一些Linux的基础命令

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ls 命令

列出目录文件情况：

ls				## 列出当前目录的文件
ls  ./			## 同上，‘.’号代表当前目录
ls  ./*txt		## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls  ../ 		## 列出上层目录的文件
ls  -a			## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls  -l			## 列出当前目录下文件的详细信息
ll				## ls  -la 的简写
ls  -lh 		## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls  -lh  /		## 列出根目录下文件的详细信息

cd 命令

切换工作目录

cd  ..       ## 切换到上层目录，相对路径
cd  /        ## 切换到根目录
cd  /teach/  ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd  -        ## 返回上一次的工作目录
cd  ~        ## 回到用户家目录
cd           ## 同上，回到用户家目录

mkdir

# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2 #一次性创建完整路径
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p  test{1..3}/test{1..3} #此命令将创建名为test1到test3的三个目录，并在每个目录中创建test1到test3的另外9个子目录。

touch

ls
touch  file.txt  new.txt # The following command creates two new empty files named file.txt and new.txt in the current directory.
touch file.txt new.txt

ls
touch  file{1..5} # Create 5 empty files starting from file1 to file5
ls

rm

rm  -i  file.txt # Delete file.txt, and prompt before every removal
ls  file* # List all files in the current directory that start with "file"
rm  file* # Remove all files in the current directory that start with "file" without prompting
rm  -r  test1 # Remove the directory named test1 including its contents recursively

mv

mv  file1   Data/file2 #moves the file named file1 from the current directory to the Data sub-directory and when moving, it is renamed as file2.

cp

cp   readme.txt   Data/ #This command copies the file readme.txt to directory Data/.
mkdir  dir0 #creates a new directory named dir0 in the current working directory.
cp  -r  dir0  Data/ #recursively copy (including all of its subdirectories and file contents)the dir0 directory to Data/.

ln

ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ./ #creates a symlink of the file "Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh" from the "/teach/software/" directory in the current directory.

tar

## 解压
tar  -zxvf  Data.tar.gz
## 压缩
tar  -zcvf  Data.tar.gz    Data  ...

cat

cat  readme.txt #prints the content of readme.txt.
cat  -n  readme.txt #prints the content of readme.txt with line numbers on the left.
## 写入文件，creates a new file named file and allows the user to input strings via the keyboard. After typing in any texts, the user needs to type Ctrl+C to quit the inputting process.
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C			## 这里是按Crtl  C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !

head、tail

head  -n  20  Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail  ~/.bashrc
## 查看第20行
head  -n  20  Data/example.fq | tail -1

less

按 q 退出

less  Data/example.fq #opens the file located at Data/example.fq for viewing within less. You can scroll up/down through the file with arrow keys.
less -S Data/example.fq #chops lines that are too long to fit in the screen horizontally. This is useful when viewing files with long lines like FASTA/Q files.
less -N Data/example.fq #
zless -N Data/reads.1.fq.gz #view compressed files without having to decompress them manually. In this case, the option -N will display the line numbers and the rows from the file Data/reads.1.fq.gz

wc

cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc  #counts the number of lines, words, and characters and returns the result to the console.
wc -l readme.txt #return only the number of lines in the readme.txt file.

cut

less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1
##-d 'h': 指定参数'delimiter'，即指定了分隔符为'h'
##-f 1: 指定参数'fields', 即选择要输出的字段数量，默认是选择全部字段输出，选项-f后面跟着数字表示选择的字段位置。

sort

less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S

uniq

less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c #打开文件，剪切第三列，排序，输出每个类别出现的次数

paste

less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S #将 Data/example.fq 文件中每四行合并为一行，进行屏幕分页显示。
paste file1 file2

tr

cat readme.txt | tr 'e' 'E' #将其中所有 "e" 改为 "E"(tr命令) 即实现替换功能
cat readme.txt | tr '\n' '\t' #将每一行结尾的\n（换行符）替换成\t（制表符）.这样可以把多行文本合并一行，可以方便文件数据处理。
cat readme.txt | tr -d 'e' #删除所有的 "e" (tr命令)

grep

grep Biotrainee -r ./ #在当前目录下（包括子目录），搜索所有文件内容，过滤出包含Biotrainee的行
less -S Data/example.fq | grep 'gene' 
less -S Data/example.fq | grep -w 'gene' #-w flag ensures that only complete words are matched.
less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene' #搜索不包含gene（注意-v选项）且单独构成一个单词（通过使用-w选项）的行

正则表达式

cat readme.txt  | grep '^T' #查找文件开头有字母“T”的文本行
cat readme.txt  | grep ')$' #查找文件末尾是“)”符号的文本行
cat readme.txt  | grep 'f.ee' #查找单词中间是任意一个字符的字符串“fee”
cat readme.txt  | grep 'f\?ee' #查找单词中，一个字符"f"出现零次或者一次，“ee”出现一次的字符串"fee"或者"ee"
cat readme.txt  | grep 're\+' #匹配类似与正则表达式“ree、reee”的等1个或多个"e"组成的字符串
cat readme.txt  | grep [bB] #打印所有含有大写字母"B"和小写字母 "b" 的文本行

sed

cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() ' #在文件readme.txt首行前加入"Welcome to Biotrainee() "
cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() ' #在文件readme.txt首行后加入"Welcome to Biotrainee() "
cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee() ' #首行替换
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g' #其中"s"表示替代操作的开始， "/is/" 表示待替换的字符串，"/IS/" 表示要替换成的字符串，g表示全局匹配模式，即替换所有出现过的"is"。
cat readme.txt | sed '/^$/d' #pattern ^$ searchs the blank line or empty space and -d option is to delete such lines.
cat readme.txt | sed  'y/abc/ABC/' #/y/选项用于指定字符替换

awk

less -S  Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S #以空格为分隔符，取出每行第九列的内容并打印输出。
less -S  Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S #输出Data/example.gtf每行第9和10个字段。两个字段之间默认以空格分隔。
less -S  Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S #以tab为分隔符，取出每行第九列的内容并打印输出。
less -S  Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S #如果$3所在的列（也就是第三列）的值为“gene”，则输出整条记录。
less -S  Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S #如果该行的第三列元素（即GTF注释中的特征）等于“gene”，则打印该行，否则将字符串“is not gene”与第三列元素拼接起来并打印输出。
less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S 
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S #如果该行的第三列元素（即GTF注释中的特征）等于“gene”，则打印该行，否则将字符串“is not gene”与第三列元素拼接起来并打印输出。