自动安装包括ase、phonopy、pymatgen和q-robot工具的anaconda（python）程序

对于搞vasp（或者其它一些计算软件如qe、OpenMX、cp2k等）计算的伙计来说，标题中的这几款工具是经常都能用到的，而有时候在我们自己的计算服务器上没有安装这些工具的时候，就需要我们自己安装这些软件。然而，一般来说，我们都只是普通用户，不能登录root用户随便安装软件，并且很多时候集群是没有连接外网的（为了安全着想），因此就需要我们自己去安装这些工具软件，但有时候安装这些软件很繁琐，也很浪费时间。出于这个原因，我写了一个在集群没联网的情况下自动安装这些工具的脚本。首先给上安装包链接：

链接：https://pan.baidu.com/s/1bX3rzNJsq8QcJY-_oZ3-UQ
提取码：f5tq

接着对安装步骤和测试步骤进行了说明，对于Linux软件编译安装熟悉的伙伴可以不用看这里的安装过程浪费时间，安装包里的README文件有安装说明，之所以在这里也做个详细的说明是为了不太熟悉Linux软件安装的伙伴。

首先我是在虚拟机上进行的测试，软硬件如下：

CPU类型：x86_64

操作系统（OS）类型：x86_64

下载网盘中的安装包，然后上传到自己的集群目录下并解压，然后进入解压目录，对脚本Conda_APPQ_install.sh中的内容进行修改：

             ana_ins_path是anaconda即将安装到的目录

修改完成后就可以开始安装

1--> 执行命令sh Conda_APPQ_install.sh 2>&1 | tee install.log 这儿加上管道和tee命令的目的是为了将安装过程全部输出到install.log文件中，方便日后查看

正在安装，在这个过程中不要关掉这个窗口，不然安装会被中断

2--> 安装完成，进行测试。我将加载环境变量的脚本放在了安装包的目录下，而没有写在$/HOME/.bashrc文件中，这样做的好处在于，需要使用这些工具的时候再使用source conda_rc.sh加载环境变量，而如果直接将所有的环境变量都写到$/HOME/.bashrc文件中，当环境变量越来越多的时候，就可能导致系统文库之间的冲突，可能导致意想不到的后果。加载好环境变量之后，输入命令phonopy可以看到，phonopy安装成功。

 

 3--> 测试pymatgen是否安装成功。对于pymatgen画图功能，需要使用具有x11窗口的远程连接软件，像xshell、mobaxterm都可以，我这儿使用的是mobaxterm。同样地，需要先加载环境变量，然后解压安装包目录下的pymatgen-test.tar.gz压缩包，进入解压后的目录，然后运行python plt_band.py命令，可以看到运行完毕后产生了文件band.png。说明pymatgen也安装成功了。

 

4--> 为了确保pymatgen确实没有问题，我查看了band.png图片，如下图，可以看到，画出来 的图是没有问题的，那么说明确实安装成功了。

 

5--> 测试ase和q-robot，由于q-robot中的vtotav.py功能运行时就需要用到ase，因此我们只需测试vtotav.py功能是否正常就能确定两个软件是否安装成功。解压ase-qro-test.tar.gz压缩文件并进入解压目录，然后运行vtotav.py LOCPOT z命令，可以看到，运行过程中并没有报错，运行完成后产生了LOCPOT_z文件。 

 5--> 为了确保正确性，我查看了LOCPOT的内容，如下图，可以看到，确实生成了数据，从而证明ase和q-robot已经安装成功。

至此，所有的工具已测试完毕，一切正常。

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上面的过程我是在虚拟机中安装测试的，为了确保能正常使用，我在真实的计算节点上也进行了测试，节点硬件和软件型号如下：

CPU类型：x86_64

操作系统（OS）类型：x86_64

测试结果如下

 看起来，暂时是没有什么问题。

最后，如果各位伙伴在安装过程中遇到什么问题，或者有什么好的建议可以通过邮箱15284076358@163.com与我交流。