Java语言开发dcm4che开源库解析dicom医疗影像文件

dcm4che简介

dcm4che是一个用Java语言开发的用于处理dicom标准下文件,dicom文件就是我们在医院中常见的X光片,CT等医疗影像文件,这些医疗影像文件中有很多患者的信息如姓名、年龄、性别、婚姻状态、就诊日期、就诊医生、就诊医院等等,包含非常多的信息。但这种文件的解析不用用我们通常的方法进行解析,必须要按照dicom标准进行解析,但这个标准还是挺复杂的。
如果对dicom标准感兴趣的话,我在网上看到了一本我们国人翻译的dicom3标准的书,我放到了GitHub Release dicom标准中文版 · weiyangtang/dcm4cheSystem · GitHub
在dcm4che前面有C++版本的DCMTK,现在也有Python版本的pydicom,dcm4che的优点在于Java语言是全球最多人使用的开发语言也是工业界用的最多的语言,dcm4che开源库受到Java开发者的欢迎。
GitHub地址:GitHub - dcm4che/dcm4che: DICOM Implementation in JAVA
[外链图片转存失败(img-mPsouskA-1563959079281)(https://raw.githubusercontent.com/weiyangtang/images/master/20190724162155.png)]

我主要是用到了dicom文件的解析和storescp、storescu格式化发送dicom的功能

dicom文件解析

我先把代码贴出来,你们电脑上跑基本都会有依赖找不到的问题

import org.dcm4che3.data.Attributes;
import org.dcm4che3.data.Tag;
import org.dcm4che3.io.DicomInputStream;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

/**
 * @Auther: tangweiyang
 * @Date: 2019/7/24 16:31
 * @Description:
 */
public class DicomDemo {
    public static void getTagByFile(String pathFile) {
        try {
            File file = new File(pathFile);
            DicomInputStream dis = new DicomInputStream(file);
            Attributes fmi = dis.readFileMetaInformation();
            Attributes attrs = dis.readDataset(-1, -1);
            System.out.println("Series Instance UID:" + attrs.getString(Tag.SeriesInstanceUID));
            System.out.println("Study Instance UID:" + attrs.getString(Tag.StudyInstanceUID));
            System.out.println("Patient ID:" + attrs.getString(Tag.PatientID));
            System.out.println("Patient Name" + attrs.getString(Tag.PatientName));
            System.out.println("SOP Instance UID:" + attrs.getString(Tag.SOPInstanceUID));
            System.out.println(attrs.getString(Tag.ImageType));
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
            return;
        }
    }

    public static void main(String[] args) {
    
        String dicomFile = "D:\\工作\\dcm_data\\upload\\021130082089.dcm";
        getTagByFile(dicomFile);
    }
}

maven依赖

<!-- https://mvnrepository.com/artifact/org.dcm4che/dcm4che-core -->
<dependency>
    <groupId>org.dcm4che</groupId>
    <artifactId>dcm4che-core</artifactId>
    <version>3.3.4</version>
</dependency>

效果就如下

Series Instance UID:1.2.392.200046.100.2.1.47095101944.150601085457.2
Study Instance UID:1.2.392.200046.100.2.1.47095101944.150601085457
Patient ID:7628
Patient Name??
SOP Instance UID:1.2.392.200046.100.2.1.47095101944.150601085457.2.1.1
DERIVED

中文好像会乱码,暂时还没解决

在你电脑上很有可能依赖包无法导入,原因在于maven依赖无法下载,至少我在两台Linux服务器上都无法下载依赖
解决方案一:手动下载dcm4che-core-3.3.2.jar,复制粘贴到C:\Users\你的用户名.m2\repository\org\dcm4che\dcm4che-core\3.3.2
解决方案二:手动下载dcm4che-core-3.3.2.jar,在项目resource路径下新建一个libs的文件夹,复制粘贴进去,

 <!--医疗影像dcm4che的核心依赖-->
        <!--dcm4che依赖-->
        <dependency>
            <groupId>org.dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-core</artifactId>
            <version>3.3.2</version>
            <scope>system</scope>
            <systemPath>${project.basedir}/src/main/resources/lib/dcm4che-core-3.3.2.jar</systemPath>
        </dependency>
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以下是使用dcm4che获取dcm4chee服务的Dicom文件Java代码示例: ```java import org.dcm4che3.data.Attributes; import org.dcm4che3.data.Tag; import org.dcm4che3.io.DicomInputStream; import org.dcm4che3.net.ApplicationEntity; import org.dcm4che3.net.Connection; import org.dcm4che3.net.Device; import org.dcm4che3.net.QueryOption; import org.dcm4che3.net.service.DicomServiceException; import org.dcm4che3.net.service.QueryRetrieveSCP; import org.dcm4che3.net.service.QueryRetrieveService; import org.dcm4che3.util.SafeClose; import java.io.File; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.net.Socket; import java.util.List; public class DicomRetrieveExample { public static void main(String[] args) throws Exception { // 连接dcm4chee服务 Device device = new Device("retrieve"); Connection conn = new Connection(); conn.setHostname("dcm4chee-server"); conn.setPort(11112); device.setConnection(conn); ApplicationEntity ae = new ApplicationEntity("retrieve"); ae.addConnection(conn); device.addApplicationEntity(ae); device.setAssociationInitiator(true); device.setPackPDV(true); device.setTcpNoDelay(true); device.setConnectTimeout(5000); device.setRequestTimeout(5000); device.setReceivePDULength(16384); device.setSendPDULength(16384); device.setRspTimeout(5000); device.setAssociationAcceptor(true); device.setAsyncOpsWindow(0, 1); device.setMaxAsyncOpsInvoked(1); device.setMaxAsyncOpsPerformed(1); device.setStorageSCP(new QueryRetrieveSCP("*") { @Override protected void store(Socket socket, InputStream data, int pcid, String tsuid, Attributes attrs, Attributes rsp) throws IOException, DicomServiceException { // 不存储 } }); device.startListening(); // 检索Dicom文件 QueryRetrieveService qrService = ae.getDevice().getQrService(); qrService.setQueryOptions(QueryOption.RELATIONAL); qrService.setRetrieveTimeout(10000); qrService.setCMoveDestination(conn.getCalledAET()); List<String> studies = qrService.queryStudies("*"); for (String study : studies) { List<String> series = qrService.querySeries(study, "*"); for (String serie : series) { List<String> instances = qrService.queryInstances(serie, "*"); for (String instance : instances) { // 获取Dicom文件 DicomInputStream dis = null; FileOutputStream fos = null; try { dis = new DicomInputStream(qrService.retrieveInstance(instance)); Attributes attrs = dis.readDataset(-1, -1); // 保存Dicom文件 File outputFile = new File("path/to/output/file.dcm"); fos = new FileOutputStream(outputFile); fos.write(dis.readBytes()); } finally { SafeClose.close(fos); SafeClose.close(dis); } } } } // 断开连接 device.stopListening(); device.unbindConnections(); } } ``` 这个示例演示了如何使用dcm4chedcm4chee服务检索Dicom文件。首先,使用dcm4che连接dcm4chee服务。然后,使用dcm4chee服务的QueryRetrieveService查询Dicom文件,获取Dicom文件并保存它们。最后,断开连接。 请将`dcm4chee-server`替换为dcm4chee服务的主机名或IP地址,并将`path/to/output/file.dcm`替换为要保存的文件路径。
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