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RSS订阅原创 批量进行MD退火脚本
要求环境中包含：5.0.2以上版本siesta、cif2cell包、pymatgen包、ASE包，这些可以通过conda统一下载我的环境中，各个包的版本为：siesta 5.0.2 mpi_openmpi_h5ea4c2f_0 conda-forgecif2cell 2.1.0 pyhd8ed1ab_0 conda-forgepymatgen
2026-03-11 14:26:05
48
原创 清理有效质量计算文件脚本 EMcal-clean.py
（完成了unfold计算，但是可能KLABLE等文件没有正确生成，不需要重新进行计算）→。（没有完成unfold计算）→ 跳过此文件夹。不影响正在这个路径下进行的计算。（完成了unfold计算） → 执行清理（删除。检查即将进行清理的路径是否都是自己想要的。生成的各个超胞文件夹的母文件夹，运行。若都是自己想要的，运行。
2026-01-24 21:50:25
391
原创 linux安装zotero 及插件
在Zotero官网下载安装包下载后解压并将提取的文件夹移动到安装位置，例如 /opt/zotero在zotero目录下运行脚本(权限不够就 chmod 777 zotero.desktop）然后链接符号更新图标这时候点击网格图标（“显示应用程序”），Zotero 应该会出现在启动器或应用程序列表中。
2026-01-19 19:05:55
840
原创 SRIM的安装
然后将下载的 *.e 文件放入一个名为 SRIM-2013 的新目录中，并将该文件重命名为 SRIM-2013.exe。在获得的根目录中存在 SRIM.exe 文件，点击就能启动 SRIM。点击“SRIM 2013(Professional)”下载安装包。运行这个重命名后的文件，提取出所有 SRIM 文件。首先去到SRIM官网下载页面。
2026-01-18 15:03:59
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原创 linux下fcitx5拼音的安装
在设置-系统-Manage Installed Languages页面的底部，设置系统输入法为 Fcitx 5。然后应用到整个系统。点击系统右上角的输入法图标，在下拉菜单中选择“配置”，将拼音添加到左侧。按 CTRL + 空格 ，输入法图标变为拼音。注销并重新登陆后，打开设置。
2026-01-18 13:42:14
459
原创 VESTA在Linux下的安装
Icon=/media/waler/4TB/installer/VESTA/VESTA-gtk3-x86_64/VESTA.png #图标图片文件自己准备。Ubuntu 24.04 自带的 ICU 版本更高，而 VESTA 需要 ICU 70（Ubuntu 22.04 的 ICU 版本是 70.x）然而在ubuntu 24.04中找不到这个库，因此需要临时添加jammy库安装libwebkit2gtk。1,临时加 jammy 源（仅用于下载 ICU 包）2,只下载（不安装）需要的两个包。
2026-01-15 15:07:42
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原创 自用vasp(双)替位掺杂超胞unfold计算流程
pre-structure.sh运行时，会先创建不同元素文件夹(以元素名命名)，在structure文件夹下历遍所有vasp结构文件。222-wz-zb-C.vasp格式，222为超胞尺寸，C为被替位元素标识，wz/zb为不等价位置标识。的话，修改pre-structure.sh、run-*.sh内的元素列表。(我懒得搞成自动的了)，按照wz-zb-C格式建立同元素不同构型文件夹，将对应的vasp文件拷贝到对应文件夹下。，并按照元素文件夹名称，修改vasp文件中第6行最后一个元素名。
2026-01-13 13:54:59
848
原创 Geant4 提供的 example
官网example文档官方提供的example分为Geant4的运行方式是，在这些example中找到和我们研究的物理示例相符合的，在其基础上修改代码。
2026-01-13 11:20:50
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原创 电子阻止本领 electronic stopping power
电子阻止本领 定义为离子在介质中运动时每穿过单位长度所损失的电子能量：平均阻止本领。
2026-01-13 11:19:23
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原创 自用vasp(单)替位掺杂超胞unfold计算流程
pre-structure.sh运行时，会先创建不同元素文件夹(以元素名命名)，在structure文件夹下历遍所有vasp结构文件。目标掺杂元素变化的话，修改pre-structure.sh、run-*.sh内的元素列表。(我懒得搞成自动的了)331-C18-wz.vasp格式，331为超胞尺寸，C18为被替位原子标识，wz为不等价位置标识。，按照C18-wz格式建立文件夹，将对应的vasp文件拷贝到对应文件夹下。，并按照元素文件夹名称，修改vasp文件中第6行最后一个元素名。
2026-01-13 00:37:33
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原创 TRIM不同Damage模式
