配置conda频道
#一:官方频道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes
#二:清华镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
#三:北外镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
三种来源选取一个来源的频道配置即可,重复配置频道会造成冗余,降低软件安装速度
创建独立的环境
软件最好不要装在BASE环境里,尽量创建独立环境进行安装,这样不会造成软件依赖环境的冲突,也有利于项目管理
#列出已存在的小环境
conda env list 或 conda info --env
#创建名为rnaseq的conda小环境
conda create -n rnaseq
-n: 指定环境名称
#启动rnaseq这个conda小环境
conda activate rnaseq
#退出rnaseq这个conda小环境
conda deactivate
#删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rnaseq --all
#重命名小环境,例如将Python2重命名为py2
conda create -n Python2
conda create -n py2 --clone Python2
conda remove -n py2 --all
安装软件
创建好独立的小环境之后就可以在小环境内安装软件,首先要查找下自己想安装的软件是否可以用conda安装
-
网站查询
https://anaconda.org/search
https://bioconda.github.io/
-
使用命令行搜索
conda search xxx
-
关键词搜索
#查询是否可以安装以及版本信息
conda search fastqc
#安装fastqc,加等号指定安装0.11.7版本的,也可以不指定
conda install fastqc=0.11.7
#加-y参数可以跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7
#删除软件
conda remove fastqc
#升级软件
conda update fastqc
#升级conda自身
conda update conda
conda进阶使用
-
除了切换环境外,可以用
mamba
替换conda
的所有命令 -
不在base环境中安装软件是为了避免各个软件依赖环境之间的冲突,如果确定安装的软件不会产生冲突就可以在base环境中安装,另外在base环境安装的软件在各个小环境中都可使用。在
base
环境中安装mamba
后,使用mamba
查找以及安装软件都比较快
#切换到base环境(确保安装在base)
conda activate base
#在base环境下安装mamba
conda install mamba
#搜索软件
mamba search fastqc
#更快搜素软件
mamba repoquery search fastqc
#安装软件
mamba install fastqc
#查看软件之间相互依赖关系
我依靠谁?
mamba repoquery depends -t samtools
谁依赖我
mamba repoquery whoneeds -t python
版本控制和迁移
方法一:用conda list的export功能
-
导出环境中安装的包的列表
conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt
输出文件格式:软件名=版本号=build -
安装导出的信息
conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt
方法二:用conda env的export功能
-
导出想要导出的环境
conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml -
根据导出的yml文件创建环境
conda env create -f rnaseq.yml -
根据导出的yml文件更新环境
conda env update -f rnaseq.yml yml文件提供的信息更全面
删除没有用的包及更换镜像
conda的镜像配置及使用方法
将conda安装到指定位置
#先创建一个biosoft的文件夹, 在里面创建一个samtools文件夹
mkdir -p ~/biosoft/samtools
#使用-p参数指定安装位置
conda install -p ~/biosoft/samtools samtools
笔记总结于生信技能树B站卖萌哥2021公益课