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原创 关于snp-calling中GATK软件的最佳线程(核心)数

对于在服务器上跑测序数据的生信初学者来说,每一个步骤和命令应该请求多少线程总会让人一头雾水。盲目求多不可取,浪费运算资源(和浪费钱~),可是如果线程数太少又不知要跑到猴年马月。本文测试对比了gatk部分命令在不同线程下的运行速度,以供参考。(节约时间的话直接拉到最后看结果)

2022-11-02 11:25:49 4461 4

原创 动物基因组测序基础分析流程总结(GWAS全流程第一部分:WGS基础流程)

一、前言:生信一年级硕士,进了纯生信课题组之后就开始了自学之路~,当前课题是做动物GWAS。因为自学的时候看了许多教程和代码都是针对人类基因组的,学习(copy)代码的时候各种大佬博主都是以人类基因组或者模式生物举例,如果做其他动物多多少少会有一些差别。本文是本人学习过程中留下的随手笔记,包括动物基因组测序和基础分析、GWAS后续分析笔记。目录从fastq到vcf各种过滤GWAS关联分析绘制曼哈顿图和QQ图admixture群体结构分析根据SNP位点定位到gff文件上的基因SHIF根据找

2021-12-20 17:50:15 7133 10

原创 ubuntu18.04下RTX3090环境配置+CUDA11.1+cudnn8.0.5+tf2.4.0(详细)

(deeplabcutcore)ubuntu18.04下RTX3090环境配置+CUDA11.1+cudnn8.0.5+tf2.4.0之前在2080TI上用deeplabcut(后简称DLC)跑动物轨迹识别,最近忍不住入坑了3090,下面是RTX3090搭建环境的过程。(坑真的超级多!!)系统:ubuntu18.04显卡:RTX3090CUDA:11.1cudnn:对应CUDA11.1(8.0.5)tensorflow:2.4.0(2.4.1也行)因为之前已经习惯用conda安装软件了,但是c

2021-03-19 13:48:07 3099 4

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