适用于研究离子入射导致的溅射 (sputtering)、表面原子损失、表面结构 / 成分变化 (surface modification)、浅层损伤 (surface damage)、薄膜/膜层 (few-nm scale) 情况。，直到它们的能量降到低于设定的最低位移能 (displacement threshold energy) 为止。为准确评估这种情况，就不能沿 “free flight path (大跳跃 + 统计)” 的简化方式，而必须。(针对溅射 / 表面损伤 / 浅层分析)
2026-01-11 11:30:15
651
原创 siesta fdf 文件拼接脚本 merge-fdf.py
使用cif2cell从cif生成 fdf输入文件时，只包含结构部分，其余输入文件任然需要自己编写为方便起见我在这里编写了一个脚本，使用cif2cell生成的 fdf 文件的结构部分，替换我们自己准备好的完整fdf文件的结构部分。自动选择第一个非 anneal 开头的 .fdf 文件作为结构fdf，用源文件中从AtomicCoordinatesFormat开始，到 %endblock ChemicalSpeciesLabel。
2026-01-06 00:21:05
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原创 siesta-分子动力学MD结算结果结构提取脚本 export_cif.py
将当前目录下所有的*.XV文件批量转换为CIF格式文件，并在输出文件名中统一追加后缀-MD.cif。
2026-01-05 13:45:14
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原创 vasp与siesta清理脚本 clean.sh
无交互：自动识别siesta or vasp有 .fdf 的被认为是 siesta 文件夹有 POSCAR 的被认为是 vasp文件夹。
2026-01-05 13:26:16
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原创 linux软件-screen(防止因网络断开导致计算中断)
Attached表示有一个真实终端（SSH / 本地终端）正在“看”和“控制”这个 screen。Detached表示screen 会话仍然存在，但当前没有任何终端连接它。会创建一个名为 siesta_run 的新 screen 会话。这个窗口/会话是不会出现在机器本地的图形化界面上的。Ctrl + A 然后 Ctrl + D。进入某个窗口，确定这个窗口没有任务在运行。运行 exit，会杀掉当前窗口。会显示窗口ID已经窗口名称。
2025-12-30 17:55:51
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原创 SISSO
github页面：https://github.com/rouyang2017/SISSO在这个github项目下包含模块：git clone https://github.com/rouyang2017/SISSO.gitcd SISSO---编译 SISSO 并行程序需要 Fortran MPI 编译器。推荐使用 Intel 编译器。确定编译器与 MPI wrapper 是否可用：which ifxwhich mpiifx || truewhich mpiifort || truewh
2025-12-24 21:16:47
747
原创 windows11 bitlocker加密的关闭
若不关闭bitlocker，重装后首次启动时，BitLocker可能会检测到系统环境的异常变更（如引导文件改变），进而强制要求输入。这时候如果能够重新登陆原本的系统，系统会开始自动对加密数据进行解密(时间较长)。
2025-12-24 20:13:58
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原创 借助 effmass 代码计算有效质量（配合 vasp/QE）
effmass 代码页面https://github.com/lucydot/effmass建议在anaconda环境安装示例教程https://nbviewer.org/github/lucydot/effmass/blob/master/tutorials/Tutorial.ipynb先用vasp完成自洽和沿单一 k-path 的能带计算在目录中获得 OUTCAR 和 vasprun.xml启动命令行界面effmass大多数情况下不需要（回答0），用于忽略 拼接路径从 CBM（或 VBM
2025-12-15 20:55:55
423
原创 QE(quantum-espresso)各类计算汇总
横坐标做变换x'=x*0.5292*2*pi/a, 其中a是晶格常数（认为是垂直与高对称路径面的方向，比如走g2-g3面，则a是x方向的晶格）。x是原来的坐标，x'是变换单位后的坐标。----在构造 ε₂ 时，价带 → 导带跃迁的 δ 函数被替换为宽度为 intersmear 的高斯/洛仑兹函数。----带内主要出现在金属系统（自由电子或接近费米面的跃迁）。其中X0就是求出的价带顶二阶导数值，a为晶格常数值（求G-X方向就是晶格常数a，求G-Y方向就是晶格常数b).则m*=1/(2*C)m0。
2025-12-12 09:45:09
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原创 Critic2 -- 读取siesta分子动力学结果
CRYSTAL SIESTA Si19-B.STRUCT_OUT #指定软件。首先创建脚本：convert.cri。
2025-12-04 21:47:11
172
原创 BoltzTraP2的安装与简单使用
