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基础生信分析
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柳叶刀和鼠标
会一点点编程的外科医学生
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基础生信分析——富集分析(1)
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和GO(Gene Ontology)是两种常用的基因功能和通路富集分析方法,可以帮助研究人员理解基因集合中的功能和通路特征。以下是对KEGG/GO富集分析的简要介绍:KEGG富集分析:KEGG富集分析基于KEGG数据库,对基因集合中的基因进行功能注释和通路富集分析。通过将基因集合与KEGG数据库中的通路注释进行比较,可以确定哪些通路在给定基因集合中过度表示。原创 2024-04-06 01:11:47 · 3794 阅读 · 3 评论 -
基础生信分析——富集分析(2)
接基础生信分析——富集分析(1)以上是四种高级GO富集分析图,请注意,无论多复杂的可视化,其结果都是一样的,并且目的都是清晰的展示功能注释结果。原创 2024-04-06 01:12:44 · 450 阅读 · 0 评论 -
基础生信分析——easyTCGA包
TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库是一个大型的癌症基因组学项目,旨在通过对多种癌症类型的分子特征进行全面的分析,深入理解癌症的发生机制和发展过程。以下是关于TCGA数据库的一些重要信息:数据来源:TCGA项目整合了来自世界各地的研究机构和实验室的癌症样本数据,涵盖了多种类型的癌症,如乳腺癌、肺癌、大肠癌等。数据类型:TCGA数据库包含了大量的分子生物学数据,包括基因组序列、基因表达、CNV(拷贝数变异)、蛋白质表达、甲基化等数据。原创 2024-04-05 21:00:18 · 1158 阅读 · 1 评论 -
基础生信分析——deseq2包
测序数据的表达矩阵通常包含了基因组数据分析的关键信息。一般来说,表达矩阵中的数据包括:基因表达水平: 表达矩阵中的每一行代表一个基因,每一列代表一个样本。矩阵中的每个元素通常表示相应基因在相应样本中的表达水平,可以是原始计数值或标准化后的表达值(如FPKM、TPM等)。样本信息: 表达矩阵中通常还包含了关于每个样本的信息,比如样本ID、类型(如对照组、实验组)、处理条件等。这些信息有助于进一步的数据分析和解释。注释信息: 表达矩阵可能还包含了基因的注释信息,比如基因的ID、基因名、功能等。原创 2024-04-05 20:42:44 · 1772 阅读 · 1 评论