久菜盒子|医学大数据1| 癌症公共数据库盘点

提供一些知名的用于癌症研究的公共数据库及相关资源的名称和简要描述,可以自行通过搜索引擎查找它们的官方网址:

  1. TCGA(The Cancer Genome Atlas): TCGA是由美国国家癌症研究所(NCI)和美国国立人类基因组研究所(NHGRI)合作开展的一个项目,提供了包括胃肠道癌症在内的多种癌症类型的基因组、转录组和表观基因组数据。网址:The Cancer Genome Atlas Program (TCGA) - NCI

  2. GEO (Gene Expression Omnibus): GEO是由NCBI维护的一个公共存档数据库,包含了大量微阵列和高通量测序实验数据,包括关于肠胃癌的研究。网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

  3. COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer): COSMIC数据库专门收集和注释癌症体细胞突变数据,包括肠胃癌的突变情况。网址:COSMIC | Catalogue of Somatic Mutations in Cancer

  4. Kaplan-Meier Plotter: 提供了针对多种癌症类型(如乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌、肝癌)的基因表达与预后关系的在线工具和数据库。网址:Online Kaplan-Meier Plotter

  5. cbioportal: cbioportal是一个互动式的癌症基因组分析平台,整合了多个公共数据库的数据,包括TCGA项目的肠胃癌数据。网址:cBioPortal for Cancer Genomics

  6. GENIE (Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange): AACR的GENIE项目是一个大型的国际癌症基因组数据库,共享临床和分子数据。网址:https://www.aacr.org/project/genie/

  7. OncoLnc: 可以用来探索mRNA表达数据与患者生存率的关系,包括结直肠癌等。网址:OncoLnc

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