BoltzTraP2 的运行时要求 Python 3.5 或更高版本，以及 NumPy、SciPy、matplotlib、spglib 和 ASE 等 Python 库。300:800:50：温度网格，单位 K，表示从 300 K 开始到 800 K，步长 50 K。是塞贝克系数，正号常对应空穴主导（p 型），负号对应电子主导（n 型）integrate：进入“积分”阶段，基于已插值好的能带，计算一系列。interpolation.bt2：“插值”阶段生成的输入文件。，单位“每 Hartree、每晶胞”。
2025-12-04 09:05:47
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原创 Jupyter Notebook使用笔记
在安装了Jupyter Notebook的conda环境下输入会打开一个jupyter notebook的浏览器页面点击右侧 新建- Python 3 则会新建一个python3的notebook单元格分为和两个类型，单元格区域上方的下拉框进行切换。代码单元格：按 shift + Enter 运行，结果显示在下方Markdown单元格：按 shift + Enter渲染。
2025-11-07 21:51:45
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原创 记录Linux下Magpie安装与使用
data attributes properties directory ~/lookup-data/ （这里lookup-data的路径位于安装的magpie文件夹下）会在启动magpie的路径下生成一个.csv文件。
2025-11-07 13:58:03
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原创 载流子迁移率计算脚本使用说明(配合quantum-espresso)
脚本基于Quantum Espresso软件。能够在当前目录下，分别建立a、b、c三个顶层文件夹。然后在顶层文件夹下分别按照输入的形变量步长，建立2N个子文件夹。N为脚本要求输入的步长数。例如。
2025-09-10 14:49:01
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原创 SIESTA计算离子注入的能量沉积
siesta计算TDDFT时，需要先对体系进行静态计算，获得初始的波函数。分别临时储存每个时间步结束后的波函数和原子位置、速度信息。initial计算 initial.fdf。需要使用siesta的TDDFT功能。然后初始化计算成功后会生成 *准备 move.fdf 文件。计算成功后会生成 *
2025-09-01 21:51:07
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原创 Geant4 安装---Ubuntu
再进行一次c（configure）和e，发现这次的页面上出现了选项[g] Generate。然后按c确认，完成第二次configure后，按e退出，进入以下页面。我们可以利用Geant提供的example测试是否安装成功。在生成编译参数的路径下运行(XX为编译时使用的线程数)安装完后，在你指定的安装路径下会出现如下四个文件夹。在此配置页面进行修改,需要修改以下内容(按下。此时按下g，生成编译参数，然后按e退出。按c进行configuire。按空格进行ON/OFF的切换。然后按e退出当前界面。
2025-07-12 17:37:00
1213
2原创 w2dynamics安装
(推荐先 conda search nfft -c conda-forge 然后选择版本安装)使用Anaconda安装时，若是需要指定编译器路径，则按照以下方法操作。安装scipy、h5py、mpi4py、configobj。开始配置，在我的机器上是。
2025-05-26 09:53:07
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原创 Wannier90文件与参数
此映射的信息会被写出。每一项的（整数）值是该k点在不可约布里渊区中的索引。.spn 文件可以采用依赖于机器的格式或独立于机器的格式进行编写，这取决于 pw2wannier90.x 的输入参数 spn_formatted（默认值为 false，这意味着.spn 文件采用依赖于机器的格式）。如果想在一台机器上运行 wannier90，然后在另一台机器上（或者使用不同编译器编译的 postw90）继续计算，那么首先需要在第一台机器上将 .chk文件转换为与机器无关的“格式化”格式，然后再在第二台机器上转换回来。
2025-05-05 23:37:27
3022
原创 SIESTA basis set
基组具有三个主要的特征：大小Size、范围Range、径向形状radial shapeSize：number of orbitals per atom，对每个轨道可以规定不同数目的 zeta 函数（径向函数），满足计算精度的需求。每个元素的每个角动量通道均需指定一个通过设定单一参数——能量位移（即轨道受限时的能量增量），可为所有需要设定的半径提供均衡且系统化的。取通常可达到当前GGA泛函的精度要求。然后可以进行微调来使系统的物理量更准确。
2025-05-04 02:30:24
839
原创 真空能级与功函数
在DFT计算中，真空能级需要建立slab平板模型引入足够厚度的真空层来计算。晶胞CELL中留空的区域即是真空，电荷密度基本为0，所以是常数，即真空能级。但是在中，由于表面态的存在，而和是准确的。在中，和的差值是准确的。认为和是对应的（可用于标定），则可以得到真空能级和费米能级的差值，即功函数。
2025-04-08 19:55:56
1832
空空如也
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