龄化(24.9%)。2036年预测:ASMR将达1.18/10万,70岁以上人群风险突出。因果机制I级肥胖(BMI 30–34.9)
2025-09-09 11:55:36
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原创 “多组学+孟德尔随机化”斩获10分+!摒弃常规机器学习,南昌大学江西医学院这个思路太强了,换个疾病又是一篇!
综合多组学方法揭示胶质母细胞瘤的关键基因和免疫代谢网络10.1转录组+蛋白组 + 孟德尔随机化 + 实验验证生信 + 湿实验2025年6月本研究通过多组学整合+孟德尔随机化核心靶点:LGALS9和SELL是GBM的因果驱动基因,分别通过CD39⁺ Treg细胞(介导7%效应)和脑脊液代谢物X-22162(介导16%效应)促进肿瘤进展。功能验证:二者在GBM中高表达,直接调控肿瘤细胞增殖、迁移与侵袭。治疗潜力SELL是优选的药物靶点,甲氯芬那酸(非甾体抗炎药)与其高亲和力结合。
2025-09-08 12:05:17
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原创 【纯生信思路】“公共数据库+队列分析” 纯生信拿下6分+,拿捏小众选题,吉林大学这个思路超有价值!
血清全氟烷基和多氟烷基物质水平与牙线使用的关系:牙线使用的双刃剑-一项横断面研究6.73NHANES数据库数据获取 + 队列分析纯生信无需实验2025年6月核心发现:牙线使用者血清PFOA浓度显著升高(+2.8%),但其他5种PFAS(PFHSA/PFOSA/PFDA/MeFOSAA/PFNA)及综合负担均降低,支持牙线使用整体降低PFAS暴露的“净获益”。机制推测:牙线含PFAS(如PTFE材质)可能直接贡献PFOA暴露;
2025-09-08 12:04:21
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原创 【生信+实验】“传统中药+现代科技”双剑合璧挑战5+:当归饮子通过多靶点调控治疗慢性荨麻疹!
特别提示:今天这期内容对追求思路创新的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 方法常规”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的套路“成分分析+网络药理学+分子对接+体内外实验验证”,生信+实验斩获5分+,快来看看吧!
2025-07-23 15:32:09
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原创 【纯生信思路】机器学习+分子对接挑战10+,多组学→机器学习→结构验证三连击,黄曲霉毒素肝癌网络全揭秘!!!
特别提示:今天这期内容对追求思路创新的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 方法常规”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的套路“网络毒理学 + 机器学习 + 分子对接”,纯生信斩获10分+,快来看看吧!
2025-07-23 15:31:19
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原创 “单细胞+多组学+孟德尔随机化”狂揽10分+!南方医科大学这个思路太野了,速来抄作业!
今天这期内容对追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 方法常规”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的套路“单细胞 + 多组学 + 孟德尔随机化”,生信+实验验证斩获10分+,快来看看吧!
2025-06-24 08:37:46
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原创 “临床特征研究+网络毒理学”斩获6分+!四川大学华西医院这个思路太新了,硬是在主流的基础上玩出花了!
今天这期内容对不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 超强创新性”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是新型的临床数据库挖掘联动网络毒理学“NHANES + 网络毒理学”,纯生信斩获6分+,快来看看吧!
2025-06-24 08:23:03
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原创 【纯生信思路】0测序0实验,“公共数据库+队列分析” 纯生信拿下7分+,南京鼓楼医院这个思路太强了
今天这期内容对不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 超级容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是非常流行的临床数据库挖掘“NHANES + 队列分析”,纯生信斩获8分+,快来看看吧!
2025-06-23 15:36:27
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原创 零基础入门转录组数据可视化——圆角堆叠图【Nature级绘图】
转录组数据可视化之一,先介绍相关基础知识,其次用实际案例为基础,由浅入深介绍环状差异热图绘制的全过程,包括内容有相关代码和截屏。
2025-06-23 15:35:03
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原创 【纯生信思路】0测序0实验,“转录组+机器学习 + 单细胞”纯生信拿下5分+,换个疾病你也可以!!
今天这期内容对不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 超级容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是非常常规的“转录组 + 单细胞 + 机器学习”,纯生信斩获5分+,快来看看吧!
2025-06-09 09:12:58
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原创 【纯生信思路】最新思路它来了!“网络毒理学+机器学习”纯生信拿下6分+!生信的崛起还在发力
今天这期内容对不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 超级容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是最近非常非常非常热门的“网络毒理学 + 机器学习”,纯生信斩获6分+,快来看看吧!
2025-06-09 09:12:17
2011
原创 【纯生信思路】“NHANES+GBD+孟德尔随机化”斩获6+,江苏省人民医院这个思路太强了,换个疾病又是一篇
今天这期内容对新手伙伴和不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的“NHANES + GBD + 孟德尔随机化”,纯生信斩获8分+,快来看看吧!
2025-05-30 14:35:18
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原创 【纯生信思路】无返修43天接受!“巨噬细胞+多组学+机器学习”纯生信拿下中科院2区!不信你不心动?
今天这期内容对不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的“巨噬细胞 + 多组学 + 机器学习”,纯生信斩获5分+,快来看看吧!
2025-05-30 14:35:14
1373
原创 “多组学+机器学习”斩获10分+!天津市肿瘤医院这个思路太强了,换个疾病又是一篇!
今天这期内容对追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的“多组学+机器学习+实验验证”,生信+实验验证斩获10分+,快来看看吧!
2025-05-26 09:07:51
1766
原创 【纯生信思路】NHANES 临床数据分析斩获8+,换个疾病就能同款复刻,不信你不心动???
今天这期内容对新手伙伴和不追求高分的老师们来说非常友好!!“思路简单 + 容易复现”,绝对是大家首选的性价比之王!主角是我们非常熟悉的“NHANES-临床数据分析”,纯生信斩获8分+,快来看看吧!
2025-05-26 09:06:55
1948
原创 零基础入门转录组数据可视化——绘制环状差异热图(美化1)
转录组数据可视化之一,先介绍相关基础知识,其次用实际案例为基础,由浅入深介绍环状差异热图绘制的全过程,包括内容有相关代码和截屏。
2025-04-16 16:58:06
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原创 零基础入门转录组数据可视化——绘制差异火山图(美化1)
转录组数据可视化之一,先介绍相关基础知识,其次用实际案例为基础,由浅入深介绍美化差异火山图绘制的全过程,包括内容有相关代码和截屏。
2025-04-16 16:57:15
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原创 零基础入门转录组数据可视化——绘制相关性散点图(常规)
转录组数据可视化之一,先介绍相关基础知识,其次用实际案例为基础,由浅入深介绍相关性散点图绘制的全过程,包括内容有相关代码和截屏。
2025-03-27 08:10:41
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2025-02-20
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2025-02-25
零基础入门转录组数据可视化-绘制差异热图(常规)
2025-02-25
零基础入门转录组数据可视化-绘制差异火山图(常规)
2025-02-24
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