呆猪儿-CSDN博客

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。并且这个网站作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。

2024-01-07 12:36:32 4950 6

原创零基础入门转录组数据分析——数据处理（TCGA数据库）

TCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一，但是从TCGA上下载数据集相对来说比较麻烦，因此出现了很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生网站，就是很直观强大的一个在线网站，里面收录了众多数据库的数据集，其中就包括了TCGA数据集，并且是整合好的，可以直接用于分析。并且这个网站不仅能下载数据，还能进行在线分析，例如：KM分析，表达量分析等，详细情况可以参考，但是在这篇教程中仅介绍如何从UCSC上下载所需要的TCGA数据集，并且下载后在R中对数据集进一步处理成后续分析所要的形式。

2024-01-07 12:36:04 7370 29

原创零基础入门转录组分析——第五章（表达定量）

零基础入门转录组分析第五章——表达定量，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有5个部分（1.序列比对结果查看 2. 表达定量 3. 提取有效信息 4. 合并多个样本定量结果 5.进一步修改表达矩阵）

2023-03-20 21:11:18 3641 12

原创零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

零基础入门转录组分析第四章——序列比对，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有5个部分（1.数据准备 2. 构建参考基因组索引 3. 序列比对 4. 压缩与排序 5. 批量运行）

2023-03-07 20:03:43 4931 22

原创零基础入门转录组分析——第三章（质控及数据过滤）

零基础入门转录组分析第三章——质控及质量过滤，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有6个部分（1. 查看原始数据 2. 质控 3. 质控进阶 4. 质控结果合并 5. 合并结果解读 6. 数据过滤）

2023-02-23 09:12:03 4270 1

原创零基础入门转录组分析——第二章（数据的准备）

零基础入门转录组分析第二章——数据准备，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有三个部分（1. 准备原始数据 2. 准备参考基因组文件 3. 准备参考基因组注释文件）

2023-02-21 09:41:26 2782 1

原创零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）

零基础入门转录组分析，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部章节，全部内容包括：软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化

2023-02-14 17:45:54 3875 3

TCGA数据库处理好的肺腺癌普通转录组数据

excel资源，TCGA数据库肺腺癌普通转录组数据，适用于不会处理TCGA数据库的小伙伴，里面的表格有处理好的基因表达矩阵，适合于做分析练手用。用到该资源的配套教程有：零基础入门转录组数据分析——加权基因共表达网络分析（WGCNA，Weighted correlation network analysis）；零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之lasso（筛选特征基因）；零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之SVM-RFE（筛选特征基因）等，从任意博客可以跳转到相应的导读部分

2024-08-22

零基础入门转录组数据分析-机器学习算法之boruta（筛选特征基因）配套资源

零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之boruta（筛选特征基因） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/140781061 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-31

零基础入门转录组数据分析-机器学习算法之SVM-RFE（筛选特征基因）配套资源

零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之SVM-RFE（筛选特征基因） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/140748316 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-31

零基础入门转录组数据分析-GO+KEGG富集分析配套资源

零基础入门转录组数据分析——GO+KEGG富集分析 https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/137052592 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-30

零基础入门转录组数据分析-WGCNA(加权基因共表达网络) 配套资源

零基础入门转录组数据分析-WGCNA(加权基因共表达网络) https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/140304846 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-30

零基础入门转录组数据分析-机器学习算法之lasso（筛选特征基因）配套资源

零基础入门转录组数据分析——机器学习算法之lasso（筛选特征基因） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/140700239 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-30

零基础入门转录组数据分析-DESeq2差异分析配套资源

零基础入门转录组数据分析——DESeq2差异分析 https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/136114233 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-25

零基础入门转录组数据分析-limma差异分析配套资源

零基础入门转录组数据分析——limma差异分析 https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/136101539 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件

2024-07-25

零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-高通量测序数据）配套资源

零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/136032388 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件已验证可以从头到尾正常运行，可放心食用

2024-04-24

零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-芯片数据）配套资源

零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——芯片数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/135436066 教程对应的原始文件+代码+处理好的数据

2024-04-24

零基础入门转录组分析-数据处理（TCGA数据库）教程配套的代码，原始数据以及最终处理好的数据

TCGA数据集是转录组分析常用的数据库，从数据库中获取相应的数据集之后进行数据清洗过程相对麻烦，但同时也是最关键的一步，本资源是零基础入门转录组分析——数据处理（TCGA数据库）教程中配套的代码+原始数据+最终处理好的数据。零基础入门转录组分析——数据处理（TCGA数据库）教程链接：https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/135373467?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22135373467%22%2C%22source%22%3A%22weixin_49878699%22%7D

2024-03-29

空空如也

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TCGA数据库处理好的肺腺癌普通转录组数据

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