2025年一篇解决Windows11安装医学图像处理工具-FSL（各种问题解决，过程详细，小白轻松安装）-CSDN博客

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作为处理弥散脑成像数据的主流软件之一，FSL是很多脑科学研究者的必备工具。

该软件只能在Linux（或者类Unix）操作系统下运行。通常大家使用FSL的方式有两种：（1）在Windows PC上额外安装一个Linux系统，来使用FSL；（2）在Windows PC上安装一套虚拟机软件（如VirtualBox或者VMware）,在虚拟机中安装Linux系统来使用FSL。这两种方式各有缺点，第一种方式使得我们无法使用Windows系统的一些常用软件；第二种方式由于虚拟机使用的是虚拟硬件，使得FSL的运行效率大打折扣。

        本次教程使用WSL来安装FSL，实现在windows11系统使用FSL处理数据。

        如果没有安装WSL可以参考我之前的教程。WSL安装。

        之前的WSL安装教程中已经介绍了WSL的安装与一些常用的使用命令，基本可以满足大部分使用场景需求。

接下来开始介绍FSL的安装。

一、在WSL下安装FSL

1.1 官网下载FSL安装脚本

进入官网FSL官网。

可以在左边导航栏看到提供的功能和一些介绍。

点击下载。

可以看到FSL支持多种系统的安装，根据自己的系统来选择即可。

这里以Windows系统为例，这种方法很方便（只使用一些工具可以选择这种方法）。

直接选择Windows系统。

这里是一些系统要求和一些介绍，看看自己的电脑是否支持（一般问题不大）。

先不管下面需要安装的配置，后面会说到，这一步先下载安装脚本。页面往下拉到这里的自定义安装。点击fslinstall.py即可下载。

这里大家会看到也可以通过getfsl.sh脚本来按照，都是官网提供的安装方式，都是一样的，这里以自定义安装即fslinstall.py的方式举例。

这个python文件需要在WSL执行，所以可以拖到WSL一个路径下，在最后运行即可。

1.2 按照依赖

在运行python文件前，按照官网的要求来完善一下环境。

打开WSL，输入以下命令来按照。

sudo apt update
sudo apt -y upgrade
sudo apt-get install dc python3 mesa-utils gedit pulseaudio libquadmath0 libgtk2.0-0 firefox libgomp1

安装完成后就可以来运行python文件了。

1.3 安装FSL

将下载好的.py文件放到WSL一个目录下。这里我放在了home目录下。

在WSL终端进入home目录下即可看到文件。

在存在.py的上级目录输入代码运行py文件。（要保证硬盘空间足够，可以参考WSL换安装路径来转移到非系统盘中）。

python fslinstaller.py

接下来就是安装过程了，时间会比较长的，下载过程中中断是很正常的，可以在网速好的时候在下载或者使用梯子。

二、FSL使用

在安装完成后会输出安装完成的提示，在终端输入fsl即可打开FSL可视化页面。

fsl

FSl的功能很多，我基本用于分割大脑、配准影像、影像矩阵转换。大家可以搜一些使用教程来看一下。

二、FSL简单使用

2.1 脑部分割

接下来简单介绍一些使用。

点击脑部分割，弹出分割工具。输入需要分割的影像和输出的脑部掩码路径，点击go即可。具体的参数设置需要根据自己的数据来尝试一下效果。

2.2 影像配准

需要配准两种影像可以点击liner registration。

Reference image是参考图像，即输入影像调整到参考影像的参数，改变输入影像，将转换后的输入结果输出。同样，点击go即可。

FSl的功能很多，暂时介绍到这里，大家可以到官网详细查看可以实现的功能。

三、安装常见问题

3.1 权限不够

如果在运行.py文件的时候出现权限不够的问题，进入管理员模式或者修改python文件权限即可，均可在我上一篇WSL教程中找到教程，非常简单。

3.2 下载一直中断

基本下载过程中不会出现问题，基本就是下载中断的问题，换一个网络或者使用梯子都可以解决。

3.3 安装失败

如果在运行文件时出现了问题，都会生成一个日志文件，可以打开看看哪里出现了问题。或者换个时间在运行即可。

总的来说，FSl的安装基本不会出现问题，就是运行一个官方提供的脚本。如果大家在安装过程中遇到了我没有提到的问题可以在评论区与我交